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文檔簡介

為了準確地進行表達量分析,必須滿足只有cDNA作為模板檢出的先決條件,但TotalRNA中常常混有組DNA,并可以直接作為PCR反應的模板進行擴增,因此會造成解析結果確。為了避免這種情況發生,通常將檢測用引物設計在內含子前后的外顯子上,使組DNA得不到擴增。但是,此方方法。在這種情況下,我們常常需要對TotalRNA樣品進行DNaseI處理,以除去殘存的組DNA。而DNaseI處理通常要進行復雜的純化操作,同時會造成RNA的降解和損失。PrimeScriptRTreagentKitwithgDNAEraser是可以除去組DNA進行RealTimeRT-PCR反應的反轉錄試劑。Kit中使用了具有較強DNA分解活性的gDNAEraser,通過42℃,2min即可除去組DNA。同時由于反轉錄試劑中含有抑制DNA的組分,經過gDNAEraser以直接進行15min的反轉錄反應合成cDNA,因此,20分鐘內即可迅速完成從組DNA去除到cDNA合成使用本制品合成的cDNA適用于SYBR?Green分析法和TaqMan?探針分析法,可以根據實驗目的,選擇與SYBR?PremixExTaqTMII(PerfectRealTime)、PremixExTaqTM(PerfectRealTime)等TaKaRaPerfectRealTime系列定量試劑組合使用。制品內容(20l反應×100次gDNA 5×gDNAEraser PrimeScript?RTEnzymeMix 5×PrimeScript?Buffer2(forReal RTPrimer RNase 1ml×2EASYDilution(forRealTime 1*15×gDNAEraserBuffer在反轉錄反應前使用,請務必進行組DNA的除去反應*2含有RNaseInhibitor*3含有dNTPMixture*4含有OligodTPrimer和Random6mers*5制作標準曲線時梯度稀釋cDNA或RNA品的稀釋液。模板DNA或RNA如果用水或TEBuffer稀釋時,由于受Microtube吸附作用等的影響,往往不能準確地進行稀釋,導致實驗結果精度降的標準曲線。EASYDilution也可以單獨(TaKaRaCode:D9160)。EASYDilution與本公RealTimePCR劑組合使用,對于其他公司的同類制品的適用性本公 存:-20℃特長含有去除組DNA的gDNAEraser,只需2min即可除去組DNA只需15min即可高效合成RealTimePCR反應用模板cDNA,是進行2StepRealTimeRT-PCR反應反轉錄引物使用了Random6mers和OligodTPrimer混合的RTPrimerMix,可以均勻合成樣品中的各種cDNA。本制品提供了SYBRGreen分析法和TaqMan探針分析法各自最適反應體系,可以根據分析方法選擇制品中附加了標準曲線制作用稀釋液EASYDilution(forRealTimePCR),將TotalRNA或cDNA稀RNA樣品本制品是將RNA反轉錄成cDNA的試劑。RNA的純度會影響cDNA的合成量,而RNA的關鍵是要抑制細胞中的RNA分解酶和防止所用器具及試劑中的RNA分解酶的污染。因此,在實驗中必須采取以下措施:戴干凈手套;使用RNA操作實驗臺;在操作過程中避免等等。通過以上辦法可以防止實驗者的汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。(1)干熱滅菌(180℃,60(2)用0.1%DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下處理12小時。然后在120℃下高壓滅菌30分鐘以除去殘留的DEPC。實驗用于RNA實驗的試劑,需使用干熱滅菌(180℃,60min)或用上述方法進行DEPC水處理滅菌后的玻璃容器盛裝(也可使用RNA實驗用的塑料容器),使用的無菌水需用0.1%的DEPC處理后進行高【方法使用簡單的RNA純化方法即可獲得滿足于RT-PCR反應的RNA(只需少量的RNA便可進行RT-反應。但為了保證實驗的成功率,建議使用GTC法(異硫酸胍法)的高純度RNA。從培養細胞、組織中提取時,使用RNAisoPlus(TaKaRaCode:D9108)。當同時需要進行數次反應時,應先配制各種試劑的混合液(MasterMix;其中包括RNasedH2O、gDNAEraser和PrimeScript?RTEnzymeMixI在使用前要地離心收集到反應管底部。由于酶保存液中含有50%的甘油,粘度高,分取時應慢慢吸取。同時,要使用精確、量程適合的移液槍,并且不要5×gDNAEraserBuffer和5×PrimeScriptBuffer2(forRealTime)在使用前需Vortex輕輕離心將得到的RT反應液加入到下一步的RealTimePCR反應體系中,其加入量不要超過RealTime反應體積的1/10(V/V)量【SYBR?GreenAssay①組DNA的除去反應5×gDNAEraserBuffergDNAEraser2.01.0TotalRNaseupto10②反轉錄反應

2min(或者室溫5min*2)制MasterMix,然后再分裝到每個反應管中*3。5×PrimeScript?Buffer2(forReal4.0PrimeScript?RTEnzymeMixIRTPrimerMix*41.01.010.0RNaseupto20 15 5*120μl應體系可最大1μg的TotalRNA*2室溫反應時,可以延長至30鐘*3不配制MasterMix,向①的反應液中添加試劑時要先加入RNasedH2O和5×PrimeScriptBuffer2(forRealTime),混合后再添加RTPrimerMix、PrimeScriptRTEnzymeMixI,輕輕混*4使用RTPrimerMix可以高效合成cDNA。因為實驗目的不同,也可以不使用RTPrimerMix,而選擇OligodTPrimer或GeneSpecificPrimer進行反轉錄反應,引物使用量如下:OligodTPrimer50pmol/20μl反應GeneSpecificPrimer5pmol/20μl反應反轉*6使用GeneSpecificPrimer時,建議反轉錄反應條件設置為42℃15min。PCR反應有非特異性擴增時,將溫度升到50℃會有所改善。*7合成的cDNA請于-20【TaqMan?ProbeAssay①去除組DNA反應5×gDNAErasergDNA2.01.0TotalRNaseupto10 2min(或者室溫5min*2)②反轉錄反應制MasterMix,然后再分裝到每個反應管中*3。5×PrimeScript?Buffer2(forReal4.0PrimeScript?RTEnzymeMix1.0RTPrimerMix4.010.0RNaseupto20 15 5*120μl應體系可最大2μg的TotalRNA*2室溫反應時,可以延長至30鐘*3不配制MasterMix,向①的反應液中添加試劑時要先加入RNasedH2O和5×PrimeScriptBuffer2(forRealTime),混合后再添加RTPrimerMix、PrimeScriptRTEnzymeMixI,輕輕混*4使用RTPrimerMix可以高效合成cDNA。因為實驗目的不同,也可以不使用RTPrimerMix,而選擇OligodTPrimer或GeneSpecificPrimer進行反轉錄反應,引物使用量如下:OligodTPrimer50pmol/20μl反應GeneSpecificPrimer5pmol/20μl反應反轉*6使用GeneSpecificPrimer時,建議反轉錄反應條件設置為42℃15min。PCR反應有非特異性擴增時,將溫度升到50℃會有所改善。*7合成的cDNA請于-20RealTimePCR反應。以下是使用本制品進行反轉錄反應后,選擇SYBR?PremixExTaqTMII(PerfectRealTime)(TaKaRaCode:DRR081)進行RealTimePCR反應的采用TaqMan?探針法進行檢測時,請選擇PremixExTaqTM(PerfectRealTime)(TaKaRaCode:DRR039)。應用ThermalCyclerDice?RealTimeSystem請按照ThermalCyclerDice?RealTimeSystem(TaKaRaCode:TP800)的使用說明書要求驗操①按下列組份配制PCR反應液(反應液配制請在冰上進行SYBR?PremixExTaqTM12.5PCRForwardPrimer(10μM)PCRReversePrimer(10μM)RT反應液(cDNA溶液)dH2O(滅菌蒸餾水1.01.028.50.40.4μM范圍內調整引物濃度*2建議在25μl反應液中使用相當于10pg~100ngTotalRNA量的cDNA為模板。反轉錄反應液的加入量過PCR反應液總體積的10%。②進行RealTimePCR建議采用下列圖表顯示的兩步法PCR反應程序。退火/延伸時間可在20~30秒范圍內進行調整,推薦使用30秒的條件。由于使用TmPCR試進行三步法PCR擴增反應。兩步法PCRStage1:預變性95℃30Stage2:PCR95℃5 30-60秒Stage*使用SYBR?GreenI時進行aaaExaqSaotttDAtSa用NC9℃、15RR反應前進行模板的預變性,通常設定為95℃、30秒。③實驗結果分析反應結束后確認RealTimePCR的擴增曲線和融解曲線(使用SYBR?GreenI時),進行PCR定量時制作AppliedBiosystems書要求進行實驗①按下列組份配制PCR反應液(反應液配制請在冰上進行SYBR?PremixExTaqTMII(2×)PCRForwardPrimer(10μM)PCRReversePrimer(10μM)ROXReferenceDyeorDyeII(50×)*3RT反應液(cDNA溶液)dH2O(滅菌蒸餾水10250.820.40.820.40.41246162050*1常引物終濃度為0.4μM以得到較好結果。反應性能較差時0.2~1.0μM圍內調整引*2建議在20μl反應液中使用相當于10pg~100ngTotalRNA量的cDNA為模板。反轉錄反應液的加入量過PCR反應液總體積的10%。*3ROXReferenceDyeII(50×)比ROXReferenceDye(50×)濃度低,使用7500Real-TimePCRSystem和7500FastReal-TimePCRSystem時,請使用ROXReferenceDyeII(50×)。與使用ROXReferenceDye(50×)相比,校正后的熒光信號值高,但解析結果完全相同。使用ABIPRISM7000/7700/7900HT及7300Real-TimePCRSystem時,請使用ROXReferenceDye(50*496孔板、Single-Tube、8聯Tube采用50μl反應體系,384孔板、96-wellFastThermalCyclingte采用20μl反應體系。②進行RealTimePCR建議采用下列圖表顯示的兩步法PCR反應程序,如果該程序得不到良好的實驗結果時,再進行PCR條件的優化。由于使用Tm值較低的引物等原因,兩步法PCR反應擴增性能較差時,可以嘗試進行三步法PCR擴增反應。兩步法PCRStage1:預變性95℃30Stage2:PCR反應95℃560℃30~34秒*Dissociation*使用77007900HT時請設定在30秒。使用7000和7300時請設定在31秒。使用7500時請設定在34秒。本制品中使用的TaKaRaExTaqHS是利用抗Taq抗體的HotStart用DNA聚合酶,與其他公司的化學修飾型HotStart用DNA聚合酶相比,不需要PCR95℃、5~15溫處理時間過長,會使酶的活性下降,其PCR的擴增效率、定量精度等都會受到影響。如果在PCR反應前進行模板的預變性,通常設定為95℃、30秒。③實驗結果分析反應結束后確認RealTimePCR的擴增曲線和融解曲線(使用SYBR?GreenI時),進行PCR定量時制TotalRNA中混 組DNA的去除效果驗使用提取的MouseLiverRNA2μg進行gDNAEraser添加(+)/不添加(-)實驗后,再進行RTase不加的反轉錄反應,以確認TotalRNA中組DNA的殘存量。每個反應做3個復孔RealTimePCR反試劑: SYBR?PremixExTaqTM(PerfectRealTime)(TaKaRaCode:DRR041)模板: 上述反轉錄反應液2μl 25Target Mouse 使用TaKaRaRealTimePCR用引物數據庫中的引物反應條件 ThermalCyclerDice?RealTimeSystem標準反應條RealTimePCR擴增曲線圖如下:從以上擴增曲線結果可以看出,TotalRNA經過gDNAEraser處理后,沒有檢測到組DNA的殘留cDNA合成量比較試劑 DRR047A;PrimeScript?RTreagentKitwithgDNAEraser(PerfectRealDRR037A;PrimeScript?RTreagentKit(PerfectRealTime)模板: MouseLiver來源TotalRNA2pg-2μg以及滅菌水反應體積 20RT RTPrimer 各Kit推薦的反應條RealTimePCR反試劑: SYBR?PremixExTaqTM(PerfectRealTime)(TaKaRaCode:DRR041)模板: 上述反轉錄反應液2μl 25Target Mouse 使用TaKaRaRealTimePCR用引物數據庫中的引物反應條件 ThermalCyclerDice?RealTimeSystem標準反應條StandardY=-3.425×LOG(X)+Y=-3.429×LOG(X)+從以上實驗結果可以看出,使用PrimeScript?RTreagentKitwithgDNAEraser(PerfectRealTime)進行反轉錄反應,與TaKaRa深受好評的現有制品DRR037同樣,可獲得高質量的RealTimePCR用cDNA。進行RealTi

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