1、研究上皮細胞的分化動態組會文獻分享differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell宣講人：XXX 時間：20XX.XX背景方法結果總結目錄目錄01組會文獻分享背景02組會文獻分享方法03組會文獻分享結果04組會文獻分享總結組會文獻分享背景組會文獻分享背景第一部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiatio

2、n dynamics of mammary組會文獻分享背景NATURE COMMUNICATIONSDIFFERENTIATION DYNAMICSEPITHELIALCELLS REVEALEDCELL RNA SEQUENCING組會文獻分享方法組會文獻分享方法第二部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻分享方法nulliparous: 未生小鼠期（8周歲）gestati

3、on：懷孕期lactation：哺乳期（6天）involution：斷奶期（11天）組會文獻分享方法 平臺： 10X Chromium RNA seq加工：Cell Ranger組會文獻分享結果組會文獻分享結果第三部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻分享結果t SNEt SNE分析和分析和相關性發現生相關性發現生物重復性物重復性很好很好（ t-t-分布領分布領域嵌入算法）

4、域嵌入算法）以等級聚類的以等級聚類的方法分群，去方法分群，去掉內皮細胞和掉內皮細胞和免疫細胞免疫細胞群群組會文獻分享結果以等級聚類的方法分群，去掉內皮細胞和免疫細胞群，最終分成了15個群（23,184個細胞）通過Krt18, Krt8,Krt5, Krt14 和 Acta2, 將15個群分為兩類：luminal型和 basal型basal型通過Krt18luminal型Krt14 和 Acta2組會文獻分享結果基因表達Luminal型根據激素受體（hormone receptors）基因表達的高低分為兩類Luminal型根據激素受體在低緯度下面，計算細胞之間的距離，代表著分化過程diffusi

5、on maps 重建組會文獻分享結果diffusion maps 重建在低緯度下面，計算細胞之間的距離，代表著分化過程發現luminal型和basal型之間有個明顯的分離，沒有有任何的轉移diffusion diffusion 組會文獻分享結果說明了在正常的組織中都是自穩態的）在luminal有兩條分支一條是朝著激素感應方向C6 C2 C4、C5 C6 C10 C8 感應方向感應方向組會文獻分享結果降低細胞數目100% 50% 25%HVGPCA選擇與 luminal型有關的基因降低細胞利用pseudotime分析，通過細胞的演化來排列細胞排列細胞組會文獻分享結果利用pseudotime分析，

6、通過細胞的演化來排列細胞，可以在細胞分化過程中鑒定基因表達的改變456個擬時依賴性表達的基因1005個branch特異基因細胞的演化組會文獻分享總結組會文獻分享總結第四部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary組會文獻分享總結但是發現又與未生小鼠的狀態不同C6、C7之間的差異表達基因最多PI前體細胞保持了經歷懷孕和哺乳的經歷哺乳期后，又返回到了懷孕前狀態組會文獻分享總結分成了15個細胞群重建分化過程擬時分析Luminal 前體到腺泡的分化但是都是Luminal 前體；C6 主要是未生孕；C7 主要是產后鑒定C7仍然是Luminal 前體研究上皮細胞的分化動態組會文獻分享differentiation