精選優質文檔-----傾情為你奉上精選優質文檔-----傾情為你奉上專心---專注---專業專心---專注---專業精選優質文檔-----傾情為你奉上專心---專注---專業常用生物軟件大匯總序列綜合分析VectorNTISuite8.0不喜歡裝備各種專業性強的軟件,而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數據庫管理(增加、修改、查找,對要操作的數據放在一個界面相同的數據庫中統一管理。軟件中的大部分分析可以通過在數據庫中進行選定(數據->分析->結果(顯示、保存和入庫三步完成。在分析主界面,軟件可以對核酸蛋白分子進行限制酶分析、結構域查找等多種分析和操作,生成重組分子策略和實驗方法,進行限制酶片段的虛擬電泳,新建輸入各種格式的分子數據、加以注釋,輸出高質量的圖像。VectorNTISuite還有以下獨立的分析程序,完成相關分析。這些獨立的程序,可以通過選定->分析->結果三步調用。l3DMol-顯示PDB格式分子的三維結構lAlignX-序列相似性比較lAlignXblocks-序列局部完全相同比較lContigExpress-將小片段拼裝成長序列lGCGConverter-GCG格式文件轉換成NTI的格式lPubMed/EntrezSearch-搜索PubMed、PDB、GenBanklBackTranslation-核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具lMatrixEditor-矩陣數據編輯lToolsManager-連接其他程序和網絡連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。DNAStar5.03即著名的LasergeneSuite,由EditSeqMegAlign、GeneQuestMapDrawPrimerSelectProteanSeqManII七個模塊組成,該軟件的MegAlign模塊,可以對多達64000的片段進行拼裝。整個拼裝過程即時顯示,并提示可能的完成時間。拼裝結果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學醫學院是使用的序列分析軟件,可見其功能強大。Omiga2.0實際上,大部分對核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質、核酸分析軟件,它還兼有引物設計的功能。主要功能:編輯、瀏覽、蛋白質或核酸序列,分析序列組成。用Clustal.W進行同源序列比較,發現同源區。實現了核酸序列與其互補鏈之間的轉化,序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉化為RNA鏈,以不同的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質序列。查找核酸限制性酶切位點、基元(Motif及開放閱讀框(ORF,設計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質解蛋白位點(ProteolyticSites、基元、二級結構等。查尋結果可以以圖譜及表格的顯示,表格設有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵,用戶可以向限制性內切酶、蛋白質或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數據庫中添加或移去某些信息。每一數據庫中都設有多種查尋參數,可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數。可從MacVectorTM、WisconsinPackageTM等數據庫中輸入或輸出序列。另外,該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析,對蛋白進行有關的多肽酶處理后產生多肽片段。DSgene:Omiga2.0的換代產品,accelrys公司Discoverystudio系列,accelrys公司的insightII,GCG是業內蛋白分析和核酸分析的權威軟件,DSgene是GCG的個人機簡版,功能強大,而且可以直接與GCG服務器相連。由于受到vectorNTI的界面影響,DSgene與Omiga2.0相比界面有了很大的改變。DNASISforWindows2.5版是日立軟件公司(HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學軟件的常用功能,可進行DNA,RNA,蛋白質序列的編輯和分析,甚至還能進行質粒作圖、數據庫查詢等功能,足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代,DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學軟件,因此我們有理由期待Win版的DNASIS會帶給我們驚喜。DNASISMAX1.0DNASIS2.5的更新換代產品。綜合序列分析軟件,體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風格也改變了很多。DNATools5.1與Omiga,DNAsis,PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設計的用戶友好、強壯,以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數據庫查詢獲得的序列相關信息。DNATools包容性很好,能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當程序不能辨別序列的格式時(通過尋找常用序列格式的特征,會顯示這個文件的文本形式,以便你編輯生成正確的蛋白質或DNA序列,編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(DNA或寡核苷酸序列,程序不加注解的載入序列,程序模式調整成可以接受載入的數據類型(蛋白質、DNA和寡核苷酸引物序列。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物,并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列,而不必通過它們的文件名。Bioedit一個具有序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面,集成其他已經很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關站點連接。雖然該軟件看起來結構簡單,但卻又很強的可充性,可以自由整合許多軟件,例如viewtree.Jellyfish2.1只水母不簡單,可以用來進行DNA翻譯,序列排隊比較,限制酶消化,提交序列進行BLAST,研究項目管理等。操作十分簡單,只需拖動與點擊便可。GenetoolsGenebio公司的核酸序列分析軟件,雖然不及vectNTI和DSgene強大,它具有repeat/vectfind使其他分析軟件所不具有的,值得一提的是該軟件具有的CpGisland分析。DNAMAN限制酶分析,引物設計,對排(aligment,翻譯,數據庫操作,Blast,序列裝配(Sequenceassembly.易學易用,操作方便。十一、數據統計類軟件SAS世界排名第一,專業性極強,能做各種統計,是FDA唯一批準有效的統計軟件。但人機對話不方便,主要是類似DOS下的命令操作,最新的8.0版本,稍有改進,鼠標操作性較好,若今后能進一步改進操作的話,其應用將大大廣泛。是專業統計人員的首選軟件。SPSS,世界排名第二,最新版本11.01,其特點:功能強大,易于操作,簡單明了,人機對話方便,數據庫接口豐富,最新SPSS可以讀出SAS數據,是業余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩定、運行速度慢的缺點。11.0運行速度是10.0的十倍以上,主要原因是SPSS公司將原有的內核全部更換了。但SPSS分為不同版本,如basic版、standard版和advance版。許多復雜的統計功能只在advance版中才出現,如復雜多元相關、神經網絡統計,而前兩版中許多復雜統計并沒有(可能為了便于安裝使用吧,11.0的basic版約60M,standard約110M-150M,而高級版本則幾百M。象SAS完成安裝則達6張CD!因而絕大多數人不可能使用它全部功能。因而常規建議是SPSS+origin6.0一個統計,一個作圖,而且二者數據可以通用,效果很好!statisitic:最新10.0,運行速度最快,模塊化操作,不同統計數據有不同界面風格,使用方便,目前國內有很多用戶。但其知名度在前二者之下,對一般用戶可以考慮選用。Origin7.0是一個非常有名并且易于使用的科學用途數據繪圖與數據分析處理工具軟件,各種期刊上的統計圖,幾乎都是出自他的手筆。以上的軟件過于強大,下面是一些小巧易用的數據統計作圖,更適合生物學的數據分析:GraphPadPrism著名的數據處理軟件,用來進行生物學統計、曲線擬合以及作圖。短小而功能齊全。SigmaPlot2002著名的繪圖和數據分析軟件包可以根據各種數據,繪制精確的兩維或三維曲線,可以自由定制各數據軸的特性,并能進行數據的各種統計分析。進行一般的生物類數據處理作圖,功能足以。Simstat一個易于使用的智能統計軟件尤其適合對統計知識了解不多的人使用,它具有一個“專家系統”,引導你對數據進行統計分析。可與SigmaPlot結合生成高質量數據圖。CurveExpertELISA標準曲線擬合、及其它各種有關的實驗數據分析,都可以應用CurveExpert進行數據分析。它使用非常方便,可以說是實驗數據處理的圣手,并且可以生成漂亮的曲線應用到論文之中。十二、文獻管理referenceManager10.0可以在線通過查找關鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數據庫中的專業資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內容和記錄分上下兩個屏幕,如有全文或想連接網絡時敲鍵盤就可以到相應的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料,并插入引用。在文章中對引用的文獻可以格式化,引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能,可以符合各種雜志對引用格式的要求,引用時不用多窗口切換.Endnote6.0專業參考文獻查詢軟件,可在線查找Ineternet上的各種文獻數據庫,將查找到的資料保存入本地數據庫,并自動生成格式化的參考文獻清單插入各種文字處理軟件。十三、進化樹分析Phylip最為通用的進化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件:i,DNA和蛋白質序列數據的分析軟件。ii,序列數據轉變成距離數據后,對距離數據分析的軟件。iii,對基因頻率和連續的元素分析的軟件。iv,把序列的