1、R畫月亮陰晴圓缺：corrplot繪圖相關(guān)系數(shù)矩陣今天是十五元宵節(jié)，即是和家人團(tuán)聚的機(jī)會(huì)，也是賞月的好日子。但作為科研汪的我，在狗年應(yīng)更加努力，爭(zhēng)取在狗年旺旺，從加班狗中脫穎而生。分享一個(gè)相關(guān)分析可視化實(shí)戰(zhàn)，祝大家元宵節(jié)快樂！先給大家送一個(gè)我畫的假藍(lán)月亮，不管你看著像不像，反正我覺得像。之前我們分享了關(guān)于相關(guān)分析的原理，還有g(shù)gcorrplot包的使用。相關(guān)性分析方法基礎(chǔ)：Spearman、Kendall和PearsonR相關(guān)矩陣可視化包ggcorrplot今天推由相關(guān)分析的第三講，corrplot實(shí)戰(zhàn)與繪圖corrplot簡(jiǎn)介與安裝corrplot是一個(gè)繪制相關(guān)矩陣和置信區(qū)間的包，它也包含了

2、一些矩陣排序的算法。安裝也非常簡(jiǎn)單，如果在Rstudio中，直接安裝：install.packages('corrplot')本節(jié)選學(xué)內(nèi)容，讓工作體驗(yàn)更美好！如果使用rstudio的數(shù)據(jù)源下載太慢，可以使用國內(nèi)清華鏡像安裝，反正我在科技網(wǎng)，或方正寬帶下載都會(huì)快10倍以上。install.packages('corrplot',repos='https:cor(mtcars)corrplot(M,order='hclust',addrect=2)簡(jiǎn)單三句話，美美噠相關(guān)分析結(jié)果是由來了。實(shí)例精華講解我們現(xiàn)在對(duì)原始數(shù)據(jù)、分析結(jié)果和可視化參數(shù)進(jìn)行

3、解釋。我們看一下輸入數(shù)據(jù)格式：使用head查看數(shù)據(jù)前6行預(yù)覽：head(mtcars)mpgcyldisphpdratwtqsecvsamgearcarbMazdaRX421.061601103.902.62016.460144MazdaRX4Wag21.061601103.902.87517.020144Datsun71022.84108933.852.32018.611141Hornet4Drive21.462581103.083.21519.441HornetSportabout2Valiant18.783601753.153.44017.0218.162251052.763.46020

4、.221031本質(zhì)上是一個(gè)行為樣本名，列為屬性的數(shù)值表格。其實(shí)我們大部分的數(shù)據(jù)都是這種格式的文件，只需要使用read.table讀入。cor函數(shù)對(duì)mtcars數(shù)據(jù)按列進(jìn)行兩兩相關(guān)性計(jì)算，默認(rèn)使用pearson方法，當(dāng)然理論解讀中提前的spearman和kendall方法也都支持。比如我們選spearman方法計(jì)算相關(guān)系數(shù)矩陣:cor(mtcars,method='spearman')mpgcyldisphpdratwtqsecvsamgearcarbmpg1.0000000-0.9108013-0.9088824-0.89466460.65145546-0.88642200.4

5、66935750.70659680.562005690.5427816-0.65749764cyl-0.91080131.00000000.92765160.9017909-0.678881190.8577282-0.57235095-0.8137890-0.52207118-0.56431050.58006798disp-0.90888240.92765161.00000000.8510426-0.683592100.8977064-0.45978176-0.7236643-0.62406767-0.59447030.53977806hp-0.89466460.90179090.851042

6、61.0000000-0.520124990.7746767-0.66660602-0.7515934-0.36232756-0.33140160.73337937drat0.6514555-0.6788812-0.6835921-0.52012501.00000000-0.75039040.091868630.44745750.686570790.7448162-0.12522294wt-0.88642200.85772820.89770640.7746767-0.750390411.0000000-0.22540120-0.5870162-0.73771259-0.67612840.499

7、81205qsec0.4669358-0.5723509-0.4597818-0.66660600.09186863-0.22540121.000000000.7915715-0.20333211-0.1481997-0.65871814vs0.7065968-0.8137890-0.7236643-0.75159340.56200570.44745745-0.58701620.791571481.00000000.168345120.2826617-0.63369482am-0.5220712-0.6240677-0.36232760.68657079-0.7377126-0.2033321

8、10.16834511.000000000.8076880-0.06436525gear0.5427816-0.5643105-0.5944703-0.33140160.74481617-0.6761284-0.148199670.28266170.807688001.00000000.11488698carb-0.65749760.58006800.53977810.7333794-0.125222940.4998120-0.65871814-0.6336948-0.064365250.11488701.00000000相關(guān)系數(shù)矩陣的特點(diǎn)：相關(guān)系數(shù)矩陣數(shù)值范圍是-1到1,分別代表完全負(fù)相關(guān)或

9、正相關(guān)；對(duì)角線全為1,因?yàn)樽陨硗耆嗤?00%s相關(guān)；矩陣中上、下三角陣中數(shù)值沿對(duì)角線是對(duì)稱。corrplot命令解釋可視化時(shí)，默認(rèn)的方法為直接corrplot()可視化矩陣即可，如下：corrplot(M)默認(rèn)：圓形顏色漸變效果展示相關(guān)系數(shù)示例中order按hclust聚類方式排序，addrect是添加分組矩形，可自定義分組類，類似于平時(shí)熱圖的kmean分組方式。用于表現(xiàn)研究對(duì)象可分類的特點(diǎn)，方便繼續(xù)分類討論或研究corrplot(M,order='hclust',addrect=2)corrplot中參數(shù)詳解corrplot(corr,method=c('circ

10、le','square','ellipse','number','shade','color','pie'),type=c('full','lower','upper'),add=FALSE,col=NULL,bg='white',title='',is.corr=TRUE,diag=TRUE,outline=FALSE,mar=c(0,0,0,0),addgrid.col=NULL,addCoef.col=NU

11、LL,addCoefasPercent=FALSE,order=c('original','AOE','FPC','hclust','alphabet'),hclust.method=c('complete','ward','ward.D','ward.D2','single','average','mcquitty','median','centroid'),addrec

12、t=NULL,rect.col='black',rect.lwd=2,tl.pos=NULL,tl.cex=1,tl.col='red',tl.offset=0.4,tl.srt=90,cl.pos=NULL,cl.lim=NULL,cl.length=NULL,cl.cex=0.8,cl.ratio=0.15,cl.align.text='c',cl.offset=0.5,number.cex=1,number.font=2,number.digits=NULL,addshade=c('negative','positi

13、ve','all'),shade.lwd=1,shade.col='white',p.mat=NULL,sig.level=0.05,insig=c('pch','p-value','blank','n','label_sig'),pch=4,pch.col='black',pch.cex=3,plotCI=c('n','square','circle','rect'),lowCI.mat=NUL

14、L,uppCI.mat=NULL,na.label='?',na.label.col='black',win.asp=1,.)是不是有點(diǎn)多，功能實(shí)在太強(qiáng)大了，我們挑幾個(gè)常用的說明。corr:用于繪圖的矩陣，必須是正方形矩陣，如果是普通的矩陣，需要設(shè)置is.corr=FALSEmethod:可視化的方法，默認(rèn)是圓circle,還有正方形square橢圓ellipse、數(shù)字number、陰影shade、顏色color和餅pie可選。文章開篇處的示例即為餅形，類似月亮周期的大小變化。type:展示類型，默認(rèn)全顯full,還有下三角lower,或上三角upper可選。c

15、ol:顏色設(shè)置，可設(shè)置顏色起、中、終點(diǎn)顏色。is.corr:邏輯值，若為TRUE,不強(qiáng)制要求矩陣是正方形的相關(guān)系數(shù)矩陣，圖例范圍也會(huì)隨數(shù)據(jù)變化diag:是否顯示對(duì)角線值。因?yàn)閷?duì)角線全為1,顯示只是美觀，實(shí)際意義不大tl.cex:名稱標(biāo)簽字體大小tl.col:名稱標(biāo)簽字體顏色cl.lim:值域范圍addrect:設(shè)置分組數(shù)量，添加矩形官方教程公眾號(hào)只是信息傳播和推薦的作用，讓你知道什么東西可以干什么事。具體更深入的學(xué)習(xí)，作者的官方教程一般都是比較不錯(cuò)的教材，很少有人比作者更了解它的軟件使用。作者在CRAN上包主頁的vignettes中提供了非常詳細(xì)的圖片教程，有幾十種畫法展示，簡(jiǎn)直像自選超市，大

16、家需要哪種選哪種。下面我只舉幾個(gè)粟子：1.畫上三角矩陣corrplot(M,type='upper')2.圖形和數(shù)值混合矩陣corrplot.mixed(M)文字看不清，可以設(shè)置文字為黑色和大小corrplot.mixed(M,lower.col='black',number.cex=.7)3.修改顏色col34.圖例標(biāo)簽控制關(guān)閉圖例和標(biāo)簽corrplot(M,order='AOE',cl.pos='n',tl.pos='n')還可以控制對(duì)角標(biāo)簽旋轉(zhuǎn)45度corrplot(M,type='lower'

17、;,order='hclust',tl.col='black',tl.srt=45)修改圖例范圍corrplot(abs(M),order='AOE',col=col3(200),cl.lim=c(0,1)5.顯著性標(biāo)記設(shè)置沒通過統(tǒng)計(jì)的相關(guān)性結(jié)果打Xres1還可設(shè)置不顯著的空白，或顯示p值；更可以利用此方法顯示所有p值，或用*數(shù)量代表顯示性#leaveblankonnosignificantcoefficientcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig='blank')#addp-valuesonnosignif

18、icantcoefficientcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig='p-value')#addallp-valuescorrplot(M,p.mat=res1$p,insig='p-value',sig.level=-1)#starlevelcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig='label_sig',sig.level=c(.001,.01,.05),pch.cex=.9,pch.col='white')6.畫藍(lán)色亮30天的變化文章開篇的藍(lán)月亮是如何畫的呢？原理：生成一個(gè)1-15和15-1的30個(gè)數(shù)且每行10個(gè)的矩陣，利用corrplot可視，方法為餅形，矩陣為非對(duì)稱，去除標(biāo)簽和圖例，設(shè)置圖例范圍dat=mat