ICS35.240.80C07團 體 標 準T/CHIA42.3-2023RNA和蛋白相互作用注釋標準3RNA質的功能注釋Specificationsforinteractionbetweenlongnon-codingRNAandproteinsPart3：Functionalannotationoflongnon-codingRNAandproteins2023-11-14發(fā)布 2024-02-01實施中國衛(wèi)生信息與健康醫(yī)療大數據學會 發(fā)布T/CHIA42.3-2023T/CHIA42.3-2023目 次前 言 I引 言 II范圍 1規(guī)范性引用文件 1術語和縮略語 1長非編碼RNA與蛋白質相互作用注釋元數據 1元數據描述 1元數據 2T/CHIA42.3-2023T/CHIA42.3-2023PAGE\*ROMANPAGE\*ROMANII前 言本標準按照GB/T1.1—2020給出的規(guī)則起草。T/CHIA42-2023《長非編碼RNA和蛋白相互作用注釋標準》分為以下3個部分：——第1部分：RIP-seq和CLIP-seq的實驗方法流程——第2部分：RIP-seq和CLIP-seq的數據分析方法——第3部分：長非編碼RNA及其相互作用蛋白質的功能注釋本標準為T/CHIA42-2023的第3部分。本標準由中國科學院生物物理研究所提出，由中國衛(wèi)生信息與健康大數據學會歸口。本標準主要起草單位：中國科學院生物物理研究所、中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）、浙江大學、復旦大學、清華大學、中國人民解放軍總醫(yī)院、北京蛋白質組研究中心、中國科學院微生物研究所、北京大學人民醫(yī)院、中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所、中南大學、空軍軍醫(yī)大學（第四軍醫(yī)大學）、中國科學院計算技術研究所和北京睿博解碼生物科技有限公司。本標準主要起草人：陳潤生、何順民、宋廷瑞、張鵬、周紅紅、王曉娜、方向東、金力、何昆侖、李亦學、張學工、段會龍、周水庚、渠鴻竹、趙思琪、錢穎、王霞、趙屹、呂旭東、朱云平、馬俊才、楊忠、石樂明、吳松峰、吳林寰、王振、陳先來、賈志龍、張昭軍、婁曉敏、阮修艷、單廣樂、喬楠、劉登輝、丁子建。引 言RNA3RNA及其相互作用RNA和蛋白質相互作用的功能注釋，為長非RNA和蛋白質相互作用的注釋信息提供一套術語規(guī)范、定義明確、語義語境無歧義的標準。T/CHIA42.3-2023T/CHIA42.3-2023PAGEPAGE1長非編碼RNA和蛋白相互作用注釋標準第3部分：長非編碼RNA及其相互作用蛋白質的功能注釋范圍本標準規(guī)定了長非編碼RNA及蛋白質相互作用的功能注釋規(guī)范。本標準適用于指導研究人員對長非編碼RNA及蛋白質相互作用進行注釋和整理。規(guī)范性引用文件下列文件中的內容通過文中的規(guī)范性引用而構成本標準必不可少的條款。其中，注日（包括所有的修改單）適用于本標準。GB/T29859-2013生物信息學術語GB/T30989-2013高通量基因測序技術規(guī)程GB/T35890-2018高通量測序數據序列格式規(guī)范術語和縮略語GB/T29859-2013中界定的術語和定義適用于本標準。RNA元數據描述7個屬性：中文名稱、定義、英文名稱、數據類型、值域、約束/條件、備注。中文名稱指元數據元素或元數據實體的中文名稱。定義描述元數據元素或元數據實體的基本內容，給出信息資源某個特性的概念和說明。英文名稱元數據元素或元數據實體的英文名稱，一般用英文全稱數據類型元數據元素的數據類型，對元數據元素的有效值域和允許對該值域內的值進行有效操作的規(guī)定。值域說明元數據元素可以取值的范圍。約束/條件說明元數據實體或元數據元素是否必須選取的屬性。包括必選、可選。必選（M）：表明該元數據元素或元數據實體必須選擇。可選（O）：根據實際應用可以選擇也可以不選的元數據元素或元數據實體。如果一個可選元數據實體未被使用，則該實體所包含的元素（包括必選元素）也不選用。可選元數據實體可以有必選元素，但只當可選實體被選用時才成為必選。備注對元數據元素或元數據實體的進一步說明（根據需要選用）元數據本節(jié)給出了長非編碼RNA與蛋白質相互作用元數據的定義。本標準三個元數據之間的關系如圖1所示：圖1元數據的層級關系NPInterRNAANKHD1/npinter5/interaction/ncRI-51495421/。RNARNARNA名稱定義：長非編碼RNA的標準名稱英文名稱：genesymbol數據類型：字符串值域：數據庫中的長非編碼RNA的名稱約束條件：必選項（M）收錄數據庫定義：收錄該長非編碼RNA的數據庫英文名稱：database數據類型：字符串值域：數據庫名稱約束條件：必選項（M）備注：推薦使用Ensembl數據庫和NONCODE數據庫數據庫編號定義：長非編碼RNA在收錄數據庫里面的唯一標識英文名稱：databaseID數據類型：字符串值域：數據庫中長非編碼RNA的唯一標識約束條件：必選項（M）物種名定義：長非編碼RNA所在的物種名稱英文名稱：organism數據類型：字符串約束條件：必選項（M）定義：長非編碼RNA的描述英文名稱：description數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）功能注釋RNA的功能英文名稱：functionannotation數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）疾病注釋定義：長非編碼RNA相關的疾病信息英文名稱：diseaseannotation數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）備注：疾病名稱從humandiseaseontology（DOID）中選擇相互作用蛋白質相互作用的蛋白質的注釋信息包括蛋白質的名稱、數據庫編號、物種、描述以及相關功能注釋。名稱定義：蛋白質所在基因的標準名稱英文名稱：genesymbol數據類型：字符串約束條件：必選項（M）數據庫編號定義：蛋白質在Uniprot數據庫里面的唯一標識英文名稱：databaseID數據類型：字符串值域：數據庫中蛋白的唯一標識約束條件：必選項（M）備注：選用UniProt數據庫的accession信息作為數據庫編號物種名定義：蛋白質所在的物種名稱英文名稱：organism數據類型：字符串約束條件：必選項（M）定義：蛋白質的描述英文名稱：description數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：必選項（M）備注：必須包括蛋白質的全名功能注釋定義：蛋白質的功能英文名稱：functionannotation數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）疾病注釋定義：蛋白質相關的疾病信息英文名稱：diseaseannotation數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）備注：疾病名稱從humandiseaseontology（DOID）中選擇相互作用/注釋標識定義：相互作用的唯一標識符英文名稱：interactionID數據類型：字符串值域：自定義或引用數據庫中的相互作用標識符約束條件：必選項（M）物種名定義：發(fā)現該相互作用所在的物種名稱英文名稱：organism數據類型：字符串值域：物種標準拉丁名稱約束條件：必選項（M）相互作用蛋白名稱定義：相互作用蛋白的所在基因名稱英文名稱：interactedproteingenesymbol數據類型：字符串值域：相互作用蛋白質元數據中的名稱約束條件：必選項（M）RNA定義：相互作用長非編碼RNA的所在基因名稱英文名稱：interactedlncRNAgenesymbol數據類型：字符串值域：相互作用長非編碼RNA元數據中的名稱約束條件：必選項（M）組織/細胞系定義：發(fā)現該相互作用所在的細胞系或者組織名稱英文名稱：tissue/cellline數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：必選項（M）備注：如果使用細胞系，需要使用標準的細胞系名稱來源定義：獲取該相互作用的來源英文名稱：datasource數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：必選項（M）定義：對該相互作用的描述信息英文名稱：description數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）參考文獻定義：該相互作用的來源文獻英文名稱：reference數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：必選項（M）備注：可以有多條出版物信息PubMed定義：文章在PubMed庫的編號英文名稱：PubMedID數據類型：字符串值域：PubMed文獻唯一標識符約束條件：可選項（O）DOI定義：文章的DOI編號英文名稱：DOI數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）期刊名稱定義：文章發(fā)表的期刊名稱英文名稱：journalname數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）文章標題定義：文章標題英文名稱：articletitle數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）發(fā)表年份定義：文章發(fā)表的年份英文名稱：yearofpublication數據類型：字符串值域：自由文本約束條件：可選項（O）備注：格式為“yyyy”，如“2018”RNA定義：相互作用中，RNA與蛋白質結合的位