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文檔簡介
1、海文專業課09年北京師范大學生物化學沖刺班講義(七)答題技巧一、名解一般要求答到以下幾點:基本概念、意義或者舉例。如果是一名詞,則解釋結構、功能、(特點)。如G-蛋白:在細胞內信號傳導途徑中起著重要作用的GTP結合蛋白,由三個亞基組成。激素與激素受體結合誘導GTP與G蛋白結合的GDP進行交換,結果激活了位于信號途徑中下游的腺苷酸環化酶。G蛋白將細胞外的第一信使(腎上腺素等激素)和細胞內的腺苷酸環化酶催化的腺苷酸環化生成的第二信使cAMP聯系起來。G蛋白具有內源GTP酶活性。如果是一過程,則解釋過程和意義即可。如丙氨酸-葡萄糖循環:指丙氨酸和葡萄糖在肌肉和肝臟之間進行氨轉運的過程。其具體過程是:
2、肌肉中的氨基酸經轉氨基作用將氨基轉給丙酮酸生成丙氨酸,丙氨酸經血液循環運到肝臟。在肝臟內丙氨酸通過聯合脫氨基作用釋放氨基用于合成尿素,轉氨基生成的丙酮可經糖異生作用生成葡萄糖,后者經血液循環到達肌肉組織,通過糖酵解途徑再生成丙酮酸,再接受氨基生成丙氨酸,丙氨酸和葡萄糖在肌肉和肝臟之間反復進行氨的轉運的過程稱為丙氨酸-葡萄糖循環。二、填空遇到不會的,先跳過。一般,北師考研填空題集中在以下幾個方面:1.重要酶,尤其是限速酶。E.g.脂肪酸氧化的限速酶是 ,它存在于細胞的E.g.催化乙醛酸循環途徑的特有酶是 和 。(08真題)2.重要代謝產物。e.g.由尿素循環過程中產生的兩種氨基酸 和 不參與人體
3、蛋白質的合成。(06真題)3.重要的基本概念。如根據酶催化的反應類型,可以把酶分為6大類,它們分別是 、 、 、 、 和 。 北京師范大學生物化學2005年真題解析一.名詞解釋1.等電點和等離子點:等電點,對于某一種蛋白質在某一pH,他所帶的正電荷與負電荷恰好相等,也即凈電荷為零,這一pH值稱為蛋白質的等電點,蛋白質的等電點和它所含的酸性氨基酸和堿性氨基酸的數目比例有關。等離子點:沒有其它鹽類干擾時,蛋白質質子供體解離出的質子數與質子受體結合的質子數相等時的 pH 值稱等離子點,是每種蛋白質的特征常數。在等電點條件下,蛋白質的電導性、溶解度最小,粘度最大。2.氫鍵的方向性和飽和性:氫鍵是一種特
4、殊的分子間作用力,它是由已經與電負性很強的原子形成共價鍵的氫原子與另一分子中電負性很強的原子之間的作用力。氫鍵不屬于化學鍵,是介于范德華力和化學鍵之間的一種較弱的作用力。一般表示為 XH-Y。氫鍵的方向性是指Y原子與XH形成氫鍵時,將盡可能使氫鍵與XH鍵軸在同一方向,即XHY三個原子在同一直線上。這樣,X與Y之間距離最遠,兩原子電子云之間排斥力最小,所形成的氫鍵最強,體系更穩定。氫鍵的飽和性是指每一個XH只能與一個Y原子形成氫鍵。3.合成酶和合酶:酶是生物催化劑,除少數RNA外幾乎都是蛋白質。酶不改變反應的平衡,只是通過降低活化能加快反應的速度。其中催化有ATP參加的合成反應,即由兩種物質合成
5、一種新物質的反應的酶叫做合成酶;而催化合成反應并且不需要ATP的酶叫合酶。4.氨基酸臂和反密碼子環:生物的tRNA的順序通過堿基互補配對形成三葉草結構,其5端總是配對的,這與tRNA的穩定性有關。5端和3端配對形成莖區,稱為受體臂或氨基酸臂。在3端永遠是4個堿基的單鏈區,在其末端有2-OH或3-OH,是被氨基酰化位點,此臂負責攜帶特異的氨基酸。反密碼子環常是由5bp的莖區和7nt的環區組成,在環區的中央總存在著反密碼子三聯體,他負責對mRNA上的密碼子的識別與配對。5.增色效應和減色效應:這是DNA變復性過程中發生的現象。當雙螺旋DNA熔解(解鏈)時,260nm處紫外吸收增加的現象叫做增色效應
6、,增色效應與DNA解鏈程度有一定的比例關系,是觀察DNA是否發生變性的一個重要指標。隨著核酸復性,紫外吸收降低的現象叫做減色效應,這是因為雙螺旋結構使堿基對的電子云發生重疊,因而減少了對紫外光的吸收。6.磷氧比值:電子經過呼吸鏈的傳遞作用最終與氧結合生成水,在此過程中所釋放的能量用于ADP磷酸化生成ATP。經此過程消耗一個原子的氧所要消耗的無機磷酸的分子數(也是生成ATP的分子數)稱為磷氧比值(P/O)。如NADH的磷氧比值是3,FADH2的磷氧比值是2。7.脂肪酸的氧化:是脂肪酸氧化分解的方式,因為其降解始于羧基端的第二位(位)的碳原子,在這一處斷裂切掉兩個碳原子,因此被稱為氧化。其過程發生
7、在線粒體內,共包括5個步驟:即活化、氧化、水合、氧化、斷裂。每輪循環切掉兩個碳原子逐步把脂肪酸完全降解成兩個碳的乙酰輔酶A,在進入以后的氧化分解過程。8.衰減子:是原核基因調控過程中的一種位于結構基因上游的終止子,用以終止和減弱轉錄。前導區編碼mRNA的前導序列,該序列可合成一段小肽,他在翻譯水平上控制前導區轉錄的終止。是一種控制轉錄后是否繼續下去的調控機制,其調節比之阻遏作用更為精細。9.RAPD:是建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)基礎之上的一種可對整個未知序列的基因組進行多態性分析的分子技術。其以基因組DNA為模板, 以單個人工合成的隨機多態核苷酸序列(
8、 通常為10 個堿基對) 為引物, 在熱穩定的DNA 聚合酶( Taq 酶) 作用下, 進行PCR 擴增1。擴增產物經瓊脂糖或聚丙烯酰胺電泳分離、溴化乙錠染色后,在紫外透視儀上檢測多態性。擴增產物的多態性反映了基因組的多態性。RAPD 技術現已廣泛的應用于生物的品種鑒定、系譜分析及進化關系的研究上。10.Western blot:與Southern或Northern雜交方法類似,但Western Blot采用的是聚丙烯酰胺凝膠電泳,被檢測物是蛋白質,“探針”是抗體,“顯色”用標記的二抗。經過PAGE分離的蛋白質樣品,轉移到固相載體(例如硝酸纖維素薄膜)上,固相載體以非共價鍵形式吸附蛋白質,且能
9、保持電泳分離的多肽類型及其生物學活性不變。以固相載體上的蛋白質或多肽作為抗原,與對應的抗體起免疫反應,再與酶或同位素標記的第二抗體起反應,經過底物顯色或放射自顯影以檢測電泳分離的特異性目的基因表達的蛋白成分。該技術也廣泛應用于檢測蛋白水平的表達。(以上是部分真題解析)6480-1-1.html二.填空1、脯氨酸 脯氨酸 2、3.8 3、溴化氫 4、膠原 5、負 6、結合部位7、02.s 8、競爭 、 非競爭 10、C-C 11、維生素 12、高 13、G、A14、RNA、逆轉錄 15、GCU、GCA、GCC 16、熱變性、酸堿變形 17、H 、基因調控18、甘油醛-3-磷酸、1,3-二磷酸甘油
10、酸 19、葡萄糖-6-磷酸、EMP、HMP 20、線粒體、生物素 21、氧化、還原 22、細胞色素C、細胞色素氧化酶 23、脂酰肉堿轉移酶 24、甘油-3-磷酸、脂酰-CoA 25、乙酰-CoA HMG-CoA還原酶 26、乙酰-CoA 27、胸腺嘧啶核苷酸合酶、四氫葉酸、甲基 28、非編碼區、內含子 29、解鏈 30、低溫退火三.問答題1、 略2、 結構式它是維生素PP的衍生物;它主要作為脫氫酶的輔酶;在催化反應中起傳遞電子(氫原子)的作用。3、 【參考答案】核酸是一種線形多聚核苷酸,基本組成單位是核苷酸。DNA的結構: 一級:脫氧核苷酸分子間連接方式及排列順序。DNA的一級結構是4種脫氧核
11、苷酸(dAMP、dGMP、dCMP、dTMP)通過3/、5/-磷酸二酯鍵連接起來的線形多聚體。3/、5/-磷酸二酯鍵是DNA、RNA的主鏈結構二級:DNA的兩條多聚核苷酸鏈間通過氫鍵形成的雙螺旋結構。Watson-Crick雙螺旋結構模型a.兩條反平行的多核苷酸鏈繞同一中心軸相纏繞,形成右手雙股螺旋,一條53,另一條35b.嘌呤與嘧啶堿位于雙螺旋的內側,磷酸與脫氧核糖在外側。磷酸與脫氧核糖彼此通過3/、5/-磷酸二酯鍵相連接,構成DNA分子的骨架。c.螺旋平均直徑2nm ,每圈螺旋含10個核苷酸,堿基堆積距離:0.34nm,螺距:3.4nm d.兩條核苷酸鏈,依靠彼此堿基間形成的氫鏈結合在一起
12、。堿基平面垂直于螺旋軸。A=T、G=C。三級:DNA雙鏈進一步折疊卷曲形成的構象。形成正超螺旋與負超螺旋DNARNA的結構:RNA是AMP、GMP、CMP、UMP通過3/、5/磷酸二酯鍵形成的線形多聚體。(1)組成RNA的戊糖是核糖(2)堿基中RNA的U替代DNA中的T,此外,RNA中還有一些稀有堿基。(3)天然RNA分子都是單鏈線形分子,只有部分區域是A-型雙螺旋結構。雙螺旋區一般占RNA分子的50%左右。tRNA形成了特殊的高級結構三葉草結構,其結構特點是分子量在25kd左右,70-90b,沉降系數4S左右。堿基組成中有較多稀有堿基。3末端為CpCpA-OH,用來接受活化的氨基酸,此末端稱
13、接受末端。5末端大多為pG或pC。二級結構是三葉草形。mRNA和rRNA結構沒有復雜的高級結構,但在真核和原核生物中其結果有差別。4、【參考答案】(一)代謝途徑交叉形成網絡細胞內有數百種小分子在代謝中起著關鍵的作用,由它們構成了成千上萬種生物大分子,其代謝有著密切的聯系。細胞代謝的原則和方略:將各類物質分別納入各自的共同代謝途徑,以少數種類的反應(氧化還原、基團轉移、水解合成、基團脫加、異構反應),轉化種類繁多的分子。不同的代謝途徑可通過交叉點上關鍵的中間代謝物而相互作用、相互轉化。這些共同的中間代謝物使各代謝途徑得以溝通,形成經濟有效、運作良好的代謝網絡。生物體內的糖、脂、蛋白質與核酸之間可
14、以相互轉化,構成了代謝的網絡。(二 )分解代謝和合成代謝的單向性分解代謝與相應的合成代謝途徑通常是不重合的,存在重要差別。差別方式有兩種:1. 部分代謝途徑相同,個別或少數過程不相同,并由不同的酶催化;2. 合成和分解途徑完全不相同,由不同酶催化。(三) ATP 是能量的通用載體分解代謝過程如葡萄糖和其它燃料分子降解,所釋放的能量通過 ADP -> ATP 過程被貯存,然后再經過 ATP 的水解釋放可作功的自由能,做四種功:1. 驅動合成反應; 2. 細胞運動或肌肉收縮; 3. 跨膜逆濃度梯度主動運輸營養物質; 4. DNA 、 RNA 、 Protein 生物合成過程中參與遺傳信息傳遞
15、。(四) NADPH 以還原力攜帶能量NADPH 系攜帶分解代謝釋放能量的另一種形式, NADP + 是一些分解代謝中脫氫酶輔酶,結合釋放的高能原子轉化為 NADPH 再通過其氧化,將能量轉移到需能的合成反應,提供還原力。生物合成過程系一還原反應過程,需要氫原子或電子形式的還原力,通過 NADPH 將分解代謝釋放部分能量供給生物合成需要,從而實現能量的傳遞,在此過程中 NADP + +H + +e NADPH 實現自身循環。(五)代謝的基本要略在于形成 ATP 、還原力和構造單元以用于生物合成代謝途徑是由一系列的酶促反應驅動;代謝的總輪廓特征為:分解代謝匯聚到少數幾個終產物,各成代謝分叉產生許
16、多產物;代謝的基本要略在于形成 ATP 、還原力和構造單元,以用于生物合成。分解代謝產生能量和構造材料,再由 ATP 、 NADPH 和構造單元合成各類生物分子,并進而裝配成生物不同層次的結構。5、【參考答案】(一) 氨基端和羧基端的修飾在原核生物中幾乎所有蛋白質都是從N-甲酰蛋氨酸開始,真核生物從蛋氨酸開始。甲酰基經酶水介而除去,蛋氨酸或者氨基端的一些氨基酸殘基常由氨肽酶催化而水介除去。包括除去信號肽序列。因此,成熟的蛋白質分子N-端沒有甲酰基,或沒有蛋氨酸。同時,某些蛋白質分子氨基端要進行乙酰化在羧基端也要進行修飾。(二)共價修飾許多的蛋白質可以進行不同的類型化學基團的共價修飾,修飾后可以
17、表現為激活狀態,也可以表現為失活狀態。1、磷酸化磷酸化多發生在多肽鏈絲氨酸,蘇氨酸的羥基上,偶爾也發生在酪氨酸殘基上(磷酸化分子式如下圖),這種磷酸化的過程受細胞內一種蛋白激酶催化,磷酸化后的蛋白質可以增加或降低它們的活性。2、糖基化質膜蛋白質和許多分泌性蛋白質都具有糖鏈,這些寡糖鏈結合在絲氨酸或蘇氨酸的羥基上,3、羥基化4、二硫鍵的形成:mRNA上沒有胱氨酸的密碼子,多肽鏈中的二硫鍵,是在肽鏈合成后,通過二個半胱氨酸的疏基氧化而形成的,二硫鍵的形成對于許多酶和蛋白質的活性是必需的。(三) 亞基的聚合:有許多蛋白質是由二個以上亞基構成的,這就需這些多肽鏈通過非共價鍵聚合成多聚體才能表現生物活性
18、。(四)水解斷鏈:一般真核細胞中一個基因對應一個mRNA,一個mRNA對應一條多肽鏈,但也有少數的情況,即一種多肽鏈經水解后產生幾種不同的蛋白質或多肽。6、【參考答案】原核生物和真核生物的基因表達都經歷的復雜的調節過程,受多種調節過程,原核生物的基因表達主要發生在轉錄前,而真核生物基因的調控可發生在整個基因表達的過程中。其中原核生物的基因表達調控主要有:(1)操縱子模型:原核生物的幾個不同基因組成一個操縱子一起表達,共同受到調控,它包括結構基因和控制部位。(2)轉錄活性的調節-基因能否轉錄是受到嚴格控制的其調節機制有降解物阻遏:有些調節基因起正調節作用,如腺苷酸受體蛋白,可被環腺苷酸活化,作用
19、于啟動子,促進轉錄。(3)基因轉錄能否持續下去也是受到調節的,其調節機制是衰減子:可終止和減弱轉錄。(4)生長速度的調節:生長速度由蛋白質合成速度控制,快速生長時核糖體數量增加。缺乏氨基酸時核糖體RNA和轉運RNA的合成顯著下降,關閉大部分代謝活性,稱為嚴緊控制。未負載轉運RNA與核糖體結合后引起鳥苷四磷酸和鳥苷五磷酸的合成,抑制核糖體RNA的轉錄起始,并增加RNA聚合酶在轉錄中的暫停,減緩轉錄。(5)基因表達的時序控制:噬菌體的發育階段由幾個調節蛋白作用于不同的啟動子和終止子而調控,早期基因的表達可打開后期基因,在后期又可關閉早期基因,使遺傳信息按時序表達。(6)翻譯水平的調控:1.翻譯能力
20、的差異:由5端的核糖體結合部位(SD序列)決定,而且用常見密碼子的信使RNA翻譯較快。2.翻譯阻遏:核糖體游離蛋白對自身的翻譯有阻遏作用,可以使其蛋白與RNA相適應。3.反義RNA:與信使RNA序列互補,結合后抑制其翻譯。可用于抑制有害基因的表達。真核生物的主要調控:(1)轉錄前調節:通過改變DNA序列和染色質結構而影響基因表達。包括.染色質的丟失、基因擴增、 染色體DNA序列重排、DNA修飾和異染色質化(2)轉錄活性的調節:分兩步,先活化,再與其他因素作用。活化方式主要有染色質的活化、激素的誘導、增強子。(3)轉錄后調節:加帽子和尾可延長壽命,選擇性剪接、RNA編輯可產生不同的信使RNA。(
21、4)翻譯水平調節:主要是控制穩定性和有選擇地翻譯。某些蛋白因子可起保護作用,翻譯控制RNA可與之形成雙鏈,抑制翻譯。對eIF2的磷酸化也可抑制翻譯。(5)翻譯后的調節:翻譯后加工也有調控作用。不同的加工方式可產生不同蛋白。將蛋白轉變為易降解的形式,促進水解也是調控手段。(以上是部分真題解析)北京師范大學生物化學2006年真題解析一.名詞解釋1.兼性離子和兩性電解質:氨基酸在中性PH時,羧基以-COO-氨基以-NH3+形式存在。這樣的氨基酸分子含有一個正電荷和一個負電荷,稱為兼性離子;兼性離子是兩性的,它既是算又是堿,在高PH值條件下,帶負電荷,在較低PH下帶正電荷,兼性離子向其他離子一樣是一種
22、電解質,因此又稱作兩性電解質。氨基酸的等電點:在某一pH溶液中,氨基酸解離成陽離子和陰離子的趨勢及程度相等,成為兼性離子,2.超二級結構和結構域:在蛋白質分子中特別是在球狀蛋白質分子中經常看到由若干相鄰的二級結構元件組合在一起,彼此相互作用,形成種類不多的、有規則的二級結構組合或二級結構串,在多種蛋白質中充當三級結構的構件,稱為超二級結構;結構域是介于二級和三級結構之間的另一種結構層次,所謂結構域是指蛋白質亞基結構中明顯分開的緊密球狀結構區域,有時候也指功能域。3.誘導契合學說:酶對于它所作用的底物有著嚴格的選擇,它只能催化一定結構或者一些結構近似的化合物,使這些化合物發生生物化學反應,有的科
23、學家提出,酶并不是事先就以一種與底物互補的形狀存在,而是在受到誘導之后才形成互補的形狀。這種方式如同一只手伸進手套之后,才誘導手套的形狀發生變化一樣。底物一旦結合上去,就能誘導酶蛋圖白的構像發生相應的變化,從而使酶和底物契合而形成酶-底物絡合物,這就是“誘導契合學說”。4.瓊脂糖凝膠電泳:是一種以瓊脂糖為支持物的電泳技術,常用于分析DNA,電泳完畢后將膠在熒光染料溴化乙錠的水溶液中染色,經紫外照射可發射出紅-橙色可見光。方法靈敏,還可以根據熒光強度判斷出DNA樣品的濃度,判斷DNA分子的大小,進行特意片段的回收等。可對DNA分子進行多方面的操作,具有簡便、快速、靈敏、成本低的優點。5.丙酮酸脫
24、氫酶復合體:是檸檬酸循環中催化丙酮酸脫羧脫氫形成乙酰CoA的酶,它包括三中酶:丙酮酸脫氫酶組分、二氫硫辛酸脫氫酶、二氫硫辛酰轉乙酰基酶和6種輔因子:TPP、硫辛酰胺、FAD、NAD+、CoA、Mg2+。這三種酶在結構上形成一個有秩序的整體,使整個復雜的催化反應相互協調有序地進行且避免不必要的副反應。6.氧化磷酸化和底物水平磷酸化:ADP或某些其它的核苷-5二磷酸的磷酸化是通過來自一個非核苷酸底物的磷酰基的轉移實現的,這種磷酸化與電子的轉遞鏈無關叫做底物水平磷酸化。氧化磷酸化是電子從一個底物傳遞給分子氧的氧化與酶催化的由ADP和Pi生成ATP與磷酸化相偶聯的過程,是將生物氧化過程中釋放的自由能用
25、以使ADP和無機磷酸生成高能ATP的作用,是生物產生ATP的主要途徑。7.酮尿癥和酸中毒:脂肪酸在肝臟中進行氧化時產生乙酰輔酶 A。但肝臟由于缺乏某些酶,常不能徹底氧化脂肪酸乃生成酮體。肝外組織氧化酮體的速度相當快,能及時除去血中的酮體。因此,在正常情況下,血液中酮體含量很少,通常少于100mg%。尿中酮體含量極少,不能用一般方法檢出。但在患糖尿病或長期不能進食時,糖的利用發生障礙或缺乏可利用的糖,以致機體必需大量動用儲存的脂肪進行分解,以獲能量。在此情況下,大量脂肪酸在肝臟氧化產生大量乙酰輔酶A。乙酰輔酶A進入三羧酸循環時需與草酰乙酸結合,但在患糖尿病或長期不能進食時,草酰乙酸往往不足,因此
26、乙酰輔酶A不能全部進入三羧酸循環。不能進入三羧酸循環的那部分乙酰輔酶 A即通過酮體生成途徑生成酮體。當肝內生成的酮體超過肝外組織利用的能力時,血中酮體含量就會升高,使血液PH值降低,發生酸中毒。酮體從尿排出增多即稱為酮尿癥。8.RFLP和SSR:限制性內切酶片段長度多態性(Restriction Fragment Length Polymorphism),當DNA序列的差異發生在限制性內切核酸酶的識別位點時,或當DNA片段的插入、缺失或重復導致基因組DNA經限制性內切核酸酶酶解后,其片段長度的改變可以經凝膠電泳區分時,DNA多態性就可應用限制性內切核酸酶進行分析,這種多態性稱為限制性片段長度多
27、態性。 簡單 序 列 重復SSR又稱微衛星DNA,是一類由2-6個核甘酸組成的短序列首尾相連多次重復構成的一段DNA,每個微衛星DNA兩端的序列多是相對保守的單拷貝序列。SSR在真核生物基因組中的功能有(1)位于染色體末端的重復序列有保護DNA的完整性,避免降解、融合及丟失的功能(2)有的重復序列位于轉錄的調控區,能上調或者下調附近基因的轉錄(3)重復序列也是重組的熱點,是基因變異的來源之一(4)重復序列也可緩解進化的壓力(5)部分的重復序列位于轉錄區,其上攜帶的信息可編碼氨基酸(6)還有部分SSR具有產生轉錄啟動復合物及活化染色體的功能。9.增強子和衰減子:增強子是真核生物中除啟動子外能促進
28、轉錄的序列,他與啟動子的相對位置無關,無方向性能在遠距離對啟動子產生影響,并且它的調節受到發育和分化的影響。從某種意義上說它可以看作是啟動子遠離起點的上游元件。衰減子是原核基因調控過程中的一種位于結構基因上游的終止子,用以終止和減弱轉錄。前導區編碼mRNA的前導序列,該序列可合成一段小肽,他在翻譯水平上控制前導區轉錄的終止。是一種控制轉錄后是否繼續下去的調控機制,其調節比之阻遏作用更為精細。10.抗體酶:是一種具有催化能力的蛋白質,其本質上是免疫球蛋白,但是在易變區被賦予了酶的屬性,所以又成為催化性抗體,它是生物學與化學的研究成果在分子上交叉滲透的產物是將抗體的多樣性和酶分子的巨大催化能力結合
29、在一起的蛋白質。二.填空題1、9 2、 HS-CH2-CH(NH2)-COOH二肽 3、接頭蛋白 4、部分雙鍵 5、-碳構型不對稱和-螺旋構象不對稱 6、膜整合蛋白 7、Western 8、凝膠過濾層析、大 9、Asp蛋白酶、疏水裂縫中10、異構酶、轉移酶 11、競爭性抑制劑、Kcat型不可逆抑制劑12 、共價修飾 13、脫氧糖、DNA 14、糖苷鍵 15、活性氧、過氧化反應 16、脫氫酶 17、甘油醛-3-磷酸、1,3-二磷酸甘油酸 18、已糖激酶、磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶19、轉酮酶、轉醛酶 20、UDP-葡萄糖 21、線粒體、生物素 22、體溫條件、酶催化、逐步釋放能量、能量儲存在特殊化
30、合物中(ATP) 23、NADH和輔酶Q之間(NADH脫氫酶)、輔酶Q和細胞色素C之間(細胞色素C還原酶)、細胞色素a和氧之間(細胞色素c氧化酶) 24、鳥氨酸、瓜氨酸 25、鳥嘌呤26、操縱基因、結構基因 27、-10區、-35區三、簡答題1、【參考答案】(1)鄰近效應與定向效應:酶把底物分子(一種或兩種)從溶液中富集出來,使它們固定在活性中心附近,反應基團相互鄰近,同時使反應基團的分子軌道以正確方位相互交疊,反應易于發生。(2)底物的形變和誘導契合:酶中某些基團可使底物分子的敏感鍵中某些基團的電子云密度變化,產生電子張力。改變方式有:酶從低活性形式轉變為高活性形式、底物扭曲、變形、底物構象
31、變化,變得更像過度態結構,大大降低活化能。(3)共價催化:酶作為親核基團或親電基團,與底物形成一個反應活性很高的共價中間物,此中間物易變成過渡態,反應活化能大大降低,提高反應速度。(4)酸堿催化:酶分子的一些功能基團起質子供體或質子受體的作用。參與酸堿催化的基團:氨基、羧基、巰基、酚羥基、咪唑基。(5)金屬離子的催化:分類(金屬酶、金屬激活酶)參與催化反應的途徑(結合底物為反應定向、可逆的改變金屬離子的氧化態調節氧化還原反應、通過靜電屏蔽或穩定負電荷)(6)多元催化和協同效應:幾個集團催化反應結合在一起共同作用(7)活性中心的微環境:包括疏水環境和荷環境酶催化反應的高效性,可能是由于以上五種因
32、素中的幾種因素協同作用的結果,而非酶催化反應往往只有一種催化機制。2、【參考答案】一些寡聚蛋白,每個亞基除了有活性部位(結合底物)外,還有別構部位(結合調節物),別構蛋白的別構部位與效應物的結合改變了蛋白質的構象,從而對活性部位的影響。有時活性部位和別構部位分屬不同的亞基(活性亞基和調節亞基),活性部位之間以及活性部位和調節部位之間通過蛋白質構象的變化而相互作用。其中包括同位效應和異位效應。血紅蛋白是一個四聚體蛋白質,具有氧合功能,可在血液中運輸氧。研究發現,脫氧血紅蛋白與氧的親和力很低,不易與氧結合。一旦血紅蛋白分子中的一個亞基與O2結合,就會引起該亞基構象發生改變,并引起其它三個亞基的構象
33、相繼發生變化,使它們易于和氧結合,說明變化后的構象最適合與氧結合。變構劑與酶分子上非催化部位特異性結合,引起酶蛋白構象改變,從而改變酶的催化活性,這種現象稱為別構調節。 通過別構調節而改變其催化活性的酶稱為別構酶(變構酶),例如天冬氨酸氨基甲酰轉移酶(ATCase)。天冬氨酸既是ATCase的底物,又是一種變構劑,與酶結合后引起酶變構,出現協同效應,ATP與酶結合可消除這一效應,而CTP與酶結合則可增強這一效應。3、【參考答案】(1)糖原的合成和分解通過對糖原磷酸化酶和糖原合成酶的調節機制進行調控磷酸化酶和糖原合成酶的活性是受磷酸化或去磷酸化的共價修飾的調節。二種酶磷酸化及去磷酸化的方式相似,
34、但其效果相反。激素通過cAMP促進磷酸化作用,使磷酸化酶成為a型(有活性),合成酶變成b型(無活性)。合成酶由蛋白激酶磷酸化。(2)神經和激素對血糖的調節血糖濃度一般在80-120mg/100ml,稱為葡萄糖耐量。影響糖代謝的激素有:胰島素:由胰島細胞分泌,促進糖原合成酶活性,誘導葡萄糖激酶合成,加強磷酸果糖激酶作用。低血糖效應。腎上腺素和胰高血糖素:通過cAMP激活糖原磷酸化酶,誘導肝中磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶和果糖二磷酸酶的合成,促進異生,升高血糖。生長激素:抗胰島素,抑制糖原分解和葡萄糖氧化。促腎上腺皮質激素可阻礙肌糖原氧化,促進肝糖原合成。甲狀腺素:促進糖的異生和糖原分解,增加小腸對葡
35、萄糖的吸收,升高血糖。(3)G-蛋白的偶連作用有些激素或信號分子可通過激活下游的信號分子G-蛋白來調節:由于酶的共價修飾反應是酶促反應,只要有少量信號分子(如激素)存在,即可通過加速這種酶促反應,而使大量的另一種酶發生化學修飾,從而獲得放大效應。這種調節方式快速、效率極高。4、【參考答案】DNA的復制需要:DNA聚合酶,單鏈DNA模板,帶有3'-OH末端的單鏈寡核苷酸引物,4種dNTP(dATP、dGTP、dTTP和dCTP)。聚合酶用模板作指導,不斷地將dNTP加到引物的3'-OH末端,使引物延伸,合成出新的互補DNA鏈。如果加入一種特殊核苷酸,雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)
36、,因它在脫氧核糖的3位置缺少一個羥基,故不能同后續的dNTP形成磷酸二酯鍵。如,存在ddCTP、dCTP和三種其他的dNTP(其中一種為-32P標記)的情況下,將引物、模板和DNA聚合酶一起保溫,即可形成一種全部具有相同的5'-引物端和以ddC殘基為3端結尾的一系列長短不一片段的混合物。經變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離制得的放射性自顯影區帶圖譜將為新合成的不同長度的DNA鏈中C的分布提供準確信息,從而將全部C的位置確定下來。類似的方法,在ddATP、ddGTP和ddTTP存在的條件下。(以上是部分真題解析)北京師范大學生物化學2007年真題解析一、名詞解釋1.蛋白質四級結構:具有三級結構的
37、亞單位,通過離子鍵、范德華力、氫鍵等聚集而成的特定構象,寡聚蛋白由幾條肽鏈組成。每一條肽鍵稱為一個亞基(或單體)。亞基間的互補界面的是疏水性的。球狀蛋白聚集成四級結構具有下列優勢結構更復雜,以便行使更復雜的功能通過協同作用,實現對酶活性的調節把中間代謝途徑中各種酶分子聚體在一起,提高催化效率形成一定的幾何形狀,細菌鞭毛適當降低溶液滲透壓。2.酶的總活力與比活力: 總活力表示提純過程中酶的損失情況總活力=活力單位數/ml酶液×總體積(m1);比活力表示提純方法的有效程度,比活力=活力單位數/mg蛋白(氮)=總活力單位數/總蛋白(氮)mg,對同一種酶來說,比活力愈大,表示酶的純度愈高。他
38、們是在判斷分離提純方法的優劣時常采用的兩個指標,一個理想的分離提純方法希望比活力和總活力的回收率越高越好。3.親和層析:親和層析是一種吸附層析,是利用共價連接有特異配體的層析介質分離蛋白質混合物中能特異結合配體的目的蛋白或其它分子的層析技術,常用抗原(或抗體)和相應的抗體(或抗原)發生特異性結合,而這種結合在一定的條件下又是可逆的。所以將抗原(或抗體)固相化后,就可以使存在液相中的相應抗體(或抗原)選擇性地結合在固相載體上,借以與液相中的其他蛋白質分開,達到分離提純的目的,此法具有高效、快速、簡便等優點。4.蛋白質的變性與復性:蛋白質因受某些物理或化學因素的影響,分子的空間構象被破壞,從而導致
39、其理化性質發生改變并失去原有的生物學活性的現象稱為蛋白質的變性作用。變性作用并不引起蛋白質一級結構的破壞,而是二級結構以上的高級結構的破壞,變性后的蛋白質稱為變性蛋白。蛋白質變性后許多性質都發生了改變,主要有生物活性喪失、某些理化性質的改變、生物化學性質的改變等。如果除去變性因素,在適當條件下變性蛋白質可恢復其天然構象和生物活性,這種現象稱為蛋白質的復性,復性后蛋白質的性質的也得到恢復。5.限制性內切酶:生物體內能識別并切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它可以將外來的DNA切斷的酶,即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力,但對自己的DNA卻無損害作用,這樣可以保護細胞原有的遺傳信息。
40、由于這種切割作用是在DNA分子內部進行的,故名限制性內切酶(簡稱限制酶)。6.蘋果酸-天冬氨酸穿梭:此系統以蘋果酸和天冬氨酸為載體,在蘋果酸脫氫酶和谷草轉氨酶的催化下。將胞液中NADH的氫原子帶入線粒體交給NAD+,再沿NADH氧化呼吸鏈進行氧化磷酸化。因此,經此穿梭系統帶入一對氫原子可生成3分子ATP,該反應可逆,只有當細胞溶膠中的NADH和NAD+的比值比線粒體中高時NADH才通過這條途徑進入線粒體中,以人類為例,蘋果酸天冬氨酸穿梭主要發生于肝臟,腎臟,心肌細胞中。7.復制子:基因組能獨立進行復制的單位稱為復制子,每個復制子都含有控制起始的起點可能還有終止復制的終點,復制是在起始階段進行控
41、制的,一旦復制開始,它既繼續下去,直至整個復制子完成復制。原核生物的染色體和質粒,真核生物的細胞器DNA都是環狀雙連分子,真核生物染色體DNA是線性雙鏈分子,含有許多復制起點是多復制子。8.DNA損傷的錯配修復:是細胞對DNA受損傷后的一種反應,這種反應可能使DNA結構恢復原樣,重新能執行它原來的功能;但有時并非能完全消除DNA的損傷,只是使細胞能夠耐受這DNA的損傷而能繼續生存在含有錯配堿基的DNA分子中,使正常核苷酸序列恢復的修復方式。這種修復方式的過程是:識別出下正確地鏈,切除掉不正確鏈的部分,然后通過DNA聚合酶和DNA連接酶的作用,合成正確配對的雙鏈DNA。9.多核糖體:在蛋白質合成
42、過程中,同一條mRNA分子能夠同多個核糖體結合,同時合成若干條蛋白質多肽鏈,結合在同一條mRNA上的核糖體就稱為多聚核糖體。在mRNA的起始密碼子部位,核糖體亞基裝配成完整的起始復合物,然后向mRNA的3'端移動,直到到達終止密碼子處。當第一個核糖體離開起始密碼子后,空出的起始密碼子的位置足夠與另一個核糖體結合時,第二個核糖體的小亞基就會結合上來,并裝配成完整的起始復合物,開始蛋白質的合成。同樣,第三個核糖體、第四個核糖體、依次結合到mRNA上形成多聚核糖體。10.谷草轉氨酶:是氨基轉移酶的一種,氨基的轉移發生在谷氨酸和草酰乙酸之間。人體內谷草轉氨酶的量可以指示肝臟的功能,在肝臟病變時
43、,血清中某些酶的活性常有變化,在肝細胞損傷或由于炎癥使肝細胞通透性增高時,GPT(谷丙轉氨酶)和GOT(谷草轉氨酶)大量釋放入血液,使血清中該酶活性增加。二、填空題1、D、椅式 2、受體蛋白、抗原抗體 3、磷脂、膽固醇、糖脂 4、含有苯環、在近紫外區有光吸收 5、含量 6、還原型 7、選擇性、專一性 8、蛋白質遷移率主要取決于其相對分子量而與所帶電荷和形狀無關 9、蛋白質是兼性離子 10、組氨酸的咪唑基、酸堿催化 11、強 12、3/4 13、TPP、視黃醛 14、雙脫氧核苷酸三磷酸、聚丙烯酰胺凝膠電泳 15、減色效應 16、解鏈酶 17、引物合成酶 18、端粒酶 19、核糖體小亞基 20、幫
44、助識別翻譯起始位點 21、EF-1 22、RNA聚合酶 23、有GT-AG規則 24、阻遏作用、衰減作用 25、降解物阻遏作用 26、染色質結構調節、DNA甲基化調節、復制許可因子調節27、鳥氨酸、瓜氨酸、天冬氨酸 28、TCA循環、脂肪酸氧化29、已糖激酶 磷酸果糖激酶 丙酮酸激酶 30、核糖核苷酸還原酶、核苷二磷酸激酶、脫氧核糖基轉移酶三、簡答題1、【參考答案】水集團之間有什么吸引力的緣故,而是疏水集團或疏水側鏈出自避開水的需要而被迫接近的。蛋白質溶液系統的熵增加是疏水作用的主要動力。因為疏水集團的聚集本身是有序化的過程,造成熵減小。當疏水化合物或集團進入水中時,它周圍的水分子將排列成剛性
45、的有序結構,即所謂籠形結構,使水分子排列更加有序化,與此相反的過程-疏水作用,排列有序的分子將被破壞,這部分水分子將被排入到自由水中,這樣會的混亂度將會增加,因此疏水作用是熵增加的自發過程。就一個球狀蛋白質而言,它們的表面常被一層親水殘基包圍,帶有疏水側鏈的殘基原則上處于分子內部,整個蛋白質分子由里到外,疏水殘基是逐漸減少,親水殘基則不斷增多。球狀蛋白質表面也存在著一些疏水殘基,從能量上看,是處于不穩定狀態,它們有變得更為穩定的傾向。這些殘基的側鏈往往成為蛋白質的活性位點,參與和其它分子的相互作用;或是參與亞基和亞基的相互作用,形成蛋白質的四級結構,或是自身、或是和其它分子締合。 就膜蛋白而言
46、,其肽鏈中穿越膜的肽段經常是形成兩親性螺旋或折疊。它們一個側面集中了較多的疏水性殘基,相對的另一側面存在著不少親水性殘基。有些膜蛋白具有多個穿越膜的肽段,這些肽段形成的兩親螺旋的疏水面向著膜脂質中的脂肪鏈,親水面則背對脂肪鏈,并且還以特定的方式排列,盡可能地避免和疏水環境接觸,同時相互協同形成某種親水的微環境。疏水作用也是蛋白質肽鏈的正確折疊的重要因素此外蛋白質被正確的運送到目的地也是主要靠疏水作用的結果。疏水作用和蛋白質的“構象病”,疏水作用的錯誤性發揮可能會引起構想病,例如:瘋牛病。綜上所述,蛋白質結構的特征是疏水/親水間的平衡,其結構的穩定在很大程度上有賴于分子內的疏水作用。而且疏水作用
47、與蛋白質的功能有著密切的聯系。2、【參考答案】(1)別構效應:調節物(效應物)與別構酶分子中的別構中心(調節中心)結合后,誘導產生或穩定住酶分子的某種構象,使酶活性中心對底物的結合催化作用受到影響,從而調節酶促反應的速度。天冬氨酸既是ATCase的底物,又是一種變構劑,與酶結合后引起酶變構,出現協同效應,ATP與酶結合可消除這一效應,而CTP與酶結合則可增強這一效應。(2)共價調節酶:酶分子被其它的酶催化進行共價修飾,從而在活性形式與非活性形式之間相互轉變。共價調節酶的兩種常見類型:磷酸化去磷酸化、腺苷酰化 脫腺苷酰化 (3)酶原的激活:體內合成出的蛋白質有時不具有生物活性,經過蛋白水解酶專一
48、性的作用后,構象發生變化,形成酶的活性部位變成活性的蛋白質。這種調控的特點是具有不可逆性。例如:胰蛋白酶原進入小腸后,在Ca2+存在下受腸激酶的激活,第6位賴氨酸與第7位異亮氨酸殘基之間的肽鍵被切斷,水解掉一個六肽,分子構象發生改變,形成酶活性部位,從而成為有催化活性的胰蛋白酶。酶原激活具有重要生理意義。它能保護消化道不因酶的水解作用而遭破壞。血液中凝血因子以酶原形式存在,即可避免血液在血管內流動時發生凝固。(4)改變酶的亞基聚合狀態(非別構調控),例如cAMP對PKA的單體化,EGF受體的二聚化等。通過溫度、pH的變化改變酶的結構(類似變性過程)也算可以。3、【參考答案】(2)應選用陽離子交換劑:選擇陰離子抑或陽離子交換劑,決定于被分離物質所帶的電荷性質。如果被分離物質帶正電荷,應選擇陽離子交換劑;如帶負電荷,應選擇陰離子交換劑;如被分離物為兩性離子,則一般應根據其在穩定pH范圍內所帶電荷的性質來選擇交換劑的種類。(3)純度鑒定:將得到的蛋白進行聚丙烯酰胺電泳,純的蛋白質得到單一的條帶。分子量:將得到的蛋白和一標準蛋白進行凝膠過濾,得到洗脫體積帶入公式計算即可得到其相對分子質量。(4)超濾、沉淀、透析 超濾比較溫和,對蛋白質不會有修飾和改變,蛋白的種類一般不會有丟失。它的缺點是總樣品的量可能會減
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