1、1. 登錄和文件傳輸登錄方式為ssh，與telnet功能類似，推薦的登錄工具為putty或者Secure Shell（，綠色版無需安裝）在地址欄輸入本集群的登錄地址(node1對應的局域網IP)，點擊“打開”，就會出現登錄窗口，輸入用戶名、密碼即可。文件傳輸為sftp，與傳統ftp類似，但其協議更安全可靠，推薦工具為filezilla。（，綠色版無需安裝）輸入登錄地址，輸入用戶名和密碼，端口填22（本軟件支持ftp，端口為21），點擊快速連接，即可使用，操作辦法與常用ftp工具類似。2. 圖形窗口支持Linux推薦使用vnc。vnc可以將用戶的操作狀態保持在服務器端，即使斷開連接也不會影響到正

2、在進行的操作、計算等。登錄到linux服務器中，在命令行運行vncserver。第一次運行時需要輸入VNC登陸用的密碼：根據提示輸入新的vnc密碼。此密碼與用戶登錄密碼無關，將在登錄vnc時需要。此處提示的node1:2即為vnc成功打開的端口。運行vncclient，輸入登錄服務器地址和端口號，點確定，輸入前面設置的密碼，即進入了圖形窗口。注意：1、 在第一次啟動了vncserver之后，vnc的連接一直可用，全部圖形窗口保持在Linux服務器上。因此，只在每次服務器重新啟動后運行一次vncserver即可，由于用戶較多，請勿啟動多個。2、 如果需要使用node2的圖形界面，可執行ssh -

3、X node2。3. 作業提交3.1. Fluent3.1.1. 圖形方式運行首先通過VNC登陸到圖形界面，如果沒有Terminal的話在桌面點擊左鍵選擇Xterm，輸入以下命令即可運行：此處myhosts為用戶指定的host文件，內容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8個核心參與計算，分別為node1上的4個核心和node2上的4個核心。在圖形界面下導入cas和data文件，修改和設置邊界條件等并計算 (和在windows下操作單機版Fluent相同，略)：注：通過VNC使用圖形界面方式運行fluent時，無需保持PC機與服

4、務器的連接，只要vncserver沒有重新啟動，即可隨時連接到原有的窗口。3.1.2. 命令行方式運行建立script1文件：script1內容如下：（注：其中fl5m1.cas為cas文件名，根據實際進行修改；solve/iterate 25 表示迭代25步，也可根據需要修改步數。）用命令行進行fluent計算：此處myhosts為用戶指定的host文件，內容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8個核心參與計算，分別為node1上的4個核心和node2上的4個核心。3.1.3. 作業調度方式運行注：PBS只持Fluent命令行

5、運行方式的作業提交1編譯腳本script1，內容如下（與上面腳本運行方式相同）：file/rcd solve/iterate 25/file/wcd fl5m1_final.datparallel/timer/usageexityes2編輯pbs腳本fluent.pbs，內容如下：#!/bin/bash#PBS -N job1-8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd $PBS_O_WORKDIR# pib.dapl indicate using ib protocal and th

6、e udapl way. t8 indicates using# 8 processors#NP=cat $PBS_NODEFILE | wc -ldatefluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT >& $OUTPUTdateexit 0提交作業：qsub fluent.pbs用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作業是否正常排隊運行。注：紅色字體部分需要根據實際情況改動，黑色字體為固定格式的內容。3.1.4. 獲取計算結果1如果用圖形界面的方式運行fluent，可以在菜單中選擇選擇保存dat文件到當前工

7、作目錄或其他某個目錄下，然后用ftp軟件將dat文件下載到終端pc機上，即可進行后處理。2如果用命令行的方式運行fluent， dat文件自動保存到當前目錄，文件名由script1文件的內容決定（例如“file/wcd fl5m1_final.dat”則表示dat文件為fl5m1_final.dat），用軟件將dat文件下載到終端pc機上，即可進行后處理。3.2. Ansys作業3.2.1. 圖形方式運行通過vnc登錄以后，運行launcher121，即可進入ansys界面，選擇相關的模塊點擊run即可。3.2.2. 命令行方式運行在命令行方式下，不能進行交互的圖形操作，所有的命令需要通過命令

8、流來實現。假設寫好的命令流文件為input.inp，運行方式如下：單節點：ansys121 -np 16 -i input.inp >& output.log &多節點運行：ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i input.inp >& output.log &3.2.3. 作業調度方式運行編寫一個pbs腳本ansys.pbs如下所示：#!/bin/bash#PBS -j oe#what you just need and could edit are between the two lines#P

9、BS -N my_ansys_test#PBS -l nodes=1:ppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log#the end#cd $PBS_O_WORKDIRnp=1for NODE in cat $PBS_NODEFILE; do host=$NODE if ! -z $lasthost ; then if $host = $lasthost ; then np=expr $np + 1 else if -z $mList ; then mList=$lasthost:$np else mList=$mList:$lasthost:$np f

10、i np=1 fi fi lasthost=$hostdoneif -z $mList ; then mList=$lasthost:$npelse mList=$mList:$lasthost:$npfiansys121 -dis -machines $mList -i $INPUTFILE -o $OUTPUTFILE寫完以后提交方式與fluent相同，qsub ansys.pbs即可。3.3. CFX作業3.3.1. 圖形方式運行在圖形窗口中運行cfx5即可。3.3.2. 命令行方式運行CFX支持PVM和MPI兩種方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建議采用。同時還有Local和Dis

11、tributed兩種運行模式，單機上建議采用Local模式，而跨節點時只能采用Distributed模式。cfx5solve命令可直接進入求解模式。cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8'在本機上用8個核心并行cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8,node2*8'采用2個節點各8個核心進行分布式并行計算3.3.3. 作業調度方式運行testnode34 cfxbm$ cat pbs_cfx.ib#!/bin/bash#PBS -N CFX_8cpu#

12、PBS -l nodes=1:ppn=8INPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log# You don't need to modify the lines below #PeHostfile2MachineFile() cat $1 | while read line; do # echo $line host=echo $line # add here code to map regular hostnames into ATM hostnames if -z $mList ; then mList=$host"*1&qu

13、ot; else mList=$mList,$host"*1" fi echo $mList doneCFX_PBS_NODEFILE="/tmp/cfx_whoami_$PBS_JOBID"PeHostfile2MachineFile $PBS_NODEFILE | sed "s#bnode#node#g" >$CFX_PBS_NODEFILENPROCS=wc -l $PBS_NODEFILEcd $PBS_O_WORKDIRcfx5solve -def $INPUTFILE -par-dist tail -n1 $CFX_

14、PBS_NODEFILE寫完腳本就可以按如下方式提交作業：testnode34 cfxbm$ qsub cfx.pbs3.4. ABAQUS作業3.4.1. 圖形方式運行在圖形窗口中運行abaqus cae即可。3.4.2. 命令行方式運行單節點運行：abaqus -j Beamloading.inp cpus=8跨節點運行：首先需要添加指定運行節點。在工作目錄進行以下操作：echo "mp_host_list=node1,8,node2,8" >abaqus_v6.env表示分別從node1、node2調用8個core來進行計算。設置好了環境變量以后，通過abaqu

15、s -j Beamloading.inp cpus=16 int來運行。3.4.3. 作業調度方式運行testnode34 cfxbm$ cat pbs_cfx.ib#!/bin/bash#PBS -N abaqus_job#PBS -l nodes=2:ppn=8#PBS -j oe#change your input file and jobname here #INPUTFILE=studyQA_std.inpJOB=echo $INPUTFILE |cut -d "." -f 1cd $PBS_O_WORKDIRsource /public/software/Aba

16、qus-6.9/abaqus.shcpus=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk 'print $1')mp_host_list=""for n in $(sort -u $PBS_NODEFILE)domp_host_list="$mp_host_list'$n',$(grep -c $n $PBS_NODEFILE),"donemp_host_list=$(echo $mp_host_list | sed -e "s/,$/")echo "mp_host_list=$mp

17、_host_list" > abaqus_v6.envSTARTTIME=date#the main execute commandabaqus job=$JOB cpus=$cpus mp_mode=mpi standard_parallel=all interactiveENDTIME=dateecho "the job start at :$STARTTIME"echo "the job end at :$ENDTIME"3.5. Web提交使用IE打開http:/:8080,并使用對應的用戶名和密碼登陸，點擊作業調度-作業提交集群

18、名稱為唯一的選項Cluster_node。，隊列選擇必須是用戶對應的許可的隊列，工作路徑為輸入文件所在的目錄，通常為用戶home目錄下的含有模型文件的某一子目錄，如test用戶目錄下的fluent目錄中存放了fluent的輸入文件fluent.jou、fluent.dat、fluent.cas，則工作路徑為/cae01/home/test/fluent。選擇命令行提交方式，將前面寫好的pbs腳本放入輸入框中，點擊提交，即可將作業提交到對應的隊列。4. 常用pbs命令4.1. qsub 命令提交作業命令格式：qsub -a date_time -c interval -C directive_p

19、refix -e path -I -j join -k keep -l resource_list -m mail_options -M user_list-N name -o path -p priority -q destination -r c-S path_list -u user_list-v variable_list -V-W additional_attributes -z script參數說明：因為所采用的選項一般放在pbs腳本中提交，所以具體見PBS腳本選項。例：# qsub aaa.pbs提交某作業，系統將產生一個作業號4.2. qstat 命令查詢作業命令格式：qata

20、t -f-a-i -n-s -R -Q-q-B-u參數說明：-f jobid 列出指定作業的信息-a 列出系統所有作業-i 列出不在運行的作業-n 列出分配給此作業的結點-s 列出隊列管理員與scheduler所提供的建議-R 列出磁盤預留信息-Q 操作符是destination id，指明請求的是隊列狀態 -q 列出隊列狀態，并以alternative形式顯示-au userid 列出指定用戶的所有作業-B 列出PBS Server信息-r 列出所有正在運行的作業-Qf queue 列出指定隊列的信息-u 若操作符為作業號，則列出其狀態。若操作符為destination id，則列出運行在其

21、上的屬于user_list中用戶的作業狀態。例：# qstat -f 211查詢作業號為211的作業的具體信息。4.3. qdel 命令刪除作業命令格式：qdel -W 間隔時間 作業號命令行參數：例：# qdel -W 15 21115秒后刪除作業號為211的作業set server default_queue=batch"4.4. PBS腳本文件PBS腳本文件由腳本選項和運行腳本兩部分組成。(1) PBS作業腳本選項 （若無-C選項，則每項前面加#PBS）-a date_time ： date_time格式為：CCYYMMDDhhmm.SS表示經過date_time時間后作業才可以運行。-c interval ： 定義作業的檢查點間隔，如果機器不支持檢查點，則忽略此選項。-C directive_prefix ：在腳本文件中以directive_prefix開頭的行解釋為qsub的命令選項。（若無此選項，則默認為#PBS ）-e path ：將標準錯誤信息重定向到path-I ：以交互方式運行-j join ：將標準輸出信息與標準錯誤信息合并到一個文件join中去。-k keep ：定義在執行結點上保留標準輸出和標準錯誤信息中的哪個文件。 kee