1、第六章：蛋白質組學普通高等教育“十二五”規劃教材生物信息學生物信息學Bioinformatics第一節 蛋白質組學概述一、蛋白質組學的產生（一）基因組學研究的成就（二）基因組學研究的局限與蛋白質組學的產生二、蛋白質組學研究的新進展1、蛋白質的分離與鑒定 二維凝膠電泳技術2、蛋白質互作或蛋白質復合體研究3、蛋白質翻譯后修飾分析4、蛋白質功能鑒定研究5、蛋白質復合體整體結構分析第二節 蛋白質的大規模分離鑒定技術一、蛋白質二維電泳-質譜技術（一）蛋白質二維電泳技術二維電泳和質譜技術聯用已成為近年最流行、最可靠的蛋白質分離與鑒定技術平臺。（二）質譜技術二、一維（二維）色譜-質樸技術（一）一維電泳（色譜

2、）-質譜技術（HPLC-MS）1、一維SDS-PAGE電泳（色譜）-質譜技術2、一維IEF電泳-質譜技術（二）二維色譜-質譜技術（2-DE-HPLC、MS）三、熒光差異凝膠電泳技術四、同位素親和標簽技術五、表面增強激光解吸電離飛行時間質譜技術六、蛋白質芯片技術與DNA芯片（DNA微陣列）的原理相類似，蛋白質芯片在固體支持物上采用了高密度的網格來固定整個蛋白質組，從而得以對特定樣品中的表達蛋白進行大規模的分析。 七、通過數據庫搜索鑒定蛋白質 ExPASYexpert protein analysis system是由瑞士生物信息研究中心維護的一個整合全面的蛋白質組學信息的網絡服務器，提供了眾多的

3、蛋白質序列、序列特征、結構、功能注釋等方面信息與分析工具，在其蛋白質組學工具中就包含了Mascot、ProFound等多種與質譜數據相關的肽段質量指紋數據分析工具。第三節 蛋白質的翻譯后修飾常見的蛋白質翻譯后修飾類型磷酸化、糖基化、泛素化、乙酰化和硫酸鹽化蛋白質的翻譯后修飾通過改變分子大小、疏水性及蛋白質的整體構象等對蛋白質生物學功能的正常行使產生影響。一、基于序列的蛋白質翻譯后修飾預測二、在蛋白質組學分析中鑒定翻譯后修飾第四節 蛋白質分選概念：除線粒體和植物葉綠體中能合成少量蛋白質外，絕大多數的蛋白質均在細胞質基質中的核糖體上開始合成!然后運至細胞的特定部位，這一過程稱蛋白質分選（prote

4、in sorting），也被稱為蛋白質定向轉運（protein targeting）。亞細胞定位信號預測程序SignalPTargetPPSORT第五節 蛋白質相互作用一、利用實驗鑒定蛋白質互作通過實驗鑒定蛋白質的相互作用主要包括遺傳學方法、生物化學方法和生物物理方法，其結果可以在原子、互作雙組分、互作多組分（復雜互作）及細胞水平等4個方面得到表現。研究方法：1、酵母雙雜交（Y2H）2、遺傳學方法3、物理學方法親和層析免疫共沉淀二、蛋白質互作的預測白質相互作用預測的生物信息學方法包括：1、基于基因組信息的方法2、 基于進化關系的方法3、基于蛋白質序列的從頭預測的方法4、基于蛋白質三維結構信息的方法（一）根據鄰接基因進行互作蛋白的預測（二）根據基因、結構域融合事件進行互作蛋白的預測（三）根據系統發育譜進行互作蛋白的預測利用鏡像樹進行互作蛋白預測（四）根據序列的同源性進行互作蛋白的預測（五）利用多種方法進行互作蛋白