1、Gaussview 軟件使用手冊GaussView GaussView /后端的模式來協助高斯GaussView 為高斯用戶提供了三種主要的便利。首先,GaussView PDB .第二，GaussView 使得建立多種形式的高斯計算變得容易。它使得準備為普通工作模式以及如 ONIOM， QST2/OST3 （PBC)GaussView 來進行工作。最后，GaussView 使得用戶可以通過多種的圖形技巧來檢驗高斯計算的結果.高斯的計算結果中可以用圖形來表示的有下列幾種:;分子軌道任何估算密度的電子密度表面；靜電潛在表面；原子價；與振動頻率相符的一般模型；IR，Raman,NMR，VCD以及其

2、他的頻譜；結構優化，IRC ,能級表面的掃描以及ADMP 和BOMD;這本書為所有的GaussView .將項目按照一般目.為了找出用戶感興趣的特殊信息，可以通過索引來打開有關主題或者是 特殊的對話框。顏色收集以及對話在索引中的主題菜單下（下面直接中英語）菜單項目通過菜單=項目的格式顯示出來。按鈕在索引中顯示為“名稱按鈕（從圖1 開始）顯示了一系列的按鈕名稱，菜單途徑等價于按鈕和鍵盤的快捷鍵.在多種 GaussView 結構的基于指導的幫助包含在了網上幫助中。在主幫助窗口中選擇指導主題來打開他們。GaussView 指導基礎分子創建分子創建的例子和策略下面舉例說明怎樣利用 GaussView

3、來創建分子。創建維生素分子:利用不典型的原子下面是一個使用 GaussView 創建維生素分子的例子：ViewFileNew的選項來創建一個新的文件；BuilderRings；Active Fragment button上面點擊。在環碎片中選擇苯。View窗口。點擊一下演示苯。BuilderElement選項，在氮上點擊。Active .在 View 更加容易。在創建窗口中點擊Delete Atom鍵.在View窗口上，通過點擊該鍵刪除與氮相連的氫。Builder 窗口上點擊Rebond 按鈕，然后點擊Clean 按鈕.創建芳環維生素:在環之間設置角度下面的例子展示了怎樣在已存在的文件上創建芳

4、環維生素.在這個例子中，以維生素為基礎來創建。1、 你可以接著上述例子來做，創建維生素；2、 在 Builder 窗口上點擊Rings 按鈕.確保芳環已經被選中;3、 在View 窗口上點擊氮原子對面碳原子上的氫原子.另一個環就在屏幕上顯示了出來; 4、 在 Builder 窗口上選擇Dihedral 按鈕。確保Move Group 被標記；5、 選擇兩環之間的原子，如下所示:更改角度6、 移動光標來是的各環所處的平面相互垂直（或者是在文本框中輸入 90。0);7、 點擊Ok 按鈕；芳環維生素現在完成了。創建五價鐵原子：在指定的項目上選擇最好的構型下面是創建五價鐵原子的一個例子1、 打開一個新

5、的模型。選擇鐵分子然后選擇雙錐形的鐵的構型:2CN CO 基團是因為其是線形的。3、 將氮原子轉換成氧原子(選擇氧元素之后再是自由電子模板現在分子已經完成了。創建初級紫染:懸掛結構下面是一個展示怎樣在GaussView 上面創建一個初級紫染的 6，6dibromoindigo：1、 創創建一個新文件；2Builder 5 6 元碳環（在左側中的插圖中View 段;3、 在五元環中，點擊合適的氧原子來將其換成氫原子；4、 將與氧原子相對的碳原子改變成氮原子；5、 將六圓環（在氮原子同一側的）中的最外層碳原子上的氫原子改成在相同形式的溴原子;6、 在 Builder 窗口上點擊Clean 按鈕.不

6、要重新成鍵。然后保存文件；7、 在View 窗口上展示剛剛保存的文檔；8、 旋轉和移動另一個環是的兩個碳原子近到足夠成鍵，同時使得兩結構方向合適；注意：如果只是要兩個結構中的一個，在按住 Alt 一個窗口同樣也是很有用處的。在View 菜單上通過Add View 選項來創建。9、 將兩個成鍵碳原子上的氫原子刪除；10、在Builder 窗口上選擇Bond 來創建一個11、點擊Clean；分子結構完成。取代兩種結構：創建二氯化二苯下面的例子給出了一種包含取代結構的分子結構。1、 創建一個新的View 窗口，然后在上面放置一個苯環.將其中的一個碳原子換成氯原子。重復該過程創建另一個氯代苯環。2使得

7、氯原子處于另一換的相反位置。用戶可以通過按住 Alt 鍵同時按下鼠標左鍵拖動來完成該過程：3、 將環放置使得它們重疊同時碳原子的成鍵位置正確;4、 刪除重疊部位的氫原子同時移動鍵；5、 在兩個碳原子之間創建一個鍵，完成分子結構： 分子結構完成。ONIOM 例子在一個小的縮氨酸鏈中的ONIOM 層上分配原子注意:這個例子是為了更好的說明而不是為了精確1、 創建一個包含以下氨基酸的縮氨酸鏈：PheAlaGly;選擇氨基末端的 Phenylalanine，中心 Fragment 的Alanine 以及有羰基末端的甘氨酸。2、在Edit菜單上選擇Assign LayeSelect AlLow.結構大致

8、如下:點擊Apply3Ala 中的原子，在 Phe Ala 點擊Expand Selection （兩到三倍添加少量原子通常比.點擊。在下列添加附加的原子(選擇然后點擊 Apply）直到結構正確是十分必要的.根據需要利用中間的鼠標鍵來給選項添加原子，然后點擊 Apply 來固定結構,根據需要重復操作.下圖中中間層軌道的原子以棍狀出現, 底層則以線狀出現：4:Ala 上所有包括與之相連的重原子在內的所有原子。點擊Ala Using 場轉換成Distance。在Expand .結果如下：點擊Apply.然后結果如下:已完成的ONIOM 分配的原子點擊剛才放置到高層的氫原子然后將其移動（放置）至中間

9、層。點擊Close。原子層的分配完成。運行一個工作該例子使用了創建的分子，層在創建程序中最終的例子上被定義,然后接著以下步驟來。、在Calculate 菜單中選擇Gaussian。、點擊Multilayer ONIOM Model.三種選項(High，Medium 和 Low）出現在了Method 系列中，從這些選項中用戶可以分別選擇作用于不同層原子的方法。、點擊High 選項，然后選擇RHF/6-31G 工作.、點擊Medium 選項，然后選擇受限制的AM1 工作。、點擊Low 選項具體說明一種在使用Amber force 區域的原子結構計算方法。、下列的結構(高斯ONIOM 工作的運行例子

10、）顯示了在正常運行狀態的著三種選項（一個重疊著一個）:這些運行的區域在工作的route section 顯示：# ONIOM=（RHF/6-31G:RAM1：Amber)用戶現在可以繼續填寫剩下的文本框,然后工作就可以準備好保存并運行了。創建周期性的結構周期性束縛狀態（PBC）指示 1通過乙烯創建一個經過多元炔的聚合體PBC/1DRGroup Select R-Group vinyl” 按鈕來創建乙烯基（乙烯（當前的結構。在視圖窗口中的任意空白位置點擊來創建一個乙烯分子。點擊“Center“工具箱按鈕來使得視圖窗口以該分子為中心。在住窗口中的“View 5 來創建一個穿過丁烷基的分子”來顯示分子的PBC 對話框。在PBC Lattice Dimensions在PBC （0。在PBC Cel”選項上，用鼠標在Viewa(（0）使得a 胞的替代。在View 窗口中，點擊原子 7。在PBC對話框的CellTrim Delete All Atoms Outside 。在PBC ”Cell選項上點擊“Center Contents”按鈕。這樣，我們就為穿越多乙炔的聚合體的PBC/1D 模型定義了一個初始合成胞體。在 PBC ”Cell Replicati