國家中長期科學與技術發展戰略規劃研究重大科學研究計劃

根據世界科學發展趨勢和我國重大戰略需求，選擇能引領未來發展，對科學和技術發展有很強帶動作用，可促進我國持續創新能力迅速提高，同時具有優秀創新團隊的研究方向，重點部署四項重大科學研究計劃。這些方向的突破，可顯著提升我國的國際競爭力，大力促進可持續發展，實現重點跨越。(1)蛋白質研究

蛋白質是最主要的生命活動載體和功能執行者。對蛋白質復雜多樣的結構功能、相互作用和動態變化的深入研究，將在分子、細胞和生物體等多個層次上全面揭示生命現象的本質，是后基因組時代的主要任務。同時，蛋白質科學研究成果將催生一系列新的生物技術，帶動醫藥、農業和綠色產業的發展，引領未來生物經濟。因此，蛋白質科學是目前發達國家激烈爭奪的生命科學制高點。重點研究重要生物體系的轉錄組學、蛋白質組學、代謝組學、結構生物學、蛋白質生物學功能及其相互作用、蛋白質相關的計算生物學與系統生物學，蛋白質研究的方法學，相關應用基礎研究等。(2)量子調控研究

以微電子為基礎的信息技術將達到物理極限，對信息科技發展提出了嚴峻的挑戰，人類必須尋求新出路，而以量子效應為基礎的新的信息手段初露端倪，并正在成為發達國家激烈競爭的焦點。量子調控就是探索新的量子現象，發展量子信息學、關聯電子學、量子通信、受限小量子體系及人工帶隙系統，構建未來信息技術理論基礎，具有明顯的前瞻性，有可能在20~30年后對人類社會經濟發展產生難以估量的影響。(3)納米研究

物質在納米尺度下表現出的奇異現象和規律將改變相關理論的現有框架，使人們對物質世界的認識進入到嶄新的階段，孕育著新的技術革命，給材料、信息、綠色制造、生物和醫學等領域帶來極大的發展空間。納米科技已成為許多國家提升核心競爭力的戰略選擇，也是我國有望實現跨越式發展的領域之一。

重點研究納米材料的可控制備、自組裝和功能化，納米材料的結構、優異特性及其調控機制，納加工與集成原理，概念性和原理性納器件，納電子學，納米生物學和納米醫學，分子聚集體和生物分子的光、電、磁學性質及信息傳遞，單分子行為與操縱，分子機器的設計組裝與調控，納米尺度表征與度量學，納米材料和納米技術在能源、環境、信息、醫藥等領域的應用。(4)發育與生殖研究

動物克隆、干細胞等一系列舉世矚目的成就為生命科學與醫學的未來發展帶來了重大的機遇。然而這些成果大多還不能直接造福于人類，主要原因是對生殖與發育過程及其機理缺乏系統深入的認識。我國人口增長量大，出生缺陷多，移植器官嚴重短缺，老齡化高峰即將到來，迫切需要生殖與發育科學理論的突破和技術創新。重點研究干細胞增殖、分化和調控，生殖細胞發生、成熟與受精，胚胎發育的調控機制，體細胞去分化和動物克隆機理，人體生殖功能的衰退與退行性病變的機制，輔助生殖與干細胞技術的安全和倫理等。蛋白質研究計劃

蛋白質研究計劃將圍繞：蛋白質的生物學功能、蛋白質功能的結構基礎、蛋白質的相互作用網絡、細胞中蛋白種類的時空差異、體內外蛋白質的單分子行為等重大科學問題。重點研究的內容：

1、選擇具有重要功能或病理意義的人類組織或器官，重要經濟生物為研究對象，開展蛋白質組及其調控規律的研究；

2、選擇具有重要功能的蛋白質分子、蛋白質分子間或蛋白質與非蛋白質分子間的復合體、代謝/信號轉導通路等進行規模化的結構，功能、功能網絡和動態結構的研究。

該計劃的實施必將促進多學科（如生命科學、技術科學、信息科學、數理科學、分析科學、材料科學等）的廣泛交叉與融合，必將推動我國跨學科、跨行業、跨部門、跨地域的大科學協作，必將實現我國蛋白質科學與技術領域的跨越式發展，從而帶動生命科學與生物技術的快速突破，為醫藥、農業、工業、資源環境與能源、國防等行業/產業改造和換代提供強大的科技原動力和戰略性支撐。

“人類基因組計劃”與“曼哈頓原子彈研制計劃”、“阿波羅登月計劃”一道被譽為二十世紀三大科技工程，其完成宣告人類從此進入“后基因組時代”,自此，蛋白質研究成為科學界關注的核心。正如恩格斯所言，“生命是蛋白體的存在形式”。蛋白質是一切生命活動的功能執行體，是生物技術研發的主體。蛋白質由于其結構、功能的多樣性和廣泛的相互作用，演繹出生命的復雜性與生物界的多樣性。圍繞著蛋白質研究，學術界提出了又一個大科學工程：“人類蛋白質組計劃”。

在此國際大背景下，我們擬提出我國的“蛋白質研究計劃”。該計劃的整體思路是：瞄準我國經濟社會發展的戰略需求，針對蛋白質這一類生命活動的關鍵物質開展理論和應用研究。

其實施不僅會大大提升我國生命科學在世界科學界的地位，同時也必將戰略性地帶動我國數、理、化等學科的發展，進而提升我國總體的基礎科學創新能力。2、提高我國科技競爭實力的需要蛋白質科學與技術已逐步成為本世紀生命科學領域中爭奪最激烈的前沿陣地。以發達國家為主導已經提出了“人類蛋白質組計劃”，并紛紛投入巨資和人力，為的是要搶占這一重要而又有限的生物戰略資源，搶占發展的先機。3、解決國家重大戰略問題的需要

我國存在著若干嚴重影響我國可持續發展的重大戰略問題。人口與健康問題、農業問題、能源和環境問題、生物安全問題等對我國社會和經濟所形成的壓力的緩解和消除，無不與生命科學與技術的發展密切相關。蛋白質處于生命活動的中心，是所有生命活動的載體和功能執行者，上述重大戰略問題的產生或解決，只要與生物體、生命活動和生物功能有關，必然直接或間接地與蛋白質有關。4、推動現代生物技術產業發展的需要蛋白質科學與技術涉及眾多的生物技術產業。蛋白質的研究必然催生更多的高新技術產業，對經濟發展必將發揮巨大的推動作用。通過人或動物功能蛋白質的研究，將會促進基于蛋白質的原創性新藥的研究與開發，加快制藥產業的發展。人體健康與否，與存在于其體內的幾萬種蛋白息息相關；很多人類疾病（包括遺傳病、癌癥等）的出現其實都可歸因于體內蛋白質作用異常的結果。因此對蛋白質的研究必然大大促進醫學和醫學生物技術的發展。二、蛋白質研究計劃的主要方面

就蛋白質而言，科學家最為關注的是它們在所有生命有機體內所發揮的形形色色的生物學功能：從成千上萬種生物化學反應的催化到生物對各種有害環境的抵御，從形成生物個體形態的機械支持到生命有機體所產生的各種微觀和宏觀的機械運動，從將太陽能轉換為化學能的光合作用到遺傳信息的復制、表達和修復等。盡管科學家已經對大量蛋白開展過不同程度的研究，但從基因組DNA測序所獲得的信息來看，科學家對生物體內還有大約一半的蛋白質分子還從未有過任何了解。在“后基因組時代”，我們必須回答他們在生物體內發揮何種功能。1、蛋白質的生物學功能

對于生命科學家而言，可能最為關心的是每一種蛋白質在生物有機體內究竟完成什么樣的生物學功能。基因組DNA測序的主要結果是揭示了每一種模式生物的遺傳信息所編碼的總蛋白的大概數目和每一種蛋白質的可能氨基酸序列。根據對不同生物的基因組測序所預測出的編碼蛋白質分子中，我們對其中大約一半的蛋白質分子還未曾有過任何接觸，在“后基因組時代”我們測定它們的結構并認識它們的生物學功能。

對蛋白質結構的了解終究是服務于對其功能的認識。在認識某一正常（如細胞的分裂、分化，個體的發育，思維和記憶的分子基礎等）或異常（像細胞的癌變等機體病變）的生命現象時，我們都首先需要了解的是參與有關過程的蛋白質分子種類和它們各自所發揮的生物學功能。2、蛋白質發揮功能的結構基礎盡管對蛋白質結構的研究在上個世紀的中期就已經開始了，但其工作還遠未結束。目前的物理學手段（比較重要是X-射線晶體衍射方法）在測定蛋白質靜態三維空間結構方面已經相當有效。但對于很多無法形成晶體的蛋白質而言，目前還沒有有效的物理方法能夠用于測定它們的空間結構（但通過核磁共振和電子顯微學方法測定這類蛋白質結構的方法學正在發展之中）。而且，對于蛋白質發揮生物學功能而言，更為重要的是在原子和分子水平測定其發揮作用過程中其非共價結構的快速動態變化。在后一方面的研究理論和研究手段方面都幾乎還是空白，迫切需要物理學家、化學家和數學家等的參與。

3、蛋白質分子之間以及蛋白質分子與其它生物分子之間的相互作用生物體的基本結構單位是細胞。近年的研究使得人們日益認識到，在細胞內成千上萬種蛋白質分子之間并不是孤立地發揮其生物學功能的，它們需要在特異相互識別基礎上進行可逆的“弱”相互作用，而形成不同的蛋白質“機器”，進而完成不同的生物學功能。同時，蛋白質生物學功能的發揮也依賴于蛋白分子與非蛋白質分子（如核酸、糖、脂類和各種小分子）之間特異的、可逆的、動態的和可調節的相互作用而實現.

理解和分析這些強度不一的特異“弱”相互作用、這種相互作用所形成的網絡以及通過這種相互作用所實現的信息的傳遞和功能的協調是認識很多生命過程的基礎。認識蛋白質分子之間這種“弱”相互作用的本質和規律自然離不開物理學家、化學家、數學家等提供思考的理論和探索的方法。與早期推測完全不同的是，分子生物學的研究成果表明，在組成這樣的多細胞生物體的每一類細胞中的基因組的組成（即細胞核中的DNA分子序列）是完全相同的。

細胞類型的差異在于由基因組編碼的蛋白質在特定細胞中被表達的種類各不相同、蛋白質的修飾和蛋白質的相互作用的網絡也不相同。細胞的分化過程被認為是這種存在于不同細胞中的蛋白的差異所致。

近年發展起來的蛋白質組學方法，旨在分析存在于特定細胞或組織中的全部（幾千甚至幾萬種）的蛋白質種類以及同一細胞處于不同環境條件下的蛋白的差異。但因為很多蛋白質在細胞內的存在量極微或存在的時間極短，目前還難以有真正有效地去捕捉這些蛋白質分子。

同時，如何利用這樣得到的不同細胞的蛋白種類差異譜去認識蛋白質的生物學功能也還需要從理論和方法學上進行突破。而這個方面的研究也同樣離不開數、理、化等學科科學家的參與。5、蛋白質的單分子行為

傳統的對蛋白質分子行為的研究都是基于對單種蛋白質分子的統計行為的觀察。人們期望能夠對單個蛋白質分子（包括由多個蛋白質分子相互作用形成的復合體）在發揮生物學功能時的動態結構進行全程觀察：比如，一個酶蛋白分子是如何完成一個完整催化過程的；一個“馬達蛋白”分子是如何將儲存于ATP（生物體內的能量貨幣）中的化學能高效地轉化為機械能的。

近年來，一些物理學家出身的生命科學家已經開始了這樣的所謂蛋白質的單分子研究。建立這種單分子研究系統的挑戰主要在于方法的靈敏性（單個蛋白分子能夠發出的檢測信號是極其微弱的）和快速性（完成某一過程的時間可以在皮秒范圍甚至更快！）。同樣地，這樣的極富挑戰性的研究獲得成功的關鍵在于學科的高度交叉。蛋白質結構的高度有組織性、結構和功能的高度多樣化、結構和功能的高度對應性、以及完成功能時的快速性和可調節性等特性，使得我們可以將蛋白質分子看作是一個高度復雜的“系統”，同時其大小也使其成為納米科學研究的理想對象之一。作為生命活動的執行者，蛋白質中也許蘊涵著還未曾被人類發現的新的物質運動規律。通過非共價相互作用而形成的靈活可變的蛋白質相互作用網絡蘊涵著許多生命的奧秘。所以在驚嘆通過蛋白質而實現的高度靈活的生命過程的同時，我們迫切需要物理學家、化學家和數學家對這樣的復雜系統開展研究，在發現新的物質運動規律的同時，能夠用物理的、化學的和數學的語言和手段來精確描述和研究生命現象，最終實現對生命過程這樣一個非線性過程的定性和定量的描述。6、發展新的蛋白質研究方法論和新的技術

研究蛋白質的理論需要創新，但理論創新離不開新的更為精密和高效的技術手段的出現。技術在推動科學發展的過程經常起著舉足輕重的作用，尤其當研究進入微觀層次之后。從上面的描述中，我們已經看到，研究蛋白質還存在很多方法手段上的障礙。

用何種方法我們才能真正完全打開蛋白質這個“神秘王國”的大門呢？這將是對21世紀科學家們的一個重大挑戰。蛋白質研究新方法的建立可能更多的需要依賴于非生物學家們的努力。近期應用前景

蛋白質除了可以直接作為臨床藥物之外（如胰島素、生長激素、干擾素、白細胞介素等等），也是很多小分子藥物和中藥的作用靶點。比如阿斯匹林就是通過抑制一種催化前列腺素合成的關鍵酶蛋白而發揮其效應的；很多抗菌素是通過抑制細菌細胞的蛋白質合成過程而發揮作用的等。因此對不同生物體內蛋白質結構和功能的深入研究將會大大改變新藥研發的方式和效率。遠期應用前景

催化生物有機體內各種各樣化學轉化過程的是被稱為酶的一大類蛋白質。對這些蛋白的功能和作用機制的深入研究，將會大大促進它們在化學工業和環境保護中的應用。

對蛋白質結構和功能的深入研究不僅會大大促進我們對天然存在的蛋白質在人類生活的各個方面的應用，同時我們還可以設計出具有新的活性的人工蛋白質來完成我們所期望的工作。對蛋白質的深入研究毫無疑問將會大大擴展人類對蛋白質的直接和間接應用的范圍。三、實施蛋白質研究計劃的可行性

在我國實施該計劃，除了具有重大意義和必要性外，也具有廣泛和牢靠的基礎。1、已得到科學界的共識和支持 蛋白質的研究是人類認識生命現象的關鍵之一。當今，全面深刻認識蛋白質又絕非傳統生物學所能，它注定需要多學科的交叉，并正在引起越來越多的物理學、化學、數學、計算機科學等科學家的興趣和關注，有一些有影響的科學家已涉足其中，并取得成績。3、已形成一支必要的研究隊伍

通過幾十年的努力，特別是近二十年來，已經形成一支由數十位院士領銜，上百位中青年學術帶頭人承擔，以生物學家，物理學家、化學家和數學家為主的蛋白質科學研究的交叉人才隊伍。