TCGA數據庫介紹專題整理ppt目錄整理ppt前言01xx整理pptTCGA-THECANCERGENOMEATLAScancerGenomeTranscriptomeClinicEpigenomeProteome整理ppt癌癥種類豐富，樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage整理ppt整理ppt/整理ppt數據產生歷程02xx整理pptTCGA數據的產生歷程：1.組織樣本和臨床數據來源網站(TSS)收集的數據發送到Biospecimen核心資源(BCRs)。2.BCRs提交臨床數據和元數據到數據協調中心(DCC)和測序中心(GSCs),獲取組織變異數據,然后提交給DCC。3.GSCs提交跟蹤文件,序列比對后文件到癌癥基因組學中心(CGHub)。4.提交給DCC和CGHub的數據可供研究團隊和基因組數據分析中心(GDACs)使用。5.分析pipeline以及由GDACs產生的數據結果通過DCC保存到研究社區（community）中。http:///abouttcga/overview整理pptbarcode解讀03xx整理ppt詳細請見：/display/TCGA/TCGA+barcode整理pptDaTATYPESANDLEVELS04xx整理pptDATATYPES整理pptDataLevelLevelTypeDescription1RawLow-leveldataforsinglesample單個樣本的低級數據Notnormalized未標準化2ProcessedNormalizedsinglesampledata標準化的單個樣本Interpretedforpresenceorabsenceofspecificmolecularabnormalities解釋異常的個體3Segmented/InterpretedAggregateofprocesseddatafromsinglesample單個樣本整合在了一起Groupedbyprobedlocitoformlargercontiguousregions(insomecases)根據probe的位置分組4Summary/RegionsofInterest(ROI)Quantifiedassociationacrossclassesofsamples量化關聯類的樣本Associationsbasedontwoormore兩個或多個的關聯Molecularabnormalities分子水平的異常Samplecharacteristics樣本特性Clinicalvariables臨床變異DATALEVLES整理ppt注意：低水平的測序數據存儲在CGHub/,申請下載時需要DUNSnumber.TheCancerGenomicsHub(CGHub)isasecurerepositoryforstoring,cataloging,andaccessingcancergenomesequences,alignments,andmutationinformationfromtheCancerGenomeAtlas(TCGA)consortiumandrelatedprojects.整理ppt目前已有的癌癥種類05整理ppt癌癥種類豐富，樣本量大34kindsofcancer325samplesonaverage整理ppt詳細見：TCGApublicationguideline,/publications/publicationguidelines整理ppt數據下載及解讀06xx整理ppt整理ppt整理ppt整理ppt

最簡單的方法：/tcga/tcgaHome2.jsp整理ppt整理ppt整理ppt

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