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文檔簡介

煩惱有何懼怕,既然躲不掉,就調好心態與它共存。心向陽光,何懼風霜。

茫茫人海你我相遇就是緣分,歡迎下載!質粒DNA的小量快速提取22021/4/26

質粒DNA提取是基因克隆中的常規工作,他包括3個基本步驟:培養細菌使質粒擴增,收集和裂解細菌,分離和純化質粒DNA。本實驗以堿裂解法為例,介紹質粒DNA的抽提過程。32021/4/26實驗目的掌握堿裂解法抽提質粒的原理、步驟及各主要試劑的作用。42021/4/26實驗原理堿裂解法是一種應用最為廣泛的制備質粒DNA的方法,堿變性抽提質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH值高達12.6的堿性條件下,染色體DNA的氫鍵斷裂,雙螺旋結構解開而變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂,但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會完全分離,當以pH4.8的NaAc/KAc高鹽緩沖液去調節其pH值至中性時,變性的質粒DNA又恢復原來的構型,保存在溶液中,而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構,通過離心,染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質-SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。堿裂解法基本原理為:當菌體在NaOH和SDS溶液中裂解時,蛋白質與DNA發生變性,當加入中和液后,質粒DNA分子能夠迅速復性,呈溶解狀態,離心時留在上清中;蛋白質與染色體DNA不變性而呈絮狀,離心時可沉淀下來。52021/4/26

細菌質粒是一類雙鏈、閉環的DNA,大小范圍從1kb至200kb以上不等。各種質粒都是存在于細胞質中、獨立于細胞染色體之外的自主復制的遺傳成份,通常情況下可持續穩定地處于染色體外的游離狀態,但在一定條件下也會可逆地整合到寄主染色體上,隨著染色體的復制而復制,并通過細胞分裂傳遞到后代。

質粒已成為目前最常用的基因克隆的載體分子,重要的條件是可獲得大量純化的質粒DNA分子。目前已有許多方法可用于質粒DNA的提取,本實驗采用堿裂解法提取質粒DNA。純化質粒DNA的方法通常是利用了質粒DNA相對較小及共價閉環兩個性質。62021/4/26質粒檢測瓊脂糖電泳進行鑒定質粒DNA時,多數情況下你能看到三條帶,但千萬不要認為你看到的是超螺旋、線性和開環這三條帶。堿法抽提得到質粒樣品中不含線性DNA,不信的話你用EcoRI來線性化質粒后再進行瓊脂糖電泳,就會看到線性質粒DNA的位置與這三條帶的位置不一樣。其實這三條帶以電泳速度的快慢而排序,分別是超螺旋、開環和復制中間體(即沒有復制完全的兩個質粒連在了一起)。如果你不小心在溶液II加入后過度振蕩,會有第四條帶,這條帶泳動得較慢,遠離這三條帶,是20-100kb的大腸桿菌基因組DNA的片斷。非常偶然的是,有時候抽提到的質粒會有7-10條帶,這是由于特殊的DNA序列導致了不同程度的超螺旋(超螺旋的圈數不同)所致。72021/4/26質粒DNA的提取方法1.堿裂解法2.煮沸法1、將1.5ml培養液倒入eppendorf管中,4℃下12000g離心30秒。2、棄上清,將管倒置于衛生紙上幾分鐘,使液體流盡。3、將菌體沉淀懸浮于120mlSTET溶液中,渦旋混勻。4、加入10ml新配制的溶菌酶溶液(10mg/ml),渦旋振蕩3秒鐘。5、將eppendorf管放入沸水浴中,50秒后立即取出。6、用微量離心機4℃下12000g離心10分鐘。7、用無菌牙簽從eppendorf管中去除細菌碎片。8、取20ml進行電泳檢查。82021/4/263.酚氯仿裂解法①從瓊脂平板上挑取轉化菌陽性克隆,接種到標準LB培養液中(含有卡那霉素30μg/mL)搖菌12h;收集1.5mL菌液,8000g/min離心3min,棄上清,沉淀加入200μLTE,充分混勻;加入400μL酚氯仿(1∶1體積)混合液,劇烈振動10s,混勻;12000g/min離心5min,1mL胰島素注射針收集上清,盡量避免吸入蛋白沉淀層;上清經國產0.22μm針式濾器過濾1次;向過濾上清液內加入2倍體積無水乙醇,振蕩10s,12000g/min離心5min;沉淀溶于20μL的RTE溶液中,37℃水浴.②按PstI內切酶說明書進行酶切反應(37℃,1h).酶切產物10μL,10g/L瓊脂糖凝膠電泳.③PCR引物根據參考文獻〔1〕設計,預計擴增產物片斷大小為714bp.④常規制備感受態菌E.coliDH5a,提取質粒DNA常規轉化感受態,涂于含有卡那霉素(30μ/mL)LB培養平板中,37℃培養,15h后觀察篩選克隆情況.92021/4/264.堿變性法5.SDS法6.羥基磷灰石層析法102021/4/261.器材

高壓滅菌器,恒溫搖床,高速離心機,微量可調式移液器,

1.5mL離心管等。2.試劑1、LB液體培養基:稱取蛋白胨(Tryptone)10g,酵母提取物(Yeastextract)5g,NaCl10g,去離子水950mL,待溶質完全溶解后,用NaOH調pH至7.0,加去離子水至總體積1000mL,121℃,1.01×105Pa高壓下蒸氣滅菌20分鐘。2.氨芐西林:100mg/mL

實驗試劑和器材112021/4/269、人的價值,在招收誘惑的一瞬間被決定。2月-232月-23Friday,February3,202310、低頭要有勇氣,抬頭要有低氣。17:02:3117:02:3117:022/3/20235:02:31PM11、人總是珍惜為得到。2月-2317:02:3117:02Feb-2303-Feb-2312、人亂于心,不寬余請。17:02:3117:02:3117:02Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。2月-232月-2317:02:3117:02:31February3,202314、抱最大的希望,作最大的努力。03二月20235:02:31下午17:02:312月-2315、一個人炫耀什么,說明他內心缺少什么。。二月235:02下午2月-2317:02February3,202316、業余生活要有意義,不要越軌。2023/2/317:02:3117:02:3103February202317、一個人即使已登上頂峰,也仍要自強不息。5:02:31下午5:02下午17:02:312月-23

3.溶液Ⅰ:50mmol/L葡萄糖,25mmol/L

Tris-HCl(pH8.0),10mmol/L

EDTA(pH8.0)。配制方法:1M

Tris-HCl(pH8.0)12.5ml,0.5M

EDTA(pH8.0)10ml,葡萄糖4.730g,加ddH2O至500ml。在121℃高壓滅菌15min,貯存于4℃。4.溶液Ⅱ(新鮮配置):0.2MNaOH,1%

SDS。配制方法:2MNaOH1ml,10%SDS1ml,加ddH2O至10ml。使用前臨時配置。5.溶液Ⅲ:醋酸鉀(KAc)緩沖液,pH4.8。配制方法:5MKAc300ml,冰醋酸57.5ml,加ddH2O至500ml。4℃保存備用。132021/4/26

6.酚/氯仿:將酚和氯仿等體積混合,用Tris-HCl平衡至pH7.6,至棕色瓶中4℃。

7.TE緩沖液pH(8.0):10mMTris-HCl(pH8.0),1mMEDTA(pH8.0)。8.RNaseA(10mg/mL)9.70%乙醇,無水乙醇。142021/4/26實驗步驟1.細菌培養將含有pQE30質粒的大腸埃希菌TG1接種到10mL含有氨芐西林(100μg/mL)的LB培養液中,37℃振搖過夜。2.收集菌體取1.5ml菌液轉入離心管中,10000r/min離心1min,棄上清。3.懸浮細菌將細菌沉淀重懸于100μl用冰預冷的溶液I中,劇烈振蕩使細菌沉淀懸浮。注意:細胞懸液必須懸浮均勻,無可見沉淀塊,否則提取DNA的純度和得率會大大降低。(溶液I的作用是分散細胞,并螯合金屬離子使能夠破壞質粒DNA的DNase失活。152021/4/264.堿液裂解加入新配制的溶液Ⅱ200μl,輕緩顛倒離心管6-8次,使管內容物混均,禁止劇烈振蕩。置冰浴中放置2min。(溶液Ⅱ的作用是使細菌細胞壁破裂釋放內容物,核酸和蛋白質在堿性條件下變性。)

5.中和與復性加入150μl用冰預冷的溶液Ⅲ,輕緩顛倒數次,使溶液III在粘稠的菌液裂解物中分散均勻,在冰浴中放置5min。(溶液Ⅲ的作用是使pH恢復中性,質粒DNA復性,而染色體DNA和蛋白質-SDS復合物形成白色沉淀。)6.離心沉淀用臺式高速離心機12000r/min離心5min,將含有質粒DNA的上清轉入另一離心管中。7.酚/氯仿抽提除蛋白加入等體積的酚-氯仿,劇烈振蕩混勻,靜置3min待其分層后,12000r/min離心10min,將上層液轉入另一離心管中。162021/4/268.乙醇沉淀質粒DNA加入2倍體積的無水乙醇,振蕩混勻,靜置5min使質粒DNA形成沉淀。12000r/min離心10min,收集質粒DNA沉淀,棄上清液。9.乙醇洗鹽質粒DNA沉淀里含有一定量的鹽分需出去。加入1ml70%乙醇,輕緩搖動數次,12000r/min離心2min。棄上清液。10.溶解質粒DNA待殘存乙醇揮發干凈后,加30μlTE緩沖液(pH8.0)溶解沉淀,加2μlRnaseA(10mg/L),37℃保溫30min以去除RNA。所得質粒DNA置-20℃保存備用。172021/4/26注意事項1.提取過程應盡量保持低溫。2.沉淀DNA通常使用冰乙醇,在低溫條件下放置時間稍長可使DNA沉淀完全。沉淀DNA也可用異丙醇(一般使用等體積),且沉淀完全,速度快,但常把鹽沉淀下來,所以多數還是用乙醇。182021/4/26思考題1.溶液I,II,III的作用分別是什么?加溶液I,II,III使要注意哪些問題?2.實驗中加入酚-氯仿、無水乙醇、70%乙醇和RNaseA的作用分別是什么?192021/4/269、人的價值,在招收誘惑的一瞬間被決定。2月-232月-23Friday,February3,202310、低頭要有勇氣,抬頭要有低氣。17:02:3117:02:3117:022/3/20235:02:31PM11、人總是珍惜為得到。2月-2317:02:3117:02Feb-2303-Feb-2312、人亂于心,不寬余請。17:02:3117:02:3117:02Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。2月-232月-2317:02:3117:02:31

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