高通量測序其他醫學領域研究思路2015年2月研究方向進化發育衰老炎癥免疫藥物成癮基因篩選……發育與組織分化組織分化（histo-differentiation，histogen-esis，tissue-differentiation）系指多細胞生物從未分化的細胞群，形成具有特定的形態和機能的組織過程。發育與組織分化發育指生命現象的發展，是一個有機體從其生命開始到成熟的變化，是生物有機體的自我構建和自我組織的過程。發育生物學（developmentalbiology）是一門研究生物體從精子和卵子發生、受精、發育、生長到衰老、死亡規律的科學。配子在形成過程中基因組經歷了去甲基化和重新甲基化的過程：在這個過程中形成了配子特有的甲基化模式和印記基因早期胚胎發育過程中基因組同樣經歷了去甲基化和重新甲基化的過程：在這個過程中去除了親代配子的甲基化模式，并形成了胚胎自身的甲基化模式，但印記基因沒有變化發育過程中甲基化變化性成熟個體配子母細胞成熟配子早期胚胎成體模式的胚胎體細胞生殖細胞原始生殖細胞甲基化清洗印記保持印記部分保持印記保持印記保持印記甲基化清洗重塑X染色體失活，基因的時空特異性表達甲基化異常導致的疾病，衰老甲基化測序，hiseq2000/2500平臺。TheDNAmethylationlandscapeofhumanearlyembryos

Jul，2014案例1實驗材料DNA去甲基化組蛋白與甲基化越來越多的研究表明，非編碼RNA（miRNA和lncRNA）在哺乳動物胚胎早期發育與細胞分化過程中扮演著重要角色。然而，目前的研究仍處于具有重要功能的非編碼RNA的發掘與功能驗證階段，對于非編碼RNA調節基因表達的分子機理仍需深入研究，特別是不同非編碼RNA在多個靶基因表達過程中的協同調控作。非編碼RNA與發育Braveheart,aLongNoncodingRNARequiredforCardiovascularLineageCommitmentBraveheart(Bvht)JAN2013案例2對小鼠多分化階段的胚胎干細胞（EmbryonicStemCells,ESCs）與成年小鼠大腦、肝臟和骨骼肌肉組織進行長鏈非編碼RNA測序研究后，發現了一種與心臟功能相關的長鏈非編碼RNA，Braveheart（Bvht）。測序平臺：IlluminaHiseq20002*100bp~10Gb文章思路對小鼠不同分化時期的胚胎干細胞進行了lncRNA測序后，鑒定出了47個在ESCs中高表達但在其他三種組織中中等表達的lncRNAAK143260這種lncRNA相對于其他幾種組織，在心臟組織中表現出高表達的現象，因此研究者對此lncRNA進行進一步的分析，并將其命名BraveheartBraveheart利用RACE（rapidamplificationofcDNAends）技術與lncRNA測序數據結合分析后發現，bvht（AK143260）是一種包含三個外顯子的590nt長的轉錄本且具有一種缺少第一個外顯子的亞型結構Braveheart結構缺少第一個外顯子結構的亞型Braveheart結構與對照組比較，沉默bvht之后0、3、6、9天后組織中表達量改變3X以上基因轉錄本熱圖功能驗證首個被調控的基因調控網絡研究人員對來自幼年、青春期、成年及老年的雌雄Fischer344大鼠、涵蓋11種器官的320個樣本進行了RNA測序，由此構建出了一張綜合大鼠轉錄組圖譜。繪制出40,064個基因和65,167種轉錄物表達譜，其中包括31,909種選擇性剪接轉錄變異體和2,367中非編碼基因/非編碼RNAs(ncRNAs)。他們發現一些器官富集、差異性表達的基因反映出已知的器官特異性生物活性。大量的轉錄物顯示器官特異性、年齡依賴性或性別特異性的差異表達模式。AratRNA-SeqtranscriptomicBodyMapacross11organsand4developmentalstages案例3基因表達情況藥物/治療藥物在生物體內能夠發揮各種生理作用，本質在于藥物與生物體內的各種靶點產生特異性和非特異性結合，從而影響生物的各種生理過程。非特異性結構藥物與藥物的其化學結構關系較小，主要受藥物的理化性質的影響。特異性結構藥物的作用主要通過藥物分子與受體（生物大分子）的有效結合。藥物作用機制受體(包括離子通道）酶核酸載體蛋白類脂糖類在目前的上市藥物中，以受體為靶點的占58％，以酶為靶點的占22％，核酸的占3％，其他靶點占17％。藥物作用的生物靶點目前，藥物雖然都是通過基于表型或靶標的機制。然而研究人員通常并不清楚藥物發揮作用具體的途徑和原因。阿司匹林就是一個范例。盡管它被開發出來已超過一個世紀，但到現在我們仍不清楚它的詳細機制。為什么要研究藥物作用機制RNA-SequencingAnalysisofHepG2CellsTreatedwithAtorvastatinHepG2（人肝癌細胞）培養在不同濃度阿托伐他汀（降血脂藥）的培養基中（0,2.5,5,10,20and40mM）

24h后進行轉錄組測序，阿托伐他汀藥物反應案例1藥物處理后121個基因表達量發生改變。其中110個基因表達量上調，11個基因表達量下降。散點圖功能注釋發現了98個已知的可變剪接，其中11個基因發現可變剪接但是表達量上沒有差異?？勺兗艚覣cupuncturePromotesAngiogenesisafterMyocardialIschemiathroughH3K9AcetylationRegulationatVEGFGene文章通過結扎冠狀動脈左前降支建立大鼠心肌缺血模型，并用電針刺（EA）進行處理，樣本共分4組：Control（10例）Control+EA（10例）MI（32例）EA（12例）利用轉錄組測序分析針刺療法保護心肌的分子機制。Apr,2014案例2心肌損傷差異表達基因VEGF信號通路上調H3K9乙?；瘜е耉EGF上調可能的分子機制免疫

Next-generationsequencingofsmallRNAsfromHIV-infectedcellsidentifiesphasedmicroRNAexpressionpatternsandcandidatenovelmicroRNAsdifferentiallyexpresseduponinfection探究HIV侵染對細胞miRNA的影響。HIV-1LAI毒株和UV滅活的HIV-1LAI毒株感染的5、12、24小時（之前研究證明病毒在侵染5小時檢測不到，12小時檢測量提高，24小時后達到最大）的SUP-T1（人T淋巴瘤細胞）細胞。數字表達譜和小RNA測序分析。案例15小時和12小時處理樣本中鑒定得到的差異表達microRNAs很少，24小時處理的樣本中，差異表達的microRNAs較多（HIV組上調65個，下調39個，UV組上調14個，下調4個）。顯示出HIV感染T細胞時間上的階段特異性。差異基因對差異表達microRNA進行功能富集分析發現主要與細胞周期、轉錄調控活動相關。互做網絡炎癥炎癥是動物機體對各種致炎因子及局部損傷所產生的防御性反應?；静±碜兓蔷植拷M織的變質、滲出和增生。臨床上,炎癥局部可有紅、腫、熱、痛及功能障礙,并伴有不同程度的全身反應。炎癥是最常見的病理過程,是許多疾病的病理基礎,例如:肺炎、肝炎、腎炎、闌尾炎、結核病、風濕病等都屬于炎癥性疾病。炎癥是機體的防御適應性反應,但會產生有害影響，需辨證分析。炎癥一.生物性因子細菌、病毒、立克次體、支原體、真菌、螺旋體和寄生蟲等為炎癥最常見的原因。二.免疫性因子由各種變態原引起的炎癥.過敏性炎,過敏性皮炎,由抗原抗體復合物反應引起的腎小球腎炎等。三.理化因素

（一)化學因素:強酸堿、某些有毒物質;腐敗飲料等

（二)物理性因素：低溫.高溫.射線(X光.紫外線)四.機械性因子此外,體內某些病理過程，如組織壞死、出血、血栓形成，能組織分解等也可導致炎癥的發生。炎癥的原因EpigeneticReprogramminginMist1-/-MicePredictstheMolecularResponsetoCerulein-InducedPancreatitis對照組：C57/Bl6小鼠實驗組：Mist1-