1、文蛤外套膜和肝胰臟組織cDNA文庫的構建及其線粒體全基因組序列的擴增英文題名 Construction of cDNA Libraries from Mantle and Hepatopancreas of Hard Clam (Meretrix Meretrix) and Amplification of Mitochondrial Genome Sequence 關鍵詞 文蛤; cDNA 文庫; 表達序列標簽 ; 線粒體基因組 ; 英文關鍵詞 Meretrix meretrix; cDNA Library; ESTs; Mitochondrial Genome; 中文摘要 文蛤 (Mere

2、trix meretrix) 屬軟體動物門 (Mollusca) 、雙殼綱 (Lamellibranchia) 、異齒亞綱 (Heterodonta) 、簾蛤目 (Veneroida) 、簾蛤科 (Veneridae) 、文蛤屬 (Meretrix) 。文蛤是一種天然資源 豐富的灘涂貝類 ,具有較高的營養和藥用價值 , 是重要的海水增養殖優良品種 ,也 是主要出口的鮮活水產品之一。本研究構建了文蛤外套膜和脾臟組織的cDNA文庫、EST測序、序列分析，設計引物擴增線粒體基因組序列，并利用生物信息學 方法, 對 16 種雙殼貝類的線粒體基因組的結構特征進行了研究。1. 運用TRIZOL Reage

3、 nt提取文蛤外套膜和脾臟組織的總 RNA用SMART cDNALibrary Construction Kit構建cDNA文庫。經測定原始文庫滴度分別為 1.70 x 106和1.60 x 106,重組率分別為96.5%和95.2%,插入片段平均長度分別為705 bp和 750 bp,文庫質量符合標準要求。2.隨機選取文庫的2112個克隆進行5'端測 序，獲得高質量EST序列2023個(外套膜:1019,肝胰臟:1004),測序成功率 95.8%. 英文摘要 Hard clam (Meretrix meretrix) belongs to Mollusca, Lamellibranc

4、hia, Heterodonta, Veneroida, Veneridae, Meretrix, which is a natural resource-rich shellfish, and possess high nutritional and medical value. Hard clam is also the main live aquatic products for international market. In this research, the construction of cDNA libraries, EST analysis and the amplific

5、ation of genome of mitochondrion were conducted, and the features of mitochondrial genomes of 16 bivalves were also studied. 1. Total RNA摘要 3-4Abstract 4第一章 文獻綜述 7-141 文蛤概述 7-91.1.分類地位、種類及分布 71.2.形態特征 7-81.3. 生態習性 81.4.我國文蛤養殖業現狀81.5. 文蛤的分子生物學研究8-92cDNA文庫概述9-132.1. cDNA 文庫的概念92.2.cDNA 文庫類型 9-102.3.cD

6、NA文庫構建及EST分析流程10-112.4. cDNA文庫的應用11-122.5. EST 技術的局限性 12-132.6.SMAR技術133本研究目的和意義13-14第二章 文蛤cDNA文庫的構建及部分ESTs初步分析14-381材料和方法14-211.1. 材料 141.2. 方法 14212結果21-362.1. 總RNA的提取和mRNA勺純化21-222.2.雙鏈 cDNA的合成 222.3. cDNA文庫的鑒定 22-232.4. EST 測序結果的初步統計分析 23272.5. 已知EST基因分類27-302.6. 基因表達譜的構建 30-332.7. 微衛星位點的篩選 33-3

7、6 3 討論 36-38 3.1. SMART 技術3632 總RNA的提取3633 文庫構建36- 373.4. EST 測序 373.5. 結果分析37- 38 第三章 文蛤線粒體全基因組序列擴增 38-451 前言 38391.1. 線粒體DNA的結構與特性381.2.線粒體DNA多態性38-391.3. 雙殼貝類線粒體基因的應用2.1. 材料和方3 結果 423.2.4.1. 引物設計392 文蛤線粒體基因組的擴增 39-42法 39-402.2. 實驗方法 40-42433.1. 基因組總DNA提取結果42PCRT增結果42-434討論43-45434.2. PCR 試驗條件的優化

8、43-45第四章 雙殼貝類線粒體編碼基因密碼子 48-49507 討論 50-52討論 36-38RNA的提取36EST測序37因組序列擴增 38-45 的結構與特性 3839 1.3. 體基因組的擴增 39-4240 2.2.433.1.PCRT增結果42-43434.2. PCR 試驗條件的優化 43-45第四章 雙殼貝類線粒體基因組結構的比較研究 45-521 雙殼貝類線粒體基因組 45462 基因組結構和基因排列 46-483 堿基組成 4845 控制區序列 496 系統進化分析 49-結論 52-53 參考文獻 53-58 致謝 58-5933.1. SMART 技術 363.2.

9、總3.3. 文庫構建 36-373.4.3.5. 結果分析 37-38 第三章 文蛤線粒體全基1 前言 38-391.1. 線粒體 DNA1.2. 線粒體DNA多態性38- 雙殼貝類線粒體基因的應用 392 文蛤線粒2.1. 材料和方法 39- 實驗方法 40-423 結果 42-基因組總DNA提取結果423.2.4 討論 43-454.1. 引物設計討論 36-38RNA的提取36EST測序37因組序列擴增 38-45 的結構與特性 3839 1.3. 體基因組的擴增 39-4240 2.2.433.1.PCRT增結果42-43434.2. PCR 試驗條件的優化 43-45第四章 雙殼貝類

10、線粒體基因組結構的比較研究 45-521 雙殼貝類線粒體基因組 45-基因組結構的比較研究 45-521 雙殼貝類線粒體基因組 45462 基因組結構和基因排列 46-483 堿基組成 484編碼基因密碼子 48-495 控制區序列 496 系統進化分析 49507 討論 50-52 結論 52-53 參考文獻 53-58 致謝 58-5933.1. SMART 技術 363.2. 總3.3. 文庫構建 36-373.4.3.5. 結果分析 37-38 第三章 文蛤線粒體全基1 前言 38-391.1. 線粒體 DNA1.2. 線粒體DNA多態性38- 雙殼貝類線粒體基因的應用 392 文蛤線粒2.1. 材料和方法 39- 實驗方法