系統(tǒng)生物學(xué)合成生物學(xué)與轉(zhuǎn)錄組學(xué)第一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Genome

transplantation

in

bacteria:

changing

one

species

to

another天然完整基因組種間轉(zhuǎn)移:

As

a

step

toward

propagation

of

synthetic

genomes,

we

completely

replaced

the

genome

of

a

bacterial

cell

with

one

from

another

species

by

transplanting

a

whole

genome

as

naked

DNA.

Intact

genomic

DNA

from

Mycoplasma

mycoides（蕈狀支

原體）large

colony

(LC),

virtually

free

of

protein,

was

transplanted

into

Mycoplasma

capricolum（山羊支原體）

cells

by

polyethylene

glycol(PEG)-

mediated

transformation.

Cells

selected

for

tetracycline

resistance,

carried

by

the

M.

mycoides

LC

chromosome,

contain

the

complete

donor

genome

and

are

free

of

detectable

recipient

genomic

sequences.

These

cells

that

result

from

genome

transplantation

are

phenotypically

identical

to

the

M.

mycoides

LC

donor

strain

as

judged

by

several

criteria.---

Science.

2007

Aug

3;

317:632-8第二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日合成基因組---Science論文Science

2

July

2010:

Vol.

329.

no.

5987,

pp.

52

-

56Creation

of

a

Bacterial

Cell

Controlled

by

a

ChemicallySynthesized

GenomeDaniel

G.

Gibson,1

John

I.

GlassetalWereportthedesign,synthesis,andassemblyofthe1.08–mega–basepairMycoplasma

mycoidesJCVI-syn1.0genomestartingfromdigitizedgenomesequenceinformationanditstransplantationintoaM.capricolumrecipientcelltocreatenewM.

mycoidescellsthatarecontrolledonlybythesyntheticchromosome.TheonlyDNAinthecellsisthedesignedsyntheticDNAsequence,including"watermark"sequencesandotherdesignedgenedeletionsandpolymorphisms,andmutationsacquiredduringthebuildingprocess.Thenewcellshaveexpectedphenotypicpropertiesandarecapableofcontinuousself-replication.第三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日合成生命的關(guān)鍵步驟FirstSelf-ReplicatingSyntheticBacterialCell20-May-2010

1)合成供體的基因組DNA：首先，將蕈狀支原體的全基因組測(cè)序，并按照該序列信息將其合成為1078條平均長(zhǎng)度為1080bp的DNA片段。這些片段兩兩間具有80bp的部分重疊，所有片段拼接起來(lái)構(gòu)成蕈狀支原體的全長(zhǎng)基因組。值得注意的是這些合成的片段較天然基因組略有一些改動(dòng)，包括去除了14個(gè)不重要的基因、為阻斷基因而設(shè)計(jì)的兩個(gè)插入序列、27處單核苷酸多態(tài)性(其中19處在意料之中)以及4條用來(lái)區(qū)分于天然序列模本的“水印”標(biāo)記(Watermark)，這些改動(dòng)都不影響細(xì)胞正常的生命活動(dòng)。該過(guò)程涉及到計(jì)算機(jī)對(duì)合成序列的精密計(jì)算。第五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日2)合成DNA片段的拼接：將以上合成的1078條DNA片段分別連接到載體，使其能在酵母細(xì)胞中通過(guò)同源重組拼接起來(lái)。于是，平均1080bp的DNA片段，10個(gè)一組拼接為大約10kb的片段(109個(gè))，然后將這些連接有目的基因片段的載體從酵母中分離出來(lái)，轉(zhuǎn)入大腸桿菌E.coli中進(jìn)行擴(kuò)增，以限制酶篩選出陽(yáng)性克隆；之后再將陽(yáng)性克隆質(zhì)粒中的這109條10kb左右的片段按同樣的方法每組10個(gè)拼接成100kb的片段(11個(gè))；這11條片段最終拼接成完整的總共1077947bp的基因組(由于攜帶太大片段的載體在E.coli中不能穩(wěn)定傳代，因此后兩步拼接中采用多重PCR來(lái)篩選陽(yáng)性克隆)。此過(guò)程除了2個(gè)銜接反應(yīng)是在體外用酶處理構(gòu)建，其余所有的片段都是在酵母細(xì)胞內(nèi)依靠同源重組拼接而成。第六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日3)人工基因組的甲基化修飾：由于供體細(xì)胞(蕈狀支原體)和受體細(xì)胞(山羊支原體)共用同一套限制酶系統(tǒng)，而天然的供體基因組是經(jīng)甲基化修飾的。因此，拼接完成的基因組DNA還需在體外用甲基化酶(從蕈狀支原體或山羊支原體提取物中純化)進(jìn)行修飾，以避免受體細(xì)胞限制酶系統(tǒng)的阻礙。4)人工基因組移植入受體細(xì)胞：將構(gòu)建好的人工合成基因組移植入山羊支原體內(nèi)。細(xì)胞經(jīng)過(guò)不斷分裂傳代，具有人造基因組的細(xì)胞在含抗生素的培養(yǎng)基中篩選出來(lái)，同時(shí)含有天然DNA的細(xì)胞逐漸消失殆盡。最終只剩下含有山羊支原體細(xì)胞質(zhì)但由合成DNA控制的人工嵌合體細(xì)胞。雖然蕈狀支原體和山羊支原體在基因組上75%是同源的，但該人造細(xì)胞明顯表現(xiàn)出蕈狀支原體的生長(zhǎng)特性。第七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日合成生命操作圖解

取名

Synthia:人造兒創(chuàng)造這個(gè)可復(fù)制的試驗(yàn)性單細(xì)胞生物花費(fèi)了4,000萬(wàn)美元第八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日人工合成基因組中的水印Thesecretaminoacidmessagescontainedin"watermarks"thatwereembeddedintheworld’sfirstmanmadebacterialgenome.NCBIcheckedintothegeneticsequencesubmittedbyVenter’sInstituteandfoundthewatermarkshiddeninplainsight.ThefivecodedmessagesthatwillgodowninhistoryasembeddedinthefirstsyntheticgenomeVENTERINSTITVTECRAIGVENTERHAMSMITHCINDIANDCLYDEGLASSANDCLYDE代表5個(gè)作者:CraigVenter,HamiltonSmith,JohnGlass,ClydeHutchison第九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日人工基因組組裝與檢測(cè)第十頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日合成基因組結(jié)構(gòu)圖第十一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Transcriptomics轉(zhuǎn)錄組學(xué)第十二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Transcriptome:Anevolvingdefinition(Thepopulationof)mRNAsexpressedbyagenomeatanygiventime(Abbott,1999)轉(zhuǎn)錄組（Transcriptom）：細(xì)胞所包含mRNA的總和。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptomics）：研究細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所含mRNA的類型與拷貝數(shù)；比較不同功能狀態(tài)下mRNA表達(dá)的變化，搜尋與功能狀態(tài)變化緊密相關(guān)的重要基因群。

第十三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日新定義Thecompletecollectionoftranscribedelementsofthegenome.(Affymetrix,2004)mRNArRNA,tRNAsnmRNAs(smallnon-messengerRNAs)microRNAsandsiRNAs(smallinterferringRNAs)snoRNAs(smallnucleolarRNAs)核仁小分子RNAsnRNAs(smallnuclearRNAs)Othernon-codingRNAsLongnon-codingRNA(lncRNA)第十四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日轉(zhuǎn)錄本All

transcripts

All

mRNAs第十五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Transcriptomics

DefinitionThestudyofcharacteristicsandregulationofthefunctionalRNAtranscriptpopulationofacell/sororganismataspecifictime.ScopethepopulationoffunctionalRNA

transcripts.themechanismsthatregulatetheproductionofRNAtranscriptsdynamicsofthetrancriptome(time,celltype,genotype,externalstimuli)第十六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日一、轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究全部RNA的表達(dá)及功能轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）指特定狀態(tài)下一種細(xì)胞或組織所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和。——包括編碼RNA，即mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics）：是在整體水平上研究細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的科學(xué)。RNA組學(xué)（RNomics）：是分析、鑒定非信使小RNA（smallnon-messengerRNA,snmRNA）在特定狀態(tài)下表達(dá)情況、功能及其與蛋白質(zhì)的相互作用。第十七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日轉(zhuǎn)錄組的特點(diǎn)：受到內(nèi)外多種因素的調(diào)節(jié)，因而是動(dòng)態(tài)可變的。能夠揭示不同物種、不同個(gè)體、不同細(xì)胞、不同發(fā)育階段及不同生理病理狀態(tài)下的基因差異表達(dá)信息。第十八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基于測(cè)序：cDNA文庫(kù)、illumina測(cè)序基于雜交：cDNA芯片（GeneChip，microarray）基因表達(dá)聚類轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究方法第十九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日（一）微陣列是大規(guī)模基因組表達(dá)譜研究的早期主要技術(shù)大規(guī)模表達(dá)譜或全景式表達(dá)譜（globalexpressionprofile）：是生物體（組織、細(xì)胞）在某一狀態(tài)下基因表達(dá)的整體狀況。微陣列或基因芯片（DNAchip）:利用光導(dǎo)化學(xué)合成、照相平板印刷以及固相表面化學(xué)合成等技術(shù)，在固相表面合成成千上萬(wàn)個(gè)寡核苷酸探針，并與放射性同位素或熒光物標(biāo)記的來(lái)自不同細(xì)胞、組織或整個(gè)器官的DNA或mRNA反轉(zhuǎn)錄生成的第一鏈cDNA進(jìn)行雜交，然后用特殊的檢測(cè)系統(tǒng)對(duì)每個(gè)雜交點(diǎn)進(jìn)行定量分析。第二十頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日SpottedMicroarrayscDNAArraysOligoArrays

InSituOligoSynthesisPhotosynthesisPlanersurfaceMicrofluidicschipE-fieldsynthesisIntegratedChips

IntegrateduF,microarrayanddetectionchipswithPCR,fluorescenceore-detectionMicrofluidicsPlasticsCeramicsSiliconOthermaterials不同的生物芯片技術(shù)平臺(tái)點(diǎn)樣芯片原位合成芯片微流體芯片整合型芯片第二十一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基因芯片的探針第二十二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日TaggedRNAfragmentsflushedoverarrayLaseractivationoffluorescenttagsOpticalscanningofhybridizationintensities基因芯片的雜交實(shí)驗(yàn)第二十三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Experimentaloverview:HybridizationWashingScancy5channelScancy3channel“Overlayimages”Quantifypixelintensities.CellpopulationACellpopulationBRNAextractionAABBReversetranscriptionAABBKlenowlabelincorporationSampleBlabelledwithcy3dyeSampleAlabelledwithcy5dye第二十四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Cy3和Cy5Cy3激發(fā)波長(zhǎng)532nmCy5激發(fā)波長(zhǎng)635nm第二十五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日?qǐng)D像掃描Cy5Cy3第二十六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日歸一化第二十七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日LimitofDetection:1in30,000transcripts

~20transcripts/cellRed–increaseofCy5sampletranscriptsGreen–increaseofCy3sampletranscriptsYellow–equalabundance第二十八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日差異基因篩選原理：采用cy3/cy5的ratio值對(duì)差異基因進(jìn)行判斷，或采用統(tǒng)計(jì)方法對(duì)差異基因進(jìn)行統(tǒng)計(jì)推斷。方法：倍數(shù)法：cy3/cy5比值大于2或者小于0.5Z值法：Z=(X-μ)/σ

作用：發(fā)現(xiàn)兩個(gè)樣本間的差異表達(dá)基因，便于后續(xù)分析。第二十九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日MicroarrayandGeneChipApproachesAdvantages:RapidMethodanddataanalysiswelldescribedandsupportedRobustConvenientfordirectedandfocussedstudiesDisadvantages:ClosedsystemapproachDifficulttocorrelatewithabsolutetranscriptnumberSensitivetoalternativesplicingambiguities第三十頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第三十一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日高通量測(cè)序高通量測(cè)序技術(shù)（High-throughputsequencing）是指能夠一次并行對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，每一次序列測(cè)定的讀長(zhǎng)一般較短的測(cè)序技術(shù)。

高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次革命性的改變，一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測(cè)序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見(jiàn)其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing)。第三十二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第三十三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日高通量測(cè)序中重要名詞解釋1、測(cè)序深度：測(cè)序得到的總堿基數(shù)與待測(cè)基因組大小的比值。假設(shè)一個(gè)基因組大小為7M，測(cè)序總堿基數(shù)為70M，則測(cè)序深度為10×。2、覆蓋度：測(cè)序獲得的序列占整個(gè)基因組的比例。由于基因組中高GC含量，重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測(cè)序最終拼接組裝的序列往往無(wú)法覆蓋所有的區(qū)域，這些區(qū)域就叫做Gap。二者的關(guān)系：測(cè)序深度與基因組覆蓋度之間是一個(gè)正相關(guān)的關(guān)系，測(cè)序帶來(lái)的錯(cuò)誤率或假陽(yáng)性結(jié)果會(huì)隨著測(cè)序深度的提升而下降。當(dāng)測(cè)序深度在10～15X以上時(shí)，基因組覆蓋度和測(cè)序錯(cuò)誤率控制均得以保證。第三十四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日3、RPKM（readsperkilobasepermillionreads）是每百萬(wàn)讀段中來(lái)自于某基因每千堿基長(zhǎng)度的讀段數(shù)。其公式為:

其中，totalexonreads指映射到某個(gè)基因上的reads數(shù)，mappedreads指map到所有基因的總的reads數(shù)。RPKM不僅對(duì)測(cè)序深度作了歸一化，而且對(duì)基因長(zhǎng)度也作了歸一化，使得不同長(zhǎng)度的基因在不同測(cè)序深度下得到的基因表達(dá)水平估計(jì)值具有了可比性，是目前最常用的基因表達(dá)估計(jì)方法。第三十五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基于illumina測(cè)序的轉(zhuǎn)錄組分析：

RNA-seq樣品檢測(cè)文庫(kù)制備ClusterStationIlluminaSequencing生物信息分析第三十六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日TotalRNA樣品檢測(cè)

Agilent2100檢測(cè)OD260/280:1.8~2.2RNA28S:18S≥1.0;RIN≥7

第三十七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第一天消化DNAmRNA的分離mRNA的打斷cDNA的合成↓↓第二天末端修復(fù)↓↓加接頭膠回收3’端加A第三天PCRPCR膠回收↓↓

文庫(kù)制備↓↓第三十八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日cDNA:為具有與某RNA鏈呈互補(bǔ)的堿基序列的單鏈DNA即complementaryDNA之縮寫。以mRNA為模板，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA，與適當(dāng)?shù)妮d體（常用噬菌體或質(zhì)粒載體）連接后轉(zhuǎn)化受體菌，則每個(gè)細(xì)菌含有一段cDNA，并能繁殖擴(kuò)增，這樣包含著細(xì)胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合稱為該組織細(xì)胞的cDNA文庫(kù)。cDNA文庫(kù)第三十九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日真核mRNA的純化mRNA的純化主要通過(guò)磁珠吸附原理從而分離純化Oligo（dT）25磁珠純化原理主要是mRNA的3′的polyA與磁珠在bindingbuffer的作用下相結(jié)合。磁珠通過(guò)MPC（磁分離器）從溶液中分離出來(lái)。mRNA與磁珠結(jié)合后，再用Tris-HCL在加熱條件下解離洗脫到溶液中。第四十頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日mRNA反轉(zhuǎn)錄純化過(guò)的mRNA樣品加入1μl的fragmentbuffer70℃作用1.5min。加入1μl的stopbuffer終止反應(yīng)。加入沉淀劑（NaAc糖原無(wú)水乙醇）沉淀酶切產(chǎn)物。第四十一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日末端修復(fù)cDNA3′末端加AAdapter連接第四十二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日不同方法比較第四十三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日OHFlowCell接頭diol

P7

P5

dioldiol模板雜交dioldiol

延長(zhǎng)dioldiol

變性堿基片段雜交第四十四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日CTAGCTA5’-3’-…-5’GT

合成第一個(gè)堿基Cycle1:按順序加入反應(yīng)試劑

清除未反應(yīng)的堿基和試劑

激發(fā)堿基熒光并收集熒光信號(hào)去除阻斷基團(tuán)和熒光基團(tuán)Cycle2-n: 重復(fù)前面的步驟GTCTAGTCTGCTAGA基于SBS測(cè)序技術(shù)第四十五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Clusterstation剩下的復(fù)制鏈其一端“固定”在芯片上，另外一端隨機(jī)和附近的另外一個(gè)引物互補(bǔ)，被“固定”住，形成“橋”(bridge)。形成的單鏈橋，以周圍的引物為擴(kuò)增引物，在芯片表面進(jìn)行擴(kuò)增，形成雙鏈。雙鏈經(jīng)變性成單鏈，再次形成橋，并作為下一輪擴(kuò)增的模板繼續(xù)擴(kuò)增反應(yīng)。反復(fù)若干輪擴(kuò)增，每個(gè)單分子得到了大量擴(kuò)增，成為單克隆“DNA簇群”。第四十六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日生物信息分析第四十七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基因表達(dá)聚類分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法的應(yīng)用導(dǎo)致基因表達(dá)數(shù)據(jù)爆炸性增長(zhǎng)。如何對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，從中提取有意義的生物學(xué)信息，已成為轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究熱點(diǎn)和技術(shù)瓶頸。聚類分析技術(shù)能將待處理的對(duì)象分配到相應(yīng)的聚類中，使得同一聚類中的對(duì)象差別較小，不同聚類之間的對(duì)象差別較大。聚類分析技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中，非常適合大批量分析基因群的功能。

第四十八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基因表達(dá)聚類的數(shù)據(jù)表現(xiàn)Systematicvariationingeneexpressionpatternsinhumancancercelllines.

Nature,2000,Rossetal.第四十九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第五十頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日第五十一頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日有參考基因組序列信息分析流程第五十二頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日Reads在基因組上的分布第五十三頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化(Nagalakshmi,U.etal.,2008)

通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序鑒定出酵母3’和5’UTR區(qū)域第五十四頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日

鑒定基因可變剪接exon1exon2exon3exon1exon2exon3exon1exon3commonreadsjunctionreadsmRNA第五十五頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日鑒定融合基因第五十六頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)GenomicintergenicregionReadsclusterPairedReadsdistributionPaired-End(PE)Reads第五十七頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日NEngJMed2009SNP分析第五十八頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日DeepRNAsequencingatsinglebase-pairresolution

revealshighcomplexityofthericetranscriptomeGenomeRes2010RiceTranscriptomeMaterial

callus

rootatseedlingstage（14d）

shootatseedlingstage（14d）

flagleaves（2stages）

panicle（3stages）Methods

RNASeq（paired-end&singleend）

DGE

smallRNA（18-30nt）基因功能注釋基因結(jié)構(gòu)分析鑒定出大量新轉(zhuǎn)錄本可變剪接鑒定基因融合鑒定第五十九頁(yè)，共六十九頁(yè)，2022年，8月28日無(wú)參考基因組生物信息分析Unigene功能注釋Unigene的GO分類Unigene代謝通路分析預(yù)測(cè)編碼蛋白