1、第八章 農業類數據庫的利用生物信息學在農作物基因組分析中的深入應用無疑會加速農業生產的開展。全世界的農學家、生物信息學家已充分認識到這一點。近年來 ，以“水稻基因組計 劃 為代表的農作物基因圖譜研究為生物信息學的農業應用打下了良好根底。一方面 ，通過比擬基因組學、表達分析和功能基因組分析 ，識別重要基因、發現新 基 因、加快基因克隆的速度 ，為培育轉基因作物、 改進作物的質量和數量性狀奠 定根底。 農業生物信息學與常規育種技術相結合 ，提高育種效率、創新遺傳資源、 加快育種進 程 ，已成為農作物育種的開展趨勢。基于生物大分子結構的藥物設計是生物信息學中的極為重要的研究領域。 以信號受體和轉錄途

2、徑組分分析為根底 進行農業化合物設計 ， 結合化學信息學方法 ，鑒定可用于殺蟲劑和除草劑的潛在 化學成分 ，將成為生物信息 學在農業上的另一推動力 ， 這將保證農作物高產優質 和綠色環保的市場要求。 另一方面 ，生物信息學應用于農業可以充分利用植物遺傳資源 ，保護農作物遺傳 多樣 性。對于我國這樣的農業大國 ，運用先進有效的生物信息學研究手段 ，結合 我國豐富 的特有的遺傳資源 ，開展中國優良農作物資源的單核苷酸多態性和插 入缺失多態性的 研究 ，別離、克隆有自主知識產權的有重要經濟價值的新基因及 重要的基因表達調控 元件 ，發現控制優良性狀基因的分子標記 ，將極大的加快我 國的農作物應用研究

3、工作 ， 實現我國農業持續開展。 通過生物信息學推動農業根底研究及應用研究的關鍵在于獲取主要農作物和家 畜家禽 的完整基因組建立基因組數據庫。 利用生物信息數據庫對基因、基因的結 構、基因 產物的功能分析將成為農業根底與應用研究工作中必不可少的技術手 段。本章對國際 上已經建立了一些重要的農作物基因組數據庫進行介紹。8.1 Grame ne :/ / 谷類比擬圖譜資源的網站。是一個協助性的、以網絡為根底的公開性數據資源， 致力 于稻科植物類的比擬基因組分析。他們的目標是使用公用工程信息促進交叉 物種的同 源關系研究，這些公用工程包括基因組、 EST 序列、蛋白質結構和功能

4、 分析、遺傳學 和物理圖譜、生物化學通路的闡述、表型特征和突變的QTL 定位及描述。作為一個信息源， Gramene 的目的是在公共資源中為資料提供更多的價 值， 便于研究者用水稻基因組序列來鑒定和闡述稻科作物的相應基因、通路和表型。8.2 Soybase 美國農業部大豆基因數據庫，包含了大豆的遺產、表型及其他信息。可以查到大 豆的 各種遺傳圖譜和物理圖譜，以及某些功能基因的信息。8.3 GrainGenes :/ Grai nGen es 是美國農業部和國家農業圖書館的植物基因組方案支持的麥、燕麥和甘蔗遺傳數據庫。數據組成和檢索方法與 Soybase 相似。物種8

5、.4 ArkDB :/ 農業相關和其他動物的基因組數據庫。其中包含有常見家畜，如：豬、牛、羊等 的遺傳圖譜和物理圖譜。其他網絡公共農業數據庫：1. 美國農業部(USDA)研究數據庫USDA Research Database 這是由美國農業部(USDA)創立的可檢索數據庫網頁，該數據庫系統提供了美國農業部正在進行的研究工程和已完成工程的資助人。由該網頁可超鏈進入美國農業部的各個部門進行查詢，如USDA的營養研究，生物化學與生物物理研究，微生物學研究，遺傳學，病毒學，分子生物學，藥理學，工程學，化學等領域。2. 美國農業研究局(ARS)數據庫ARS Database這個

6、網頁給出了 24個與農業有關的數據庫的超鏈接，可分別查詢：ARS水數據庫，牲畜基因組圖，國家農 業圖書館數據庫，食品成分數據，真菌保藏與信息，玉米基因數據庫，小谷物庫，國家植物種質系統，油料作物種子庫，大豆庫，豬基因組圖等。3. 美國食品與農業局統計數據庫FAOSTAT Statistics Database4. 美國農業部作物數據庫 USDA Natio nal PLANTS Database and Projects5. 加利福尼亞植物數據庫CalFlora Database6. 賓夕法尼亞植物數據庫 Pe nn sylva nia Flora Project7. 食肉植物數據庫 Carn

7、ivorous Pla nt Database8. 食肉植物知識數據庫 Carnivorous Pla nt Knowledge Database9. 食用園藝數據庫 Edible Lan dscap ing Database10. 基因組數據庫 Bov ine Genome Database11. 植物病毒數據庫 Pla nt Viruses On li ne - VIDE Database愛達荷大學。12. 裸子植物數據庫 Gymnosperm Database所有裸子植物：針葉樹、鳳尾松等。13. BGRG 降水模擬數據庫 BGRG Rainfall Simulation Databas

8、e14. 植物化學和人文植物數據庫Phytochemical a nd Eth nobota n ical Databases15. 食物輻射國家食物平安數據庫Facts About Food Irradiation National Food Safety Database 檢查輻射食物和消費者。16. CAB 國際 CAB International17. 水生植物數據庫 Center for Aquatic and In vasive Pla nts18. 植物病害常用名詞 Com mon Names of Pla nt Diseases 美國植物病理學學會的 數 據庫19. 密蘇里大學

9、，哥倫比亞-農學院，食物與自然資源University of Missouri,Columbia - College of Agriculture, Food and Natural Resources20. 谷物數據庫GrainGenes美國農業部資助，有小麥、大麥、黑麥、燕麥、甘蔗的分子和表形信息。21. 花粉和抱粉學數據庫 PalDat22. 花卉數據庫Flowerweb荷蘭花卉商會23. 林業世界 Forestworld24. 菲律賓國家草藥數碼庫 Philippine National Herbarium Digital Library25. 工業化農業數據庫 In dustrial

10、 Agriculture-USA Cleari nghouse26. 花卉數據庫Flowerbase27. 非洲-荷蘭農業合作數據庫 SPAAR & CGIAR28. 豬基因數據庫 Pig Genome Mapping29. 園藝與作物科學數據庫 Horticulture and Crop Scienee in Virtual Perspective30. 豆類基因數據庫 Bean Genes31. 康涅狄格草藥學院 Connecticut College Herbarium (CCNL)32. 有毒植物數據庫 Guide to Poisonous Plants 科羅拉多州立大學獸醫與

11、生物醫 學學 院33. 世界瀕危植物數據庫 Threatened Plants of the World34. 東北食品合作系統 Northeast Food System Partnership35. 漁業數據庫 Fish Industry Net36. 食品數據庫 OurFood37. BSE at CABI38. 俄亥俄州立大學土壤品質鑒定實驗室 Ohio State Un iversity Soil Characterization Lab 有俄亥俄土壤資源數據庫39. 加拿大豬改進中心 Canadian Center for Swine Improvement40. 植物信息國際組織

12、 International Organization for Plant Information 國際合作 建 立植物分類信息數據庫41. 蘭花數據庫 Orchidlink 20 多個國家的蘭花種植商及蘭花學會。42. 植物數據庫 PlantMaster 電子園藝雜志，供園林設計專家選用植物。43. 植物數據庫 Floraguide 園林和園藝信息、公司、講座數據庫和軟件。44. 土豆數據庫 Potato Research and Extensior 土豆品種、土豆蚜蟲、土豆交易信 息、 最新蟲害信息。45. 澳大利亞羊駝協會 Australian Alpaca Association46.

13、 國際花商詞典 International Florist Directory47. 樹林數據庫 SmartForest 不到 6000 棵樹的交互式可視化樹木數據庫。成為樹 木 生長、死亡、蟲害簡化的生態模型。48. 威斯康辛大學麥迪遜合作公園研究工程 University of Wisconsin, Madison Cooperative Park Studies Unit (WICPSU) 美國地質調查署資助，有國家公園 地衣 和菌類數據庫。49. Birkner 歐洲和 國 際紙業數據庫 Birkner European and International PaperWorld50.

14、蕨類植物數據庫 Ferns A La Akron, OH51. 美洲駝數據庫 Llama Search and Resource Center52. 美國農業部森林全球定位系統 USDA Forest Service Global Positioning System (GPS) Page 全球定位系統 (GPS) 和地理信息系統 ( GIS )用于森林 覆蓋地 區和偏遠 /荒野地區。53. 醫用和毒性植物數據庫 Medicinal and Poisonous Plant Databases54. 綜合災害管理資源數據庫 Database of IPM Resources (DIR)55. 國

15、家食品平安數據庫 National Food Safety Database 為消費者、制造商提供食 品 平安資料。包括家用罐頭指南。56. 日本園林數據庫 JGarden: The JapaneseGarden Database 有關日本園林的歷 史、 構造、人物、語言、圖案等。57. INVADERS (侵入者)數據庫 INVADERS Database System 美國西北部外來 植物 名稱、分類登記、管理信息。58. 美國印第安人文植物學數據庫 American Indian Ethnobotany Database59. 世界牛市 Cattle Offerings Worldwid

16、e (C.O.W) 互聯網上進行牛及其胚胎的買 賣交 易，數據庫適應買賣雙方。60. 大豆數據庫 SoyBase 美國農業部大豆基因數據庫61. 園藝數據庫 GardenGuides62. 園藝大事記 Calendar of Garden Events 可按地點、時間、關鍵詞檢索的園藝 大 事數據庫，用戶可參加自己的數據。63. 詹森斯華倫草藥庫 Jason Swallen Herbarium - Ohio Wesleyan University 俄亥 俄 衛斯理大學64. 雪茄數據庫 Cigar Aficionado65. 麻種數據庫 Hempseed 66. 農作物數據管理系統 Crop Data Management Systems, I