NCBI數(shù)據(jù)庫——邱婷2021/7/11NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫

/美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心(NationalCenterofBiotechnologyInformation，簡稱NCBI)2021/7/12NationalCenterofBiotechnologyInformationNCBI的任務(wù)：建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動系統(tǒng)實(shí)行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計算機(jī)的信息處理的先進(jìn)方法的研究加速生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力2021/7/13NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫，在重點(diǎn)開發(fā)GenBank的同時，又于1991年開發(fā)了Entrez數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及MEDLINE有關(guān)序列的文獻(xiàn)信息，并通過相關(guān)鏈接，將他們有機(jī)地結(jié)合在一起。NationalCenterofBiotechnologyInformation2021/7/142021/7/15以IL6基因?yàn)槔喝绾尾檎一蛐蛄小RNA、Promoter如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列2021/7/16Mapviewer是NCBI網(wǎng)站上提供的一個非常有用的尋找基因的工具，通過Mapviewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內(nèi)含子及外顯子的排列、基因的細(xì)胞遺傳學(xué)圖、EST、SNP等等許多有用的信息。利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子Promoter2021/7/17利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子Promoter2021/7/182021/7/192021/7/1102021/7/1112021/7/1122021/7/1132021/7/114如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列2021/7/1152021/7/116蛋白序列：mRNA序列：2021/7/117已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC1、這是哪個基因？2、編碼的蛋白質(zhì)序列是怎么樣的?3、有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域？4、它的功能是怎樣的？5、有沒有三級結(jié)構(gòu)？2021/7/1182021/7/119BLAST可以對核酸和蛋白的多種數(shù)據(jù)庫操作。有幾種比較方法可選擇：Blastp：一個氨基酸序列與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較Blastn：一個核酸序列與一個核酸數(shù)據(jù)庫比較。Blastx：一個核酸的所有讀框與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較，可以用來發(fā)現(xiàn)未知核酸可能的蛋白產(chǎn)物。Tblastn：一個蛋白序列與翻譯成所有讀框的核酸數(shù)據(jù)庫比較。Tblastx：一個核酸的六種讀框與一個核酸據(jù)庫的六種讀框比較，但由于計算太復(fù)雜在網(wǎng)頁中不能應(yīng)用。2021/7/1202021/7/1212021/7/1222021/7/1232021/7/124Geneinfo：17號染色體2021/7/125功能注釋：GeneOntology該基因定位于人體第17條染色體，基因表示符為：NM-001168.2初步的功能分析：細(xì)胞周期，caspase酶的抑制因子等2021/7/126獲取蛋白質(zhì)的序列信息該蛋白質(zhì)中包含142個氨基酸，序列標(biāo)識符為：NP-001159.22021/7/127獲取FASTA序列2021/7/128Finddomain2021/7/129填入蛋白質(zhì)的FASTA序列并提交2021/7/130BIRdomain具有保守的功能結(jié)構(gòu)域