1、實驗二數據庫相似性搜索與序列比對實驗原理：數據庫相似性搜索以兩兩序列比對為基礎，將感興趣的基因序列與序列數據庫中的每個序列進行比較，鑒別出相似的序列。搜索結果顯示出與最佳匹配序列的對位排列及匹配記分。序列數據庫搜索對發現基因的功能非常有效。FASTA和BLAST是兩個著名的用于數據庫相似性搜索的軟件包。其中BLAST（BasicLocalAlignmentSearchToo）基于局部比對的搜索工具，是一種啟發式搜索算法服務軟件，包括BLASTP，BLASTN，BLASTX，TBLASTN和TBLASTX程序。實驗目的與要求：學習數據庫相似性檢索和序列比對的程序的使用，能夠理解程序給出的結果，從

2、中獲取有關功能和結構的信息。（1）要求學生運用已經學習過的數據庫檢索方法在數據庫中檢索特定的基因（2）掌握數據庫相似性搜索工具BLAST的基本比對方法，參數設置及結果分析（3）掌握核酸和蛋白質兩序列比對方法、參數設置及結果分析實驗材料：未知核酸序列；未知氨基酸序列；SOD基因工具軟件：（1）數據庫檢索工具ENTREZ（2）數據庫相似性搜索工具BLAST（/blast）（3）兩序列比對工具Aligntwosequences（bl2seq）一、利用BLAST中的Special類下的Aligntwosequences（bl2seq）比較人與老鼠的SOD基因蛋白質序列的相似性程度（1）利用NCB啲EN

3、TREZ檢索蛋白質數據庫獲得人AAB2781&1和老鼠3GTT_E的SOD基因氨基酸序列或者登錄號（SOD分為SOD1或SOD2等,注意檢索時選擇完全相同的SOD基因）（2）進入NCBI的BLAST網頁，選擇SpecializedBLAST下的Aligntwosequences（bl2seq）程序進行兩序列比對（3）選擇blastp子程序，將序列或登錄號分別粘貼到序列框中（4）其他選項采用默認的設置,運行程序（5）分析結果，并回答以下問題在NCB啲ENTREZ檢索中使用的關鍵詞是什么？Humanandsodmouseandsod人和老鼠的SOD基因的蛋白質序列的登錄號分別是？人AAB27818

4、.1和老鼠3GTT_E兩序列比對得到的一致性百分比和相似性百分比分別為多少？Identities127/153（83%）Positives135/153（88%）兩序列比對結果中哪些區域出現了gap?Gaps0/153（0%）二、利用SPECIELIZEDBLAST的ConservedDomain進行蛋白質保守結構域分析（1）進入NCBI的BLAST網頁（2）選擇SpecializedBLAST下的ConservedDomain超鏈接進入（3）在Cazy數據庫查找一個糖苷水解酶GlycosideHydrolases（GH+學號），獲得其蛋白質序列或蛋白質序列的Genbank登錄號AEK5938

5、6.1（4）將糖苷水解酶的登錄號或蛋白質輸入到ConservedDomain頁面的輸入框內（5）參數選擇默認即可，點擊submit提交進行分析（6）閱讀得到的結果，點擊各HIT的超鏈接了解找到的結構域的功能（7）將結構域圖形和表格記錄在實驗報告中三、利用BLAST在數據庫中搜索不同物種的同源基因ActinosynnemamirumDSM43827,completegenome（1）利用文獻檢索工具檢索Clostridiumthermocel嗜熱梭菌與其纖維素降解功能相關的基因，例如糖苷水解酶GlycosideHydrolases（GH+學號）或多糖裂解酶PolysaccharideLyases

6、（PLs）或碳水化合物酯酶CarbohydrateEsterases（CEs）等（2）利用NCB啲ENTREZ檢索該基因獲得其核酸序列AB125373或者利用（二）中的蛋白質登錄號在ncbi數據庫中通過relatedinformation鏈接到核酸數據庫，獲得該基因的核酸登錄號或序列（3）利用BLASTn進行數據庫相似性搜索搜索其他微生物中的同源基因（4）分析BLAST結果，并回答以下問題檢索獲得基因名稱是？chi19-1該基因的登錄號是多少？AB125373進行BLASTn搜索的數據庫選項為？nr請列舉3-5個具有該基因的同源基因的其他微生物及其同源基因的登錄號？Streptomycesgriseussubsp.griseusNBRC13350DNA,completegenomeAP009493.1StreptomycesgriseusgeneforchitinaseC,completecdsAB0092891AmycolatopsismediterraneiU32,completegenomeCP