1、生物信息學第五章：蛋白質結構與分析（第一部分）三級結構可視化VMD：file & mouse能夠實現蛋白質三維結構可視化的非常多。 比如， 專業級的 PyMOL（）。這個已經被世界上著名的生物公司“公司，它還有強（Schrdinger）”收購。這種專業級的可視化大的插件支持各種各樣的蛋白質結構分析。不僅能夠做出非常漂亮的當然這樣一款出色的，價格也是不菲的。針對科研院所和非機構的價格，個人。如果是以整個用戶是每年 99科研機構為。課題組，也就是一個老師和他的學生，每年 269，價格面議。這里要提醒各位同學。如果你的文章里提到某些內容是使用 PyMOL 制作的，而文章中所有作者和作者都沒有 PyM

2、OL 的的話，你可能會公司的追責。所以，不管是用什么，請一定正版，從學生階段起就應當樹立起正確的知識意識。下面給大家介紹一個功能同樣強大的免費蛋白質三維結構可視化， VMD（）。VMD 由伊利諾伊大學研發。VMD 需要先注冊獲得一個賬戶，之后就可以根據你的操作系統和機器配置選擇合適的版本了。當然，如前所述，和對于非商業用途的用戶都是免費的。VMD 的安裝也極其簡單。不需要預裝任何語言環境，完全圖形化安裝過程，絕對可以輕松搞定。1. 打開 VMD（圖 1）：對于 Windows 用戶，VMD 默認安裝在 C 盤Program Files(x86)University of Illinois VM

3、D 文件夾下。雙擊圖標，打開 VMD。VMD 打開后，會彈出三個窗口：VMD Main（主窗口），VMD Display（顯示窗口），和命令窗口。圖 1. VMD 主窗口、顯示窗口和命令窗口山東大學 生物信息學課題組榮譽http /bioinfo2. 打開一個蛋白質結構（圖 2）：主窗口中點 FileNew Molecule彈出新窗口Molecule Firowser（文件窗口）文件窗口中點 Browse自動打開 VMD安裝目錄進入proteins 文件夾選擇VMD 自帶的演示結中點 Load顯示窗口出現蛋白質結構。pti.pdb文件窗口圖 2.打開一個蛋白質結構3. 默認的蛋白質結構顯示方案

4、（圖 3）：把顯示窗口拖大后可以看到，VMD了 PDB文件中的原子坐標，把每一個原子以細線的形式展示在 3D 空間中。不同的原子對應的細線顏色不同。碳原子是青色的，氮原子是藍色的，氧原子是紅色的，氫原子是白色的，還有少量黃色的硫原子。圖 3. 默認的蛋白質結構顯示方案山東大學 生物信息學課題組榮譽http /w/bioinfo4. VMD 中鼠標的使用（圖 4）：有了 JSmol 的操作經歷，VMD 就會很容易上手。把鼠標移到顯示窗口里，按住左鍵，隨意拖動，蛋白質就會在 3D 空間內任意旋轉；按住鼠標右鍵拖動，蛋白質會在當前平面內 360 度旋轉；前后滾動鼠標中鍵，可以將蛋白質放大或縮小。此外

5、，鼠標還有的使用方法：主窗口上的 Mouse 菜單里可以切換鼠標模式。默認的鼠標模式是 Roe Mode（旋轉模式，R）。R 模式下，鼠標在顯示窗口內為單箭頭。操作即為上述三種。將鼠標模式改為 Translate Mode（移動模式，T）后，鼠標在顯示窗口內變為十字箭頭。T 模式下，按住鼠標左鍵拖動為移動結構；右鍵和中鍵都為放縮功能。此外，還有 Scale Mode（縮放模式，S）。S 模式下，鼠標在顯示窗口內變為左右箭頭，按住鼠標左鍵或右鍵后，左右移動，即可完成連續的縮放。這種連續的縮放，不同于滾動中鍵實現的縮放。在默認的情況下，所有旋轉是圍繞整個結構的中心點進行的。也可以自己指定旋轉的中心。這需要把鼠標模式切換為Center（中心模式，C）。C 模式下，鼠標在顯示窗口內為。將放在想要作為旋轉中心的原子上點一下，再按住鼠標左鍵旋轉，就會以新定義的中心進行旋轉。圖 4. VMD 中鼠標的使用5. 恢復結構初始位置（圖 5）：主窗口中點 Dis