如何在pubmed上查找一個蛋白質的基因序列翻開“:///“ 網址〔百度上搜尋NCBI也可找到此網址。在搜尋框中輸入你要查找的蛋白名稱或者序列號在搜尋的選擇范圍下拉菜單中選擇alldatabase，然后點擊搜尋。在其中nucleiotide中可以查找你需要的蛋白，的核苷酸序列。NCBIC-myc的氨基酸序列，大小不一，不知道你說的C-myc標簽的序列的氨基酸個數和具體序列，不知道多少KD.其中我查到c-mycprotein419個，其mRNA1307個核苷酸。20種氨基酸的平均分子量為128，所以419*128=53632Dalton=54KD。如種屬不對，或序列數不對，你可以重再NCBI上查找或者將你的C-MYC蛋白質序列輸入到生物分析軟件中計算也可以。primer5primer5OligostepbystepNCBImRNACDS區所在位置，在下面的originCopy象。2PrimerPremier5PrimerPremier5File-New-DNAsequence,消滅輸入序列窗口，Copy〔選擇As〕，此窗口內，序列也可以直接翻譯成蛋白。Primer，進入引物窗口。Search“PCRprimers”，“Pairs”，設定搜尋Parameters300～500bp.OK，軟件即開頭自動搜尋引物，搜尋完成后，會自動跳出結果窗口，搜尋排序，點擊其中任一個搜尋結果，可以在“引物引物的各種信息等。3’3GGGT55～70GC45％～55％間，上游引物m和下游引物的T值最好不要相差太多，或許在2度以下較好。該窗口的最下面m列出了兩條引物的二級構造信息，包括，發卡，二聚體，引物間穿插二聚體和錯誤引發位置。假設按鈕顯示為紅色，表示存在該二級構造，點擊該紅色按鈕，即可幾個按鈕都顯示為“None”OligoOligoPrimer5.Primer5pair，PDFPdf3OligoOligoFileOpencDNA〔primerSeq〕，會跳出來兩個窗口，分別為InternalStability〔DeltaG〕窗口和TmTm〔Primer5即可，Change－Currentoligolength擊TmUpperLower按鈕，確定下游引物。引物確定后，即可以充分利用Analyze菜單中各種強大的引物分析功能了。②AnalyzeKeyinfo，Selectedprimers，會給出兩條引物T值，此值OligonearestneighbormmethodPrimer5TmDeltaGGDNA9。Formation，即二聚體形成分析，可以選擇上游引可以選擇Upper/Lower，即上下游引物之間的二聚體形成狀況。引物二聚體是PCR使設計的引物形成的二聚體是不穩定的，即其DeltaG4.5kcal/mol3Oligo3’DeltaGFormation，即發夾構造分析。可以選擇上游或4.5kcal/mol，3AnalyzeCompositionandT，會給出上游引物、下游引物和產物的m各個堿基的組成比例和Tm上下游引物的GC％需要掌握在40％～60％，而且GC％不要相差太大。Tm3method％GCmethod2(A＋T)＋4(G＋C)method，最終一種應當是Primer5所承受的方法，Tm

值可以掌握在50～70度之間。primingoligooligo100400～500，100以承受。⑤Analyze有參考價值的最終一項為哪一項“PCR”，在此窗口中，是基于此對引此對引物的簡短評價。PCRDeltaOligo能值較小，根本可以承受。⑥引物評價完畢后，可以選擇File－Print，打印為PDFOligo最好關掉Tm窗口和DeltaG窗口，可以保存引物信息窗口、二級構造分析窗口〔假設存在可疑的特別的話〕PCRBlast會找到一些其他基因的同源序列，此時，可以對上游引物和下游引物的blast結果進展比照分析，只要沒有穿插的其他基因的同源序列就可以。Blast比對結果推斷：明你的引物正確性沒問題。假設你blast后沒有覺察你的目的基因，或者分值很低，該引物就可能不適合用②檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起PCR基因名稱，而且找到了一大批同物種的不同基因，〔上下游引物分別搜尋到一樣的基因特異性產物。、Primer5.018－30bp,短了特異性不好，長了沒有必要。固然有特別要求的除外，如加個酶切位點什么的。②PCRProductsize100－500bp100bpPCR膠電泳出來，條帶很模糊，不好看。至于上限倒也不必要求苛刻。Manual，SearchstringencyHigh，GC40－60％。其它參數默認就可以了。④搜尋出來的引物，RatingOligo3≥2AT,GC3≥2GC，這樣的引物應作為次選，沒去掉一個不滿足的或加上一個堿基，看看引物的評估參數有沒有變好點。、Oligo6.0①在analyze里，DuplexFormation不管是上游引物、下游引物還是上下游引物之間，Themoststable3’-Dimer4.5kcal/mol,Themostkcal/molPCR6.7kcal/mol②HairpinFormationPrimerprimingefficiency4倍左右，更多固然更好。PCRoptimalannealingtemperature數值2。⑤Internalstability33適當擴增。△