分類階元自然界中植物種類幾十萬種，科學家對其進行了分類，分類階元存在7個基本階元，從高到低分別是界（Kingdom）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）、種（Species）。若某一階元內種類太多，常常在基本的分類階元之上（super）或之下（sub）設其他分類階元，如亞界（Subkingdom）、總門/超門（Superphylum）、亞門（Subphylum）、總綱/超綱（Superclass）、亞綱（Subclass）、總目/超目（Superorder）、亞目（Suborder）、總科/超科（Superfamily，植物學中較少使用）、亞科（Subfamily）、族（Tribe）、亞族（Subtribe）等。對種子植物來說沒有總門和總綱階元，當然并不是每種植物都會涉及全部的分類階元，只有在該階元下植物種類比較多時才會增加階元以利于區分。另外不同的分類系統各具特點，可能會采納不同的分類階元，如有的分類系統在亞屬和種之間會增加組和系。種以下分類階元有：亞種（Subspecies,subsp.）：地理隔離導致的遺傳差異。在動物中比較常用，如華南虎（已經野外滅絕）、東北虎、孟加拉虎等均屬于虎的亞種。植物中很少使用亞種。變種（Variety,var.）：形態差異顯著的群體，如生活中常食用的白菜（Brassicarapavar.glabraRegel，var前為種名蔓菁種，var后為變種名，Regel為變種命名人）、油菜（Brassicarapavar.chinensis(L.)Kitam.油菜是其俗名，目前正式中名是青菜，括號里面的L.是林奈的縮寫，加括號意味著學名有變動，林奈命名了蔓菁種BrassicarapaL.和油菜種BrassicachinensisL.后來研究發現油菜是蔓菁的變種，所以把林奈當初命名的油菜種名chinensis作為變種名稱，加括號意味著這是林奈命名的，Kitam是做出該調整的科學家。）和蕓薹（Brassicarapavar.oleiferaDC.）均為變種，是在蔓菁種下。植物常使用變種，動物中基本不使用。栽培變種（Cultivar）:或稱品種，拉丁名在cv.（栽培變種，有時省略）后冠以單引號正體標注，如玉蘭種下的飛黃玉蘭（Yulaniadenudata

'FeiHuang'，種名斜體，栽培品種名加單引號正體）。動物中不使用。植物分類系統從1753年植物科學系統命名法之后，出現了很多分類系統，其中影響力比較大的幾個分類系統如恩格勒系統，哈欽松系統，克朗奎斯特系統等，均以形態為主要依據對植物進行分類，屬于傳統或者說經典分類系統。一、恩格勒系統阿道夫·恩格勒和卡爾·普蘭特在19世紀末到20世紀初提出，主要依據形態學特征對植物進行分類。二人合著的《植物自然分科志》詳細描述了植物的分科特征，成為當時植物分類學權威的參考著作。中國使用最普遍的分類系統即恩格勒系統，各地植物志及中國植物志普遍采用，各地標本館也普遍采用，可以說是在中國使用最普遍的分類系統，沒有之一。恩格勒系統主要依據植物的外部形態特征（如花、果實、種子等）進行分類，尤其強調繁殖器官的結構。采用傳統的分類等級（如門、綱、目、科、屬、種），系統結構清晰。種子植物分為裸子植物門和被子植物門，被子植物門分為雙子葉植物綱和單子葉植物綱，雙子葉植物綱有48目290科，單子葉植物綱有14目54科，被子植物共62目344科約10,000余屬，涵蓋約23.5萬種植物。不過，恩格勒系統主要以科為單位進行分類，屬的劃分更多依賴于后續研究。恩格勒系統認為植物演化是從簡單結構（如無被花、單性花）向復雜結構（如兩性花、合瓣花）發展的。將雙子葉植物分為“離瓣花類”（花瓣分離）和“合瓣花類”（花瓣合生），認為后者更進化。單子葉植物（如禾本科、棕櫚科）比雙子葉植物更原始，這一觀點在1964年第12版恩格勒系統得到改正，從此恩格勒系統不再進行更新和修正。恩格勒系統將裸子植物（如松柏類）與被子植物分開，認為裸子植物是被子植物的祖先。被子植物從無被花（如楊柳科）到有被花（如菊科）逐步演化。該觀點已被現代系統發育學（如APG系統）推翻。二、哈欽松系統哈欽松系統與恩格勒系統在分類理念、演化觀點及分類框架上存在顯著差異，哈欽松系統基于“真花學說”，認為被子植物由兩性孢子葉球演化而來；而恩格勒系統基于“假花學說”，認為柔荑花序類（如楊柳科）是原始類群，分類強調形態從簡單到復雜的演化。哈欽松系統將雙子葉植物分為木本和草本兩大分支，這是該系統最大的問題，因此受到很多質疑。按照恩格勒系統以及現在主流APG系統，不少科里面既有木本又有草本的，如薔薇科和豆科。哈欽松認為木蘭目（木本）和毛茛目（草本）是被子植物演化的起點，認為兩性花、花部螺旋排列為原始特征；恩格勒則認為柔荑花序類（如楊柳科）是雙子葉植物中最原始的類群。哈欽松系統將科的數量擴展至411科，更細化分類，如將豆科分為蘇木科、含羞草科和蝶形花科（因為木本和草本較早分為兩大分支，蘇木科是木本，含羞草科和蝶形花科屬于草本）。中國華南、西南地區的植物志（如《廣東植物志》《廣西植物志》《云南植物志》）及部分標本館（中科院華南植物研究所等）采用哈欽松系統。與恩格勒系統相比，哈欽松系統在中國的使用范圍較窄。三、現代分類系統——APG系統隨著分子生物學的發展，現在的分類學者主要基于分子水平研究植物系統發育與起源，不再以形態為主要劃分依據，分類學進入了現代分類學階段?，F代分類學傾向于將所有分類階元界、門、綱、目、科、屬全部打造成單系群。單系群指的是具有共同祖先，且包含共同祖先的所有后代的類群。如現存人科成員，不算滅絕種，人科是一個單系群，有共同的祖先以及該祖先所有的現存后代。不僅在科這一等級，在目、綱、門、界等都是如此，比如現在初中生物已經把藻類剔除了植物界，原因是含有藻類的植物界不是單系群。實際上藻類本身不是一個有效的分類學概念，傳統的藻類里面含有藍藻這樣的細菌界成員，也含有眼蟲這樣的原生動物界成員，所以本身藻類就不是一個單系群。藻類里面只有綠藻、輪藻、灰胞藻和紅藻算作植物界成員。按照《國際植物、菌類、藻類命名規則》，目、綱、門、界這幾個科以上的分類階元不享受命名優先保護，即只有科、屬、種的命名才享受優先權保護。命名優先權指的是第一個命名人所命名的科、屬和種名只要符合命名法規則享受優先權，即使后來涉及到屬的調整，原命名人所命名的物種名和命名人也會在拉丁學名上保留。由于目及以上階元不享受命名法規的優先權保護，所以理論上可以有無限多種植物界的命名標準和分類系統，就看哪個科學家提出的分類系統更科學，影響力更大了?，F在的分類學者普遍認為植物界的標準是真核生物質體為雙層膜（葉綠體）只經歷過一次內共生的生物及其所有后代。分為狹義植物和廣義植物，狹義植物僅包含綠藻門和鏈形植物（含輪藻和有胚植物，有胚植物包括傳統的苔蘚類、蕨類和維管植物）；廣義植物指原始色素體生物也稱泛植物，除狹義植物外，還含有灰胞藻門、紅藻門和華藻門（新近研究發現和命名），如下圖所示。圖來源于文獻ThegenomeofPrasinodermacolonialeunveilstheexistenceofathirdphylumwithingreenplants.有胚植物里面的被子植物分類現在國際主流的是APG分類系統，目前最新版是2016年的APGIV分類系統，目前主流期刊和分子系統學研究普遍采用APG系統，《中國植物志》英文修訂版（FloraofChina）逐步轉向APG系統，高校教材（如《植物學》）大多新增APG分類章節，與傳統恩格勒系統對比教學。地方植物志（如《云南植物志》《浙江植物志》）新版開始采用APG系統。但是由于成本等因素，國內大學教材、植物志及標本館目前大多數采用的依然是恩格勒分類系統，不過未來一定會逐漸改為國際主流的APG分類系統，中國科學院植物研究所在線數據庫植物智已在目、科、屬階元采用APG分類系統，但并未完全采用。有的公眾科普資料如植物園標識牌采用但又未完全采用APG系統，算作混合使用兩種系統，不過從恩格勒系統過渡到APG系統可能會持續較長時間。APG指被子植物系統發育研究組（AngiospermPhylogenyGroup），由植物學家組成的國際團隊，主要依賴2個葉綠體基因和18SrDNA（核糖體小亞基）的序列分析，提出該分類系統。APG系統首次發布于1998年，隨后更新了多個版本，APGII（2003）、APGIII（2009）和APGIV（2016）。APG系統主要依賴分子數據（如DNA序列）來重建植物間的親緣關系，而不是傳統的形態學特征。APG系統弱化“綱、門”等級，強調分支（clades）結構，但仍保留科（Family）、屬（Genus）等基本單位，核心階元為目和科。被子植物分為單子葉植物（Monocots）和真雙子葉植物（Eudicots），后者僅含有傳統雙子葉植物的75%。確認木蘭類（magnoliids）為早期分化的被子植物，獨立于單子葉植物和真雙子葉植物。將傳統百合科（Liliaceae）拆分為多個科如天門冬科Asparagaceae和石蒜科Amaryllidaceae。隨著系統發展（如APGII→III→IV），APG系統也有所調整，原來一些位置關系不清楚的目和科逐漸得到確定，目前在目這一等級僅金粟蘭目未確定其位置。APG系統

vs恩格勒系統的核心變化對比維度恩格勒系統APG系統分類依據形態學特征（花、果實結構）為主，強調“簡單到復雜”的演化邏輯。分子數據（DNA序列）為主，輔以形態和化石證據。演化框架雙子葉分為離瓣花類（原始）和合瓣花類（進化）。單子葉與真雙子葉平行演化，木蘭類為早期分支。關鍵類群處理柔荑花序類（楊柳科、樺木科）視為原始雙子葉。

豆科拆分為多個科。柔荑花序類為高度特化類群。

豆科（Fabaceae）為單系群。科級分類被子植物約344科（1964版）。被子植物約416科（APGIV）。單子葉植物地位認為單子葉植物更原始，置于雙子葉之前。單子葉與真雙