第三章微生物的分類第一節微生物在生物中的分類地位第二節細菌的分類第三節病毒的分類第一節微生物在生物中的分類地位

六界

四界

（一）無細胞結構病毒界

病毒界（二）有細胞結構

1、無核膜原核生物界原核原生物

2、有核膜原生物界①細胞無分化真核原生生物界真核原生物②細胞有分化真菌界

植物界

植物界

動物界

動物界全生命系統樹(P318圖12－3)地球上最先出現的生命是現有生命的共同祖先，進化向兩個方向發展第二節細菌的分類一、分類單元及其等級二、微生物的命名三、細菌分類和伯杰氏手冊四、細菌分類鑒定的特征和技術一、分類單元及其等級

界Kingdom

門Phylum——亞門綱Class——亞綱目Order——亞目科Family——亞科屬Genus

種Species常用的細菌分類術語培養物（culture),是指一定時間一定空間內微生物的細胞群或生長物。菌株（strain)，從自然界分離得到的任何一種微生物的純培養物都可以稱為微生物的一個菌株；用實驗方法（如通過誘變）所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個新的菌株，以便與原來的菌株相區別。

型（form或type),常指亞種以下的細分，當同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為心的亞種時，可以細分為不同的型。種（species),是生物分類中基本的分類單元和分類等級。二.微生物的命名1.分類單元的命名

⑴屬名屬名用一個單數主格名詞或當作名詞用的形容詞來表示，可以是陽性、陰性或中性，首字母要大寫。⑵種名和其他生物一樣，細菌的種名也用雙名法（binomialnomenclature）命名，即種的學名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。⑶亞種名亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構成。

2.命名模式及其指定

如前所述，由于細菌分類單元的劃分缺乏一個易于操作的統一標準，為了減少因采用不同標準界定分類單元所造成的混亂，細菌系統分類也像其他生物分類一樣采用“模式概念”。即根據命名法規要求，正式命名的分類單元應指定一個命名模式（簡稱模式）作為該分類單元命名的依據。3.新名稱的發表

根據細菌命名法規的規定，有效發表新的細菌名稱應在公開發行的刊物上進行。若新名稱是在國際系統細菌學雜志（IJSB）以外的其他雜志上發表的，還必須經過新名稱的合格化發表，被認為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否則不算合格發表，也不能取得國際上的承認。發表新名稱時，應在新名稱之后加上所屬新分類等級的縮寫詞，如新目“ord.nov.”、新屬“gen.nov.”、新種“sp.nov.”等。

20世紀60年代以前前，國際際上不少少細菌分分類學家家都曾對對細菌進進行過全全面的分分類，提提出過一一些在當當代有影影響的細細菌分類類系統。。但70年代以后后，對細細菌進行行全面分分類的、、影響最最大的是是《伯杰氏手手冊》。所以該該書目前前已成為為對細菌菌進行分分類鑒定定的主要要參考書書。三、、細細菌菌分分類類和和伯伯杰杰氏氏手手冊冊四、、細細菌菌分分類類鑒鑒定定的的特特征征和和技技術術（一一））形形態態學學和和生生理理生生化化特特征征（二二））血血清清學學試試驗驗與與噬噬菌菌體體分分型型（三三））氨氨基基酸酸的的順順序序和和蛋蛋白白質質的的分分析析（四四））核核酸酸的的堿堿基基組組成成和和分分子子雜雜交交（一一））形形態態學學和和生生理理生生化化特特征征1．形形態態學學特特征征（1）細細菌菌形形態態：：形形狀狀、、大大小小、、排排列列（2）培培養養特特征征：：菌菌落落特特征征（3）特特殊殊結結構構：：鞭鞭毛毛、、芽芽孢孢、、莢莢膜膜、、孢孢子子（4）染染色色反反應應：：革革蘭蘭、、抗抗酸酸（5）內內含含物物：：異異染染顆顆粒粒、、伴伴孢孢晶晶體體（6）運運動動性性：：2．生生理理生生化化特特征征（1）生生理理：需氧氧性性、、溫溫敏敏性性、、噬噬鹽鹽性性、、與與宿宿主主的的關關系系、、生生活活史史（（有有性性生生殖殖情情況況））等等（2）生生化化：營養養類類型型（（自自養養/異養養））、、對對碳碳源源的的利利用用能能力力、、對對氮氮源腸桿菌科細菌的分類主要靠生理生化（二二））血血清清學學試試驗驗與與噬噬菌菌體體分分型型1．血血清清學學試試驗驗細菌菌細細胞胞與與病病毒毒等等都都含含有有蛋蛋白白質質、、脂脂白白蛋蛋、、脂脂多多糖糖等等有有抗抗原原性性的的物物質質，，由由于于不不同同微微生生物物抗抗原原物物質質結結構構不不同同，，賦賦予予它它們們不不同同的的抗原原特特征征。。一種種細細菌菌的的抗抗原原除除了了可可與與它它自自身身的的抗抗體體起起特特異異性性免免疫疫反反應應外外，，若若它它與與其其它它種種類類的的細細菌菌有有共共同同的的抗抗原原組組分分，，它它們們的的抗抗原原抗抗體體之之間間就就會會發發生生交交叉叉反反應應。。2.噬菌菌體體分分型型在原原核核生生物物中中已已普普遍遍發發現現有有相相應應種種類類的的噬噬菌菌體體.噬菌菌體體對對宿宿主主的的感感染染和和列列解解作作用用具具有有高高度度的的特特異異性性,即一一種種噬噬菌菌體體往往往往只只能能感感染染或或裂裂解解某某種種細細菌菌,甚至至只只裂裂解解種種內內的的某某些些菌菌株株.所以以,根據據噬噬菌菌體體的的宿宿主主范范圍圍可可將將細細菌菌分分為為不不同同的的噬噬菌菌型型和和利利用用噬噬菌菌體體裂裂解解這這樣樣的的特特異異性性進進行行細細菌菌鑒鑒定定.這對于追溯溯傳染病來來源、流行行病調查以以及病原菌菌的檢測鑒鑒定有重要要意義.（三）氨基基酸的順序序和蛋白質質的分析蛋白質是基基因的產因此,可以通過對某些同源蛋白質氨基酸順序的比較來分析不同生物系統發育關系,序列相似性越高,其親緣關系愈近.因此可以根據蛋白質的氨基酸序列資料構建系統發育樹和進行分類.（四）核酸酸的堿基組組成和分子子雜交比較DNA和堿基組成成和進行核核酸分子雜雜交,是目前通過過直接比較較基因組進進行生物分分類最常用用的兩種方方法.1.DNA的堿基組成成[(G+C)%]2．核酸的分分子雜交DNA—DNA雜交、DNA—rDNA雜交、核酸酸探針第三節病病毒的的分類一、病毒分類機機構二、病毒分類原原理及其依依據三、病毒的分類類系統四、病毒分類現現狀五、病毒的命命名一、病毒毒分類機機構1966年莫斯科科國際際病毒命命名委員員會1973年國際病毒毒分類委委員會（（ICTV）InternationalCommitteeonTaxonomyofVirus是病毒分分類與命命名的國國際權威威機構二、病毒毒分類原原理及其其依據原理：強調其其分類和和命名的的穩定性、、實用性性、認可可性和靈靈活性。。穩定性是指病毒毒名稱及及其隸屬屬關系一一旦確定定下來，，就應該該盡可能能的保留留。實用性是指病毒毒分類體體制應該該對病毒毒學研究究領域是是有用的的。認認可性是是指病毒毒分類階階元和名名稱應該該為病毒毒學研究究者樂意意接受和和使用，，所以，，認可性性也是實實用性的的必然結結果。靈活性是指病毒毒分類階階元可以以依據某某些新發發現而進進行重新新修訂和和再確定定二、病毒毒分類原原理及其其依據依據病毒粒子子特性抗原性質質病毒生物物學特性性病毒粒子子特性病毒形態態：如大小小、形狀狀、包膜膜和包膜膜突起的的有無，，衣殼結結構及其其對稱性性；病毒生理理生化和和物理性性質：如分子子量，沉沉降系數數，浮力力密度，，病毒粒粒子在不不同pH、溫度、、Mg2+、Mn2+、變性劑劑、輻射射中的穩穩定性；；病毒基因因組，如基因因組大小小、核酸酸類型、、單雙鏈鏈、線狀狀或環狀狀，正負負鏈，G+C所占的比比例、核核苷酸序序列等；；病毒蛋白白，如結構構蛋白和和非結構構蛋白的的數量，，大小以以及功能能和活性性，氨基基酸序列列等；病毒脂類類含量和特特性；碳水化合合物含量和特特性。病毒抗原原性質和和生物學學特性病毒抗原原性質：包括病毒毒血清學學性質與與其抗原原的關系系。病毒生物物學特性性：包括病毒毒天然的的宿主范圍圍；病毒在自自然狀態態下的傳播與媒媒介體的關系系；病毒的地理分布布，致病病機理，，組織嗜嗜親性；病毒引起起的病理和組組織病理理學特點點。三、病毒毒的分類類系統Order目一群具有有某些共共同特征征的科。。基因組不不同，但但有相似似的基因因組次序序、結構構及復制制方式，，甚至編編碼相似似的功能能蛋白的的共同保保守序列列。詞尾尾viralesFamily科詞尾vivideSubfamily亞科Genus屬詞尾virusSpecies種科和屬屬是病病毒分分類的的最主主要單單位Avianinfluenzavirus,AIVOrthomyxoviridae正粘病病毒科科Influenzavirus流感病病毒屬屬按核蛋蛋白和基質質蛋白白的抗原原性不同，，流感感病毒毒被分分為甲（A）、乙乙（B）和丙（（C）三個血清清型A:人、豬豬、馬馬、禽禽類、、海豹豹等B:人C:人、豬豬各型流流感病病毒又又根據據其表面血血凝素素及神經氨氨酸酶酶抗原性性的不不同再再分為為若干干亞型型。A型流感感病毒毒因其其表面面蛋白白HA和NA抗原性性的不不同而而被分分為16個不同同的HA亞型(H1～H16)和10個不同的的NA亞型(N1～N10)感染人人的禽禽流感感病毒毒亞型型主要要為H5N1、H9N2、H7N7，其中中感染染H5N1的患者者病情情重，，病死死率高高SARSCoV(severeacuterespiratorysyndromecoronavirus,SARSCoV),屬于巢巢狀(套式））病毒毒目(Order:Nidovirales)、冠狀病病毒科科(Family:Coronaviridae)、冠狀病病毒屬屬(Genus:Coronavirus)。正義單單鏈RNA病毒。。在形形態學學上最最顯著著的特特征是是包膜膜(envelope)外有棒棒狀子子粒,狀如王王冠

四、病病毒分分類現現狀1995年F.A.Marphy(墨菲)第六2000年ICTV第七次分類報告在部分科上建立了3個目：尾病毒目、單負股病毒目、套式病毒目，4000余種病毒分為64個科、233屬，脊椎動物病毒為主的有27科。2005年出版的《病毒分類：國際病毒分類委員會第八次報告》，超過5450株病毒可以歸類到3個病毒目、或73個病毒科或73個病毒科、9個病毒亞科、287個病毒屬、1938個