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文檔簡介
1、內(nèi)含子和外顯子的位置偶最近也在做 RT-PCRo也正在設(shè)計(jì)跨內(nèi)含子的引物。在園子里看了些文獻(xiàn),也請教了一些 人。個人感覺主要是你找到這個基因的具體的內(nèi)含子和外顯子的位置后再設(shè)計(jì)引物一點(diǎn)也不 難。只要在跨越的引物中選取條件好的就行了。其中對于如何找到內(nèi)含子和外顯子,偶是用以下的方法。一、首先登錄 Pubmed找到你的基因序列,這個應(yīng)該很簡單。偶不多說。二、如下圖進(jìn)入 Blastl界面,選取genomes中的相應(yīng)物種。 IMUOeotKlBOLI口HLAb I 舊亞1門 Search for shortnearly exact matches Search trace archives wrth
2、mecabast or discontiQiJcus megablast Search the conserved domain daitabase (rpsblast) Protein hornolcgy by domain architecture (cdart)Translated Translated query 7S. protein database (blastx) Protein query vs, trarijlated database (t blast n) Translated quay vs, translated database (tblastx)Special&
3、#171; Search for gene expresaion data (GEO BLAST) Align two sequences fbl2seqj Screen for vector contamination(Vec Screen) ImmunDglabin BLAST 他配式) SNP BLASTGenomes Human, mouse, rat 匚him口 NEccWj m, doQj sheep,匚就 Chicken, puffer fish, zebrafish Environments samples Malaria injects, nematodejj plant5j
4、 furigij microbralgenomesj othier eukaryotic genomesMeta Retrieve results三將你的序列拷貝到查詢框中,進(jìn)行查詢( Begin search)。然后點(diǎn)擊format , 一路點(diǎn)下去,出 現(xiàn)下圖樣的對話框。點(diǎn)擊genome viewresults ofBLASTV NCB1BLASTNAueO 10%二 GenomeF Zb: Li:47FS-55-215£1-91«16?4504i. ELI?TC:。姓2311二湃MX ML15"g MttNQneets 札引3北t,N5 m itvter*工工
5、 you XyX an,7 prcbjois 口c口叫 with the rtnultn of t北與 nuncChFua_su ref-ef ta t he E31JLW T FAQs Gwoww 喻* Show pcnfwm «flie B3JLST hirs mtiic hmntaii greotne 眥地g Ur EnireEliCMO J.etters)Disrributian of 23 &lat Hits on tht Query SequenceMoiitMWfo *w W *M ckelt to tlww sigwvtitil* r *,3 1a ant w
6、*4。qo-co 醺 TO即金gXJOT然后點(diǎn)擊其相應(yīng)的染色體號,我查的是 HIF基因,在14號染色體上。相應(yīng)的染色體上會出現(xiàn) 紅色的標(biāo)記。Bl.ASI f FiurhlV hi-djtL£ft-hl G:SE iHE”J Fm-t et«F 川川,V打 工小幻I dirk r曲岷心 FHomo_iapi#fK g«nonn* viewHukld H I HatMaBLAST Miithitnilts. 1 BLASI bin fsud 出,到11 ID 'll 1475S753-215C7-3telfr!M5UI -HLASTQl".BLAST
7、 "謝好了,如下圖。你可以看到右邊的這些方框最后給的序列,就是外顯子的序列。你可以對著此 來設(shè)計(jì)引物,找到哪些跨過內(nèi)含子的引物。首先要明白:RT-PCR的引物之所以要跨內(nèi)含子設(shè)計(jì),主要原因就是為了避免再PCR過程中基因組DNA的影響。那么其實(shí)只要在提RNA時除去DNA也就沒什么關(guān)系了。RNA沉淀之后,在 100ul反應(yīng)體系中用 RNAse free的DNAseI37C處理0.5h ,然后直接用 100ul氯仿抽提,異丙醇(別忘了加1/10體積4M NaAc)再次沉淀后用適量DEPC水溶解即可。NCBI>GENE>基因名稱搜索(Click the picture to se
8、e the source)louischen育aa育女Posts: 518Score: 43J 2004-07-30 06:57就地成所目小嘔如岫點(diǎn)擊基因名稱進(jìn)入左鍵擊 NC_000019>GRAPHICSintron , extron的排列,可以點(diǎn)擊進(jìn)入粗劃線為外顯子,并有對應(yīng)的 protein編碼還在/也可以,在主頁上輸入基因的名字,找出該物種的基因序列,在transview和exonview上可以看到外顯子和內(nèi)含子,此網(wǎng)頁簡單,得到不同顏色標(biāo)記的外顯 子??鄄?If ion 1 Intr(H)Chr$ti5d StartEnd Lc(wlh
9、5-ittrEFseqpuencE班克川久U, 9qtgaqmegeege gctea ejettccs tege tg耳quqg tGT口 匚r.gc«iggc-J33JS4222 332E4672 4S1 bp CTGQCTCAGCOCGO9Q0OaCOC!9sHMce冢GAOCGACCSQGMeQGtnOXTTCCCGJ 紀(jì)MF。肘。以;g亡住XJ*配口優(yōu)。尤AfTW M,Ke。出白冢T” t>:OT'>TTC lOClTTC';仃CTODJOng配。郎叮獨(dú)三,俗寅的0:81的口28一工A 冷:5作二XKH.LrvHMGG U;T: ;V!T.fiM
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