1、3)打開MEGA4,FILECONVERTTOMEGA如何構建系統發育樹Bioinformatics2009-11-0310:45閱讀159評論0字號：大中小(2009-06-1122:44:13)標簽：系統發育樹構建系統發育樹分子生物學發育分析it轉自丁香園構建系統發育樹需要注意的幾個問題相似與同源的區別：只有當序列是從一個祖先進化分歧而來時，它們才是同源的。序列和片段可能會彼此相似，但是有些相似卻不是因為進化關系或者生物學功能相近的緣故，序列組成特異或者含有片段重復也許是最明顯的例子；再就是非特異性序列相似。系統發育樹法：物種間的相似性和差異性可以被用來推斷進化關系。自然界中的分類系統是武

2、斷的，也就是說，沒有一個標準的差異衡量方法來定義種、屬、科或者目。枝長可以用來表示類間的真實進化距離。重要的是理解系統發育分析中的計算能力的限制。任何構樹的實驗目的基本上就是從許多不正確的樹中挑選正確的樹。沒有一種方法能夠保證一棵系統發育樹一定代表了真實進化途徑。然而，有些方法可以檢測系統發育樹檢測的可靠性。第一，如果用不同方法構建樹能得到同樣的結果，這可以很好的證明該樹是可信的；第二，數據可以被重新取樣，來檢測他們統計上的重要性。分子進化研究的基本方法對于進化研究，主要通過構建系統發育過程有助于通過物種間隱含的種系關系揭示進化動力3)打開MEGA4,FILECONVERTTOMEGA的實質。

3、表型的(phenetic)和遺傳的(cladistic)數據有著明顯差異。Sneath和Sokal(1973)將表型性關系定義為根據物體一組表型性狀所獲得的相似性，而遺傳性關系含有祖先的信息，因而可用于研究進化的途徑。這兩種關系可用于系統進化樹(phylogenetictree)或樹狀圖(dendrogram)來表示。表型分枝圖(phenogram)和進化分枝圖(cladogram)兩個術語已用于表示分別根據表型性的和遺傳性的關系所建立的關系樹。進化分枝圖可以顯示事件或類群間的進化時間，而表型分枝圖則不需要時間概念。文獻中，更多地是使用“系統進化樹”一詞來表示進化的途徑，另外還有系統發育樹、物

4、種樹(speciestree)、基因樹等等一些相同或含義略有差異的名稱.系統進化樹分有根(rooted)和無根(unrooted)樹。有根樹反映了樹上物種或基因的時間順序，而無根樹只反映分類單元之間的距離而不涉及誰是誰的祖先問題。用于構建系統進化樹的數據有二種類型：一種是特征數據(characterdata),它提供了基因、個體、群體或物種的信息；二是距離數據(distancedata)或相似性數據(similaritydata),它涉及的則是成對基因、個體、群體或物種的信息。距離數據可由特征數據計算獲得，但反過來則不行。這些數據可以矩陣的形式表達。距離矩陣(distancematrix)是在

5、計算得到的距離數據基礎上獲得的，距離的計算總體上是要依據一定的遺傳模型，并能夠表示出兩個分類單位間的變化量。系統進化樹的構建質量依賴于距離估算的準確性。一1)打開clustalX，載入上述序列，“loadsequences”“outputformatoptions”：“CLASTALFORMAT”;CLASTALSEQUENCESNUMBERS:ON;ALIGNMENTPARAMETERS:“RESETNEWGAPSBEFORALIGNMENT”“MULTIPLEALIGNMENTPARAMETERS”設置相關參數2)“DOCOMPLETEALIGNMENT”FILESAVEAS,掐頭去尾。FORMATESAVEFILEOPENDATACONTAININGPROTAINSEQUENCES?NOPHYLOGENYBOOTSTRAPTESTOFPHYLOGENYNJ設置相關參數。最后看到系統發育樹二這里要介紹的是Bioedit-Mega建樹法，簡單實用，極易上手。1將所測得的序列在NCBI上進行比對，這個就不多講了。2選取序列保存為text格式。3