1、生物信息學(xué) 數(shù)據(jù)庫及在線分析工具 SeeQZIFF 一、數(shù)據(jù)庫（Database） 用于收集、整理、儲存、加工、發(fā)布和用于收集、整理、儲存、加工、發(fā)布和 檢索數(shù)據(jù)的系統(tǒng)。檢索數(shù)據(jù)的系統(tǒng)。 u 生物類的數(shù)據(jù)庫種類很多（生物類的數(shù)據(jù)庫種類很多（序列序列、結(jié)結(jié) 構(gòu)構(gòu)、生物分子互作生物分子互作、其他其他） u 投稿文章首先要將核苷酸序列或蛋白質(zhì)序列投稿文章首先要將核苷酸序列或蛋白質(zhì)序列 提交到相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中提交到相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中 u 數(shù)據(jù)庫記錄通常包括兩部分?jǐn)?shù)據(jù)庫記錄通常包括兩部分 v 原始數(shù)據(jù)原始數(shù)據(jù) v 對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行的生物學(xué)意義的注釋對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行的生物學(xué)意義的注釋 u 一個數(shù)據(jù)庫通常鏈接了多個相

2、關(guān)數(shù)據(jù)庫一個數(shù)據(jù)庫通常鏈接了多個相關(guān)數(shù)據(jù)庫 核苷酸數(shù)據(jù)庫水稻抗病相關(guān)基因核苷酸數(shù)據(jù)庫水稻抗病相關(guān)基因OsDR8 DQ176424 Taxonomy 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 Pubmed 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 NCBI-Protein 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 （一）數(shù)據(jù)庫工具（一）數(shù)據(jù)庫工具 u 建立純文本數(shù)據(jù)庫建立純文本數(shù)據(jù)庫 v GenBank 數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)庫、EMBL 核苷酸數(shù)據(jù)庫核苷酸數(shù)據(jù)庫 u 數(shù)據(jù)庫工具數(shù)據(jù)庫工具 v SQL（結(jié)構(gòu)化查詢語言）是世界上流行的和（結(jié)構(gòu)化查詢語言）是世界上流行的和 標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)庫語言標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)庫語言 v 能夠快速靈活存儲記錄文件和圖像能夠快速靈活存儲記錄文件和圖像 v 下載網(wǎng)址下載

3、網(wǎng)址 http:/ AccessSQLOracle u AceDB 數(shù)據(jù)庫工具數(shù)據(jù)庫工具 v AceDB：A C. elegans DataBase （線蟲數(shù)據(jù)庫）（線蟲數(shù)據(jù)庫） v 被廣泛應(yīng)用的管理和提供基因組被廣泛應(yīng)用的管理和提供基因組 數(shù)據(jù)的工具數(shù)據(jù)的工具 v 數(shù)據(jù)形式豐富數(shù)據(jù)形式豐富 遺傳圖譜遺傳圖譜 G181 0.42 0.84 RM224 0.21 R1506 0.21 Xa26 S12886 1.47 0.00 0.63 L1044 NBS119 RM144 Y6855RA 0.00 11 新陳代謝途徑新陳代謝途徑 物理圖譜物理圖譜 1 gggctccacc actagtaccc

4、 ctcactacag gtagccataa aaaaaatcga tcaccaaaac 61 ccattattag gttgtgtact gatacagaaa gttgggaacc aatctcccag cacagaaaac 121 ggtacggttc attagcgcgt gattaattaa atatttacta ttttttaaaa aaaatagatc 181 aatatgattt ttaagcaact ttcgtataaa tactttttca aaaaaacaca ccgttttcta 241 gtttgaaaag cgtacacgcg tgaaatgagg gagaaaggt

5、t ggaaacgtgg gattgcaaac （二）各種生物數(shù)據(jù)庫（二）各種生物數(shù)據(jù)庫 1、核苷酸數(shù)據(jù)庫、核苷酸數(shù)據(jù)庫 u DNA、mRNA、tRNA、rRNA序列序列 u RNA序列以序列以cDNA序列的形式收集序列的形式收集 u 核苷酸序列直接來源于實驗數(shù)據(jù)核苷酸序列直接來源于實驗數(shù)據(jù) u 大量氨基酸序列大量氨基酸序列 v 主要是非實驗來源數(shù)據(jù)主要是非實驗來源數(shù)據(jù) v coding sequence (CDS) EXONINTRON CDS (coding sequence) ORF (open reading frame) u 數(shù)據(jù)庫種類很多數(shù)據(jù)庫種類很多 u 三大核苷酸數(shù)據(jù)庫三大核苷

6、酸數(shù)據(jù)庫 v GenBank、EMBL核苷酸數(shù)據(jù)庫、核苷酸數(shù)據(jù)庫、DDBJ United States Patent and Trademark Office (USPTO) European Patent Office (EPO) Japan Patent Office (JPO) v 收集了專利的核苷酸序列收集了專利的核苷酸序列 信息資源共享：以天為基礎(chǔ)進(jìn)行數(shù)據(jù)庫之間的序列數(shù)據(jù)交換信息資源共享：以天為基礎(chǔ)進(jìn)行數(shù)據(jù)庫之間的序列數(shù)據(jù)交換 （1）GenBank / u 美國美國NCBI的數(shù)據(jù)庫，有部分蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫，有部分蛋白質(zhì)序列 u 數(shù)

7、據(jù)每天更新，每年發(fā)行六版數(shù)據(jù)每天更新，每年發(fā)行六版release /genbank/gbrel.txt u Release 172（2009.6.15） v 106,073,709 entries v 105,277,306,080 bases u 來源于來源于260,000多個物種多個物種 u 大約大約12的序列來源于人的序列來源于人（Homo sapiens） Growth of GenBank v Locus name（位點名）（位點名） v Accession number （注冊號或登陸號）（注冊號或登陸號） v GI（GenInfo ide

8、ntifier） NID（Nucleotide ID） u 每個序列有一個每個序列有一個flatfile u 每條序列有三個專有的編號或標(biāo)識（每條序列有三個專有的編號或標(biāo)識（identifier） u LOCUS line Sample record /Sitemap/samplerecord.html The divisions of GenBank 分支縮寫分支縮寫分支全稱分支全稱 PRI靈長類序列靈長類序列 (primate sequences) ROD嚙齒類序列嚙齒類序列 (rodent sequences) MAM其它哺乳類序列其它

9、哺乳類序列 (other mammalian sequences) VRT其它脊椎動物序列其它脊椎動物序列 (other vertebrate sequences) INV無脊椎動物序列無脊椎動物序列 (invertebrate sequences) PLN植物、真菌和海藻類序列植物、真菌和海藻類序列 (plant, fungal, and algal sequences) BCT細(xì)菌序列細(xì)菌序列 (bacterial sequences) VRL病毒序列病毒序列 (viral sequences) PHG噬菌體序列噬菌體序列 (bacteriophage sequences) SYN合成序列

10、合成序列 (synthetic sequences) The divisions of GenBank 分支縮寫分支縮寫分支全稱分支全稱 UNA未注釋的序列未注釋的序列 (unannotated sequences) EST表達(dá)序列標(biāo)簽表達(dá)序列標(biāo)簽 (expressed sequence tags) PAT已專利的序列已專利的序列 (patent sequences) STS序列標(biāo)簽位點序列標(biāo)簽位點 (sequence tagged sites) GSS基因組勘察序列基因組勘察序列 (genome survey sequences) HTG高產(chǎn)出基因組序列高產(chǎn)出基因組序列 (high thro

11、ughput genomic sequences) HTC高產(chǎn)出高產(chǎn)出cDNA序列序列 (high throughput cDNA sequences) ENV環(huán)境樣品序列環(huán)境樣品序列 (Environmental sampling sequences) （2）dbEST (Database of Expressed Sequence Tags) /dbEST/index.html u GenBank的二級數(shù)據(jù)庫的二級數(shù)據(jù)庫 u 5 端或端或3 端的端的cDNA 序列（序列（EST） u 200-500 bp “Single-pass rea

12、d” sequence u GenBank 中中60以上的序列是以上的序列是 EST （3）UniGene 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 /UniGene/ u NCBI 的另一個核苷酸的另一個核苷酸數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 u 來源于同一基因的非重復(fù)來源于同一基因的非重復(fù) EST 組成基因序列群組成基因序列群 v 人、大鼠、小鼠、人、大鼠、小鼠、斑馬魚、斑馬魚、牛牛、蛙等、蛙等 v 擬南芥、水稻、小麥、大麥、玉米等擬南芥、水稻、小麥、大麥、玉米等 v 共計共計100多個物種多個物種 u UniGene主頁輸入關(guān)鍵詞主頁輸入關(guān)鍵詞檢索檢索 （4）dbSTS (Datab

13、ase of Sequence Tagged Sites) /dbSTS/index.html u GenBank的二級數(shù)據(jù)庫的二級數(shù)據(jù)庫 UniSTS u 短序列短序列（200-500 bp），僅在基因組中出現(xiàn)一次），僅在基因組中出現(xiàn)一次 u 已定位于染色體上已定位于染色體上 如何找到一個如何找到一個STS u 檢索：檢索：GenBank主頁主頁選擇選擇UniSTS后輸入關(guān)鍵詞后輸入關(guān)鍵詞 檢索到的條目檢索到的條目每一條目詳細(xì)內(nèi)容每一條目詳細(xì)內(nèi)容 點擊點擊“mv”查看染色體定位查看染色體定位 contig （5）dbGSS (Databas

14、e of Genome Survey Sequences) /dbGSS/index.html u GenBank的二級數(shù)據(jù)庫的二級數(shù)據(jù)庫 u 基因組短序列基因組短序列 u cosmid / BAC / YAC 外源插入片段的末端序列外源插入片段的末端序列 u Alu PCR 序列序列 cosmid / BAC / YAC G181 0.42 0.84 RM224 0.21 R1506 0.21 Xa26 S12886 1.47 0.00 0.63 L1044 NBS119 RM144 Y6855RA 0.00 11 （6）HTG (High

15、-Throughput Genomic Sequences) /HTGS/ u GenBank 的二級數(shù)據(jù)庫的二級數(shù)據(jù)庫 u 尚未完成測序的重疊群（尚未完成測序的重疊群（ 2 kb）的序列的序列 u 新序列的增加速度很快新序列的增加速度很快 cosmid / BAC / YAC Phase 0 Phase 1 Phase 2 Phase 3 逐步克隆法 clone-by-clone reliable but slow, and the mapping step can be especially time- consuming 鳥槍法 sho

16、tgun potentially very fast, but it can be extremely difficult to put together so many tiny pieces of sequence all at once. 水稻基因組全基因組大小：430Mb； 每個Reads 讀長450bp； 故覆蓋每個水稻基因組所需反應(yīng)：100萬； 覆蓋水稻基因組8X，需要800萬反應(yīng)； 每個反應(yīng)的測序成本為19元，800萬反應(yīng)總共需 15200萬人民幣； 人力費800萬人民幣。 中國水稻基因組計劃的經(jīng)費預(yù)算中國水稻基因組計劃的經(jīng)費預(yù)算 （7）基因組數(shù)據(jù)庫）基因組數(shù)據(jù)庫 http:/w

17、/sites/entrez?db=genome u NCBI 的另一個的另一個數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 u 測序完成和正在測序物種基因組序列、遺傳圖、測序完成和正在測序物種基因組序列、遺傳圖、 物理圖等物理圖等 u 序列收集在序列收集在GenBank u 已經(jīng)完成測序的基因組（截止已經(jīng)完成測序的基因組（截止2009年年2月）月） Genome ProjectStatistics （8）dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms) 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫 /sit

18、es/entrez?db=snp u NCBI的數(shù)據(jù)庫，創(chuàng)建于的數(shù)據(jù)庫，創(chuàng)建于1998.9 u 約每約每300 bp 有一個有一個SNP u 數(shù)據(jù)種類數(shù)據(jù)種類 SNP Insertion/deletion (Indel) Deletion/insertion/substitution (DIS) u 發(fā)現(xiàn)致病基因、發(fā)現(xiàn)致病基因、進(jìn)化分析進(jìn)化分析 u dbSNP主頁輸入關(guān)鍵詞主頁輸入關(guān)鍵詞 檢索到的條目檢索到的條目 每一條目詳細(xì)內(nèi)容每一條目詳細(xì)內(nèi)容 代碼代碼堿基堿基 MA或或C RA或或G WA或或T SC或或G YC或或T KG或或T VA、C或或G HA、C或或T DA、G或或T BC、G或

19、或T N G、A、T 或或C 標(biāo)準(zhǔn)堿基多意代碼標(biāo)準(zhǔn)堿基多意代碼 （9）EMBL (European Molecular Biology Laboratory) Nucleotide Sequence Database v EBI (European Bioinformatics Institute) 管理管理 v 主要是歐洲國家產(chǎn)生的主要是歐洲國家產(chǎn)生的 DNA 和和 RNA 序列序列 v 序列數(shù)據(jù)序列數(shù)據(jù)文檔文檔格式與格式與 GenBank 不同不同 數(shù)據(jù)庫主頁數(shù)據(jù)庫主頁http:/www.ebi.ac.uk/embl輸入關(guān)鍵詞輸入關(guān)鍵詞 檢索到的檢索到的條目條目 每一條目每一條目詳細(xì)內(nèi)容詳

20、細(xì)內(nèi)容 （10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan) u 主要是日本產(chǎn)生的主要是日本產(chǎn)生的 DNA 和和 RNA 序列序列 數(shù)據(jù)庫主頁數(shù)據(jù)庫主頁http:/www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html 輸入關(guān)鍵詞輸入關(guān)鍵詞 檢索到的檢索到的條目條目 每一條目每一條目詳細(xì)內(nèi)容詳細(xì)內(nèi)容 u 發(fā)表文章要提供發(fā)表文章要提供 Accession number （11）EPD (Eukaryotic Promoter Database) http:/www.epd.isb-sib.ch/ u 由由Weizmann Institute of Science in

21、Rehovot (Israel) 開創(chuàng)開創(chuàng) u 4809條真核生物啟動子序列（條真核生物啟動子序列（2009.2） u 人類基因組中的啟動子大約人類基因組中的啟動子大約19萬個萬個 u 同一個基因具有多個啟動子同一個基因具有多個啟動子 2、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 （1）SWISS-PROT u 由由 EBI 和瑞士創(chuàng)辦和瑞士創(chuàng)辦 u 有詳細(xì)注釋有詳細(xì)注釋的序列的序列，數(shù)據(jù)來源于實驗，數(shù)據(jù)來源于實驗 u 與與44個個數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫相互參照（相互參照（cross-reference） 數(shù)據(jù)庫主頁數(shù)據(jù)庫主頁http:/www.ebi.ac.uk/swissprot/ 點擊點擊SRS 在在查詢網(wǎng)頁查

22、詢網(wǎng)頁輸入關(guān)鍵詞輸入關(guān)鍵詞 檢索到的檢索到的條目條目 （2）TrEMBL (Translation of EMBL) u EBI 的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫 u 提交到提交到 EMBL 核苷酸核苷酸數(shù)據(jù)庫中所有數(shù)據(jù)庫中所有CDS 的氨的氨 基酸序列基酸序列 u SWISS-PROT 和和 TrEMBL數(shù)據(jù)庫合并數(shù)據(jù)庫合并 UniProt (Universal Protein Resource) v 檢索方法與檢索檢索方法與檢索SWISS-PROT相同相同 v 查詢結(jié)果查詢結(jié)果和和數(shù)據(jù)格式數(shù)據(jù)格式 （3）PIR (Protein Information Reso

23、urce) u 由由National Biomedical Research Foundation 創(chuàng)辦創(chuàng)辦 u蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)家族分類家族分類 u 蛋白質(zhì)整合信息蛋白質(zhì)整合信息 （4）PRF (Protein Research Foundation) http:/www.prf.or.jp/en/os.html u 由日本的由日本的 Protein Research Foundation 創(chuàng)辦創(chuàng)辦 u 已發(fā)表在雜志上的蛋白質(zhì)序列已發(fā)表在雜志上的蛋白質(zhì)序列 u 修飾位點、修飾位點、SS鍵等鍵等 u 兩月更新一次兩月更新一次 （6）Prosite h

24、ttp://prosite u 蛋白質(zhì)家族蛋白質(zhì)家族 u 結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)域 3、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 （1）PDB (Protein Data Bank) u 由由 Brookhaven National Laboratories 創(chuàng)辦創(chuàng)辦 v 蛋白質(zhì)蛋白質(zhì) v 核酸核酸 v 其它其它 u 57, 103 個結(jié)構(gòu)圖（個結(jié)構(gòu)圖（2009.2） u 可通過可通過 BLAST 系統(tǒng)檢索系統(tǒng)檢索 u X 射線衍射圖射線衍射圖、 核磁共振（核磁共振（NMR） 光譜圖光譜圖和電和電 鏡圖鏡圖（文字文字和和三維三維結(jié)構(gòu)圖）結(jié)構(gòu)圖） （2）SWI

25、SS-3D IMAGE http:/www.expasy.ch/sw3d/ 蛋白質(zhì)的平面和立體圖蛋白質(zhì)的平面和立體圖 u 來源于實驗結(jié)果來源于實驗結(jié)果 u 理論模型理論模型 4、酶和代謝數(shù)據(jù)庫、酶和代謝數(shù)據(jù)庫 （1）KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) u 各種代謝、遺傳等路徑圖各種代謝、遺傳等路徑圖 u 可檢索參于可檢索參于各種各種路徑的基因路徑的基因 KEGG主頁主頁http:/www.genome.ad.jp/kegg/ 點擊點擊“PATHWAY” “PATHWAY”網(wǎng)頁點擊任何代謝路徑，如糖酵解網(wǎng)頁點擊任何代謝路徑，如糖酵解/糖糖

26、 原異生途徑（原異生途徑（Glycolysis/Gluconeogenesis) u 檢索檢索Genetic Information Processing KEGG主頁點擊主頁點擊“PATHWAY” “PATHWAY”網(wǎng)頁點擊任何遺傳信息路徑，網(wǎng)頁點擊任何遺傳信息路徑， 如如 Protein export 路徑路徑 可以查看參加這一路徑蛋白質(zhì)的可以查看參加這一路徑蛋白質(zhì)的信息信息 u 檢索檢索Environmental Information Processing KEGG主頁點擊主頁點擊“PATHWAY” “PATHWAY”網(wǎng)頁點擊任何網(wǎng)頁點擊任何Environmental Informat

27、ion Processing 路徑，如路徑，如 MAPK signaling pathway 路徑路徑 可以查看與這一路徑相連的可以查看與這一路徑相連的其它信號路徑其它信號路徑 或參加這一路徑的或參加這一路徑的蛋白質(zhì)信息蛋白質(zhì)信息 u 檢索檢索Cellular Processes KEGG主頁點擊主頁點擊“PATHWAY” “PATHWAY”網(wǎng)頁點擊任何網(wǎng)頁點擊任何Cellular Processes 路徑，如路徑，如 Cell cycle 路徑路徑 可以查看與這一路徑相連的其它信號路徑可以查看與這一路徑相連的其它信號路徑 或參加這一路徑的蛋白質(zhì)信息或參加這一路徑的蛋白質(zhì)信息 （2）PKR (

28、Protein Kinase Resource) /pkr/Welcome.do 多種檢索內(nèi)容多種檢索內(nèi)容 u 已知蛋白激酶的序列比較已知蛋白激酶的序列比較 u 蛋白激酶分類蛋白激酶分類 u 蛋白激酶的三維結(jié)構(gòu)蛋白激酶的三維結(jié)構(gòu) u 其它參考資料其它參考資料 5、物種分類數(shù)據(jù)庫、物種分類數(shù)據(jù)庫 u 物種分類物種分類 界（界（Kingdom） 門（門（Phylum） 綱（綱（Class） 目（目（Order） 科（科（Family） 屬（屬（Genus） 種（種（Species） 每一分類等級下可加設(shè)亞級（每一分類等級下可加設(shè)亞級（Sub

29、-），如亞門、亞），如亞門、亞 綱、亞科等。綱、亞科等。 每一分類等級上可加設(shè)總級（每一分類等級上可加設(shè)總級（Super-），如總綱、），如總綱、 總目、總科等。總目、總科等。 動物界（動物界（Animal） 脊索動物門（脊索動物門（Chordata） 脊椎動物亞門（脊椎動物亞門（Vertebrata） 哺乳綱（哺乳綱（Mammalia） 嚙齒目（嚙齒目（Rodentia） 鼠科（鼠科（Muridae） 小家鼠屬（小家鼠屬（Mus） 小家鼠種（小家鼠種（musculus） 舉例：舉例： Mouse：Mus musculus Human：Homo sapiens Arabidopsis：Arab

30、idopsis thaliana Taxonomy /Taxonomy/taxonomyhome.html u 擬南芥擬南芥系譜（系譜（lineage） u 各個物種的系譜樹各個物種的系譜樹 在在NCBI Entrez Taxonomy Homepage網(wǎng)頁網(wǎng)頁 點擊點擊“tree” 在在“tree”網(wǎng)頁點擊任一物種名，如網(wǎng)頁點擊任一物種名，如 “Eukaryota” 真核生物的真核生物的系譜系譜(lineage) 6、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 u 各種雜志、書刊上發(fā)表的文章各種雜志、書刊上發(fā)表的文章 u 大多數(shù)有摘要大多數(shù)有摘要 （1）Pub

31、Med /PubMed/ u 美國國家醫(yī)學(xué)圖書館的數(shù)據(jù)庫美國國家醫(yī)學(xué)圖書館的數(shù)據(jù)庫 u 醫(yī)學(xué)醫(yī)學(xué) u 分子生物學(xué)分子生物學(xué) u 基礎(chǔ)生物學(xué)基礎(chǔ)生物學(xué) u 5300多種刊物，來源于多種刊物，來源于70多個國家多個國家 u 刊物年限：刊物年限：1948年至今年至今 （2）OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) u NCBI 的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫 u 人類基因人類基因 u 遺傳疾病遺傳疾病 u 每天更新數(shù)據(jù)每天更新數(shù)據(jù) 條目條目 /sites/entrez

32、?db=OMIM （3）Agricola / u 美國農(nóng)部農(nóng)業(yè)圖書館的數(shù)據(jù)庫美國農(nóng)部農(nóng)業(yè)圖書館的數(shù)據(jù)庫 u 農(nóng)業(yè)類刊物農(nóng)業(yè)類刊物 7、向數(shù)據(jù)庫提交和修改核苷酸和蛋白質(zhì)序列、向數(shù)據(jù)庫提交和修改核苷酸和蛋白質(zhì)序列 提交：提交：Submission 修改：修改：Update 數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)由大家無償提供，共同享用數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)由大家無償提供，共同享用 Growth of Sequence and 3D Structure Databases Signed by 256 researchers （1）向向 GenBank提交或修改核苷酸序列提交或修

33、改核苷酸序列 u 用用 BankIt 功能功能提交提交序列序列 v 網(wǎng)上直接提交，簡單方便網(wǎng)上直接提交，簡單方便 v 提交后立刻得到臨時編號提交后立刻得到臨時編號 v 一周內(nèi)得到一周內(nèi)得到 Accession number u 用用Update 功能功能修改修改 GenBank 中的序列和相關(guān)信息中的序列和相關(guān)信息 v 修改一次，修改一次，version 的編號就進(jìn)一位的編號就進(jìn)一位 u 用用 Sequin 方法提交序列方法提交序列 v 可下載的電子表格可下載的電子表格 v 自動確定自動確定 CDS、ORF 和查找重復(fù)序列和查找重復(fù)序列 （2）向）向 SWISS-PROT 提交或修改蛋白質(zhì)序列

34、提交或修改蛋白質(zhì)序列 u 網(wǎng)上直接操作網(wǎng)上直接操作 u 只接收用蛋白質(zhì)直接測序的序列只接收用蛋白質(zhì)直接測序的序列 u 由核苷酸序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列由核苷酸序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列 將進(jìn)入將進(jìn)入TrEMBL （三）上機(jī)操作（三）上機(jī)操作 1. 熟悉各種數(shù)據(jù)庫熟悉各種數(shù)據(jù)庫 2. 重點了解重點了解 GenBank 和和 SWISS-PROT 的各種功能和適用范圍的各種功能和適用范圍 Xa26 nucleic acid sequence (DQ426646,6000 bp): ATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCT AGATCTCACGAGAAAAAAGAAATACATCTCA GGGGTTGTGATG