.生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)報(bào)告班級：：學(xué)號：日期：.

.實(shí)驗(yàn)一核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的使用實(shí)驗(yàn)?zāi)康牧私獬Ｓ玫男蛄袛?shù)據(jù)庫，掌握基本的序列數(shù)據(jù)信息的查詢方法。教學(xué)基本要求了解和熟悉NCBI核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，可以使用BLAST進(jìn)行序列搜索，解讀BLAST搜索結(jié)果，可以利用PHI-BLAST等工具進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)域搜索，解讀蛋白質(zhì)序列信息，可以在蛋白質(zhì)三維數(shù)據(jù)庫中查詢相關(guān)結(jié)構(gòu)信息并進(jìn)行顯示。實(shí)驗(yàn)容提要在序列數(shù)據(jù)庫中查找某條基因序列（BRCA1），通過相關(guān)一系列數(shù)據(jù)庫的搜索、比對與結(jié)果解釋，回答以下問題：1.該基因的基本功能？2.編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？3.該蛋白質(zhì)有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域(NCBICD-search)？4.該蛋白質(zhì)的功能是怎樣的？5.該蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)是什么？如果沒有的話，和它最相似的同源物的結(jié)構(gòu)是什么樣子的？給出示意圖。實(shí)驗(yàn)結(jié)果及結(jié)論1.該基因的基本功能？Thisgeneencodesanuclearphosphoproteinthatplaysaroleinmaintaininggenomicstability,anditalsoactsasatumorsuppressor.Theencodedproteincombineswithothertumorsuppressors,DNAdamage..sensors,andsignaltransducerstoformalargemulti-subunitproteincomplexknownastheBRCA1-associatedgenomesurveillancecomplex(BASC).ThisgeneproductassociateswithRNApolymeraseII,andthroughtheC-terminaldomain,alsointeractswithhistonedeacetylasecomplexes.Thisproteinthusplaysaroleintranscription,DNArepairofdouble-strandedbreaks,andrecombination.Mutationsinthisgeneareresponsibleforapproximately40%ofinheritedbreastcancersandmorethan80%ofinheritedbreastandovariancancers.Alternativesplicingplaysaroleinmodulatingthesubcellularlocalizationandphysiologicalfunctionofthisgene.Manyalternativelysplicedtranscriptvariants,someofwhicharedisease-associatedmutations,havebeendescribedforthisgene,butthefull-lengthnaturesofonlysomeofthesevariantshasbeendescribed.Arelatedpseudogene,whichisalsolocatedonchromosome17,hasbeenidentified.[providedbyRefSeq,May2009]2.編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？[Homosapiens]1mdlsalrveevqnvinamqkilecpiclelikepvstkcdhifckfcmlkllnqkkgpsq61cplcknditkrslqestrfsqlveellkiicafqldtgleyansynfakkennspehlkd121evsiiqsmgyrnrakrllqsepenpslqetslsvqlsnlgtvrtlrtkqriqpqktsvyi181elgsdssedtvnkatycsvgdqellqitpqgtrdeisldsakkaacefsetdvtntehhq241psnndlnttekraaerhpekyqgssvsnlhvepcgtnthasslqhenssllltkdrmnve301kaefcnkskqpglarsqhnrwagsketcndrrtpstekkvdlnadplcerkewnkqklpc361senprdtedvpwitlnssiqkvnewfsrsdellgsddshdgesesnakvadvldvlnevd421eysgssekidllasdphealickservhsksvesniedkifgktyrkkaslpnlshvten481liigafvtepqiiqerpltnklkrkrrptsglhpedfikkadlavqktpeminqgtnqte541qngqvmnitnsghenktkgdsiqneknpnpieslekesafktkaepisssisnmelelni601hnskapkknrlrrksstrhihalelvvsrnlsppnctelqidscssseeikkkkynqmpv661rhsrnlqlmegkepatgakksnkpneqtskrhdsdtfpelkltnapgsftkcsntselke721fvnpslpreekeekletvkvsnnaedpkdlmlsgervlqtersvesssislvpgtdygtq..781esisllevstlgkaktepnkcvsqcaafenpkglihgcskdnrndtegfkyplghevnhs841retsiemeeseldaqylqntfkvskrqsfapfsnpgnaeeecatfsahsgslkkqspkvt901feceqkeenqgknesnikpvqtvnitagfpvvgqkdkpvdnakcsikggsrfclssqfrg961netglitpnkhgllqnpyripplfpiksfvktkckknlleenfeehsmsperemgnenip1021stvstisrnnirenvfkeasssninevgsstnevgssineigssdeniqaelgrnrgpkl1081namlrlgvlqpevykqslpgsnckhpeikkqeyeevvqtvntdfspylisdnleqpmgss1141hasqvcsetpddllddgeikedtsfaendikessavfsksvqkgelsrspspfththlaq1201gyrrgakklesseenlssedeelpcfqhllfgkvnnipsqstrhstvateclsknteenl1261lslknslndcsnqvilakasqehhlseetkcsaslfssqcseledltantntqdpfligs1321skqmrhqsesqgvglsdkelvsddeergtgleennqeeqsmdsnlgeaasgcesetsvse1381dcsglssqsdilttqqrdtmqhnliklqqemaeleavleqhgsqpsnsypsiisdssale1441dlrnpeqstsekavltsqksseypisqnpeglsadkfevsadsstsknkepgversspsk1501cpslddrwymhscsgslqnrnypsqeelikvvdveeqqleesgphdltetsylprqdleg1561tpylesgislfsddpesdpsedrapesarvgnipsstsalkvpqlkvaesaqspaaahtt1621dtagynameesvsrekpeltastervnkrmsmvvsgltpeefmlvykfarkhhitltnli1681teetthvvmktdaefvcertlkyflgiaggkwvvsyfwvtqsikerkmlnehdfevrgdv1741vngrnhqgpkraresqdrkifrgleiccygpftnmptdqlewmvqlcgasvvkelssftl1801gtgvhpivvvqpdawtedngfhaigqmceapvvtrewvldsvalyqcqeldtylipqiph1861shy3.該蛋白質(zhì)有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域(NCBICD-search)？有保守的供能結(jié)構(gòu)域。Mov34/MPN/PAD-1family:BRCC36,asubunitofBRCA1-Acomplex..4.該蛋白質(zhì)的功能是怎樣的？同第一題答案。5.該蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)是什么？如果沒有的話，和它最相似的同源物的結(jié)構(gòu)是什么樣子的？給出示意圖。..實(shí)驗(yàn)二雙序列比對實(shí)驗(yàn)?zāi)康木毩?xí)使用動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法進(jìn)行雙序列比對；理解打分矩陣和參數(shù)對雙序列比對結(jié)果的影響；理解動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法的原理。教學(xué)基本要求動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法是序列比對最基本的算法，可以確保找到最優(yōu)比對。分為全局比對（Needleman-Wunchalgorithm）和局部比對算法（Smith-Watermanalgorithm）。通過本實(shí)驗(yàn)的練習(xí)，更好的理解動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法。實(shí)驗(yàn)容提要對如下的兩條序列進(jìn)行雙序列比對分析：>DrosophilaSex-lethalproteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG>MouseHucRBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL這些蛋白質(zhì)包含一個(gè)RNA識別模體（RNARecognitionMotif，RRM）。該模體..包含兩個(gè)高度保守的兩個(gè)功能區(qū)RNP1和RNP2（已用紅色標(biāo)記）。1.RNP1和RNP2是否得到比對？選擇至少三個(gè)（差別大的）空位罰分和延伸值來進(jìn)行比對，2a.算法是否找到RNP1和RNP2的正確比對？b.當(dāng)空位開啟罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？c.當(dāng)空位延伸罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？d.為什么k個(gè)連續(xù)的空位罰分要小于k個(gè)間隔的空位罰分？使用PAM250矩陣重復(fù)上述過程。3.比對結(jié)果是否發(fā)生變化？繼續(xù)進(jìn)行這兩條序列的局部比對，通過ebi的在線工具完成練習(xí)，網(wǎng)址：（.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/）4a.RNP1和RNP2是否在局部比對中得到比對？b.局部比對的生物學(xué)意義是什么？c.為什么在這種比對中我們選擇局部比對而不是全局比對？采用不同的打分參數(shù)和其它打分矩陣。5.比對結(jié)果發(fā)生了什么變化？實(shí)驗(yàn)結(jié)果及結(jié)論1.RNP1和RNP2是否得到比對？RNP1和RNP2得到了比對。.

.Gapopen10Gapextender0.5Gapopen20Gapextender1Gapopen1Gapextender5..Gapopen100Gapextender5Gapopen1Gapextender0.4Gapopen20Gapextender0.42.a.算法是否找到RNP1和RNP2的正確比對？算法找到了RNP1和RNP2的正確比對。b.當(dāng)空位開啟罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？比對結(jié)果中空位變少。c.當(dāng)空位延伸罰分高時(shí)，結(jié)果發(fā)生什么變化？幾乎沒有變化。..d.為什么k個(gè)連續(xù)的空位罰分要小于k個(gè)間隔的空位罰分？因?yàn)殚g隔的空位每個(gè)都是一次改變，連續(xù)的空位只是一次改變。3.比對結(jié)果是否發(fā)生變化？繼續(xù)進(jìn)行這兩條序列的局部比對，通過ebi的在線工具完成練習(xí)，網(wǎng)址：（.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/）比對結(jié)果沒有發(fā)生變化。Gapopen10Gapextender0.5Gapopen100Gapextender0.5Gapopen1Gapextender0.5..Gapopen1Gapextender0.0005Gapopen1Gapextender10..4．a(chǎn).RNP1和RNP2是否在局部比對中得到比對？RNP1和RNP2在局部比對中得到了比對。b.局部比對的生物學(xué)意義是什么？更有可能得到序列保守域的比對。c.為什么在這種比對中我們選擇局部比對而不是全局比對？盡可能的減少誤差。........5.比對結(jié)果發(fā)生了什么變化？打分矩陣不同，得分不同，blosum數(shù)值越小，結(jié)果相似度越高，pam矩陣則相反。..實(shí)驗(yàn)三序列的點(diǎn)陣分析實(shí)驗(yàn)?zāi)康狞c(diǎn)陣分析是雙序列分析最直觀的工具，通過本實(shí)驗(yàn)了解點(diǎn)陣分析的原理和方法。教學(xué)基本要求了解和熟悉點(diǎn)陣分析的原理和參數(shù)對分析結(jié)果的影響，可以對結(jié)果進(jìn)行解讀和解釋。實(shí)驗(yàn)容提要本實(shí)驗(yàn)在如下網(wǎng)址完成：myhits.isb‐sib.ch/cgi‐bin/dotlet首先學(xué)習(xí)根據(jù)dotlet的在線教程，快速學(xué)習(xí)其基本使用方法和參數(shù)設(shè)置。然后進(jìn)行如下的序列分析?；卮饐栴}：點(diǎn)陣分析的基本原理是什么？1.重復(fù)序列通過點(diǎn)陣分析可以很容易的發(fā)現(xiàn)序列中的重復(fù)，果蠅的一個(gè)蛋白質(zhì)（索引號碼：P24014）中具有幾個(gè)重復(fù)片段，請通過dotlet分析，找到這些序列重復(fù)的片段。SLIT_DROME(P24014):MAAPSRTTLMPPPFRLQLRLLILPILLLLRHDAVHAEPYSGGFGSSAVSSGGLGSVGIHIPGGGVGVITEARCPRVCSCTGLNVDCSHRGLTSVPRKISADVERLELQGNNLTVIYETDFQRLTKLRMLQLTDNQIHTIERNSFQDLVSLERLDISNNVITTVGRRVFKGAQSLRSLQLDNNQITCLDEHAFKGLVELEILTLNNNNLTSLPHNIFGGLGRLRALRLSDNPFACDCHLSW.

.LSRFLRSATRLAPYTRCQSPSQLKGQNVADLHDQEFKCSGLTEHAPMECGAENSCPHPCRCADGIVDCREKSLTSVPVTLPDDTTDVRLEQNFITELPPKSFSSFRRLRRIDLSNNNISRIAHDALSGLKQLTTLVLYGNKIKDLPSGVFKGLGSLRLLLLNANEISCIRKDAFRDLHSLSLLSLYDNNIQSLANGTFDAMKSMKTVHLAKNPFICDCNLRWLADYLHKNPIETSGARCESPKRMHRRRIESLREEKFKCSWGELRMKLSGECRMDSDCPAMCHCEGTTVDCTGRRLKEIPRDIPLHTTELLLNDNELGRISSDGLFGRLPHLVKLELKRNQLTGIEPNAFEGASHIQELQLGENKIKEISNKMFLGLHQLKTLNLYDNQISCVMPGSFEHLNSLTSLNLASNPFNCNCHLAWFAECVRKKSLNGGAARCGAPSKVRDVQIKDLPHSEFKCSSENSEGCLGDGYCPPSCTCTGTVVACSRNQLKEIPRGIPAETSELYLESNEIEQIHYERIRHLRSLTRLDLSNNQITILSNYTFANLTKLSTLIISYNKLQCLQRHALSGLNNLRVVSLHGNRISMLPEGSFEDLKSLTHIALGSNPLYCDCGLKWFSDWIKLDYVEPGIARCAEPEQMKDKLILSTPSSSFVCRGRVRNDILAKCNACFEQPCQNQAQCVALPQREYQCLCQPGYHGKHCEFMIDACYGNPCRNNATCTVLEEGRFSCQCAPGYTGARCETNIDDCLGEIKCQNNATCIDGVESYKCECQPGFSGEFCDTKIQFCSPEFNPCANGAKCMDHFTHYSCDCQAGFHGTNCTDNIDDCQNHMCQNGGTCVDGINDYQCRCPDDYTGKYCEGHNMISMMYPQTSPCQNHECKHGVCFQPNAQGSDYLCRCHPGYTGKWCEYLTSISFVHNNSFVELEPLRTRPEANVTIVFSSAEQNGILMYDGQDAHLAVELFNGRIRVSYDVGNHPVSTMYSFEMVADGKYHAVELLAIKKNFTLRVDRGLARSIINEGSNDYLKLTTPMFLGGLPVDPAQQAYKNWQIRNLTSFKGCMKEVWINHKLVDFGNAQRQQKITPGCALLEGEQQEEEDDEQDFMDETPHIKEEPVDPCLENKCRRGSRCVPNSNARDGYQCKCKHGQRGRYCDQGEGSTEPPTVTAASTCRKEQVREYYTENDCRSRQPLKYAKCVGGCGNQCCAAKIVRRRKVRMVCSNNRKYIKNLDIVRKCGCTKKCY從uniprot或者genbank數(shù)據(jù)庫中的注釋信息進(jìn)行進(jìn)一步確認(rèn)你所發(fā)現(xiàn)的結(jié)果。2.低復(fù)雜度區(qū)域惡性瘧原蟲抗原蛋白前體（索引：P69192）具有一段低復(fù)雜度區(qū)域的序列，通過點(diǎn)陣分析找到這個(gè)特點(diǎn)。SERA_PLAFG(P69192):MKSYISLFFILCVIFNKNVIKCTGESQTGNTGGGQAGNTVGDQAGSTGGSPQGSTGASQPGSSEPSNPVSSGHSVSTVSVSQTSTSSEKQDTIQVKSALLKDYMGLKVTGPCNENFIMFLVPHIYIDVDTEDTNIELRTTLKETNNAISFESNSGSLEKKKYVKLPSNGTTGEQGSSTGTVRGDTEPISDSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSESLPANGPDSPTVKPPRNLQNICETGKNFKLVVYIKENTLIIKWKVYGETKDTTENNKVDVRKYLINEKETPFTSILIHAYKEHNGTNLIESKNYALGSDIPEKCDTLASNCFLSGNFNIEKCFQCALLVEKENKNDVCYKYLSEDIVSNFKEIKAETEDDDEDDYTEYKLTESIDNILVKMFKTNENNDKSELIKLEEVDDSLKLELMNYCSLLKDVDTTGTLDNYGMGNEMDIFNNLKRLLIYHSEENINTLKNKFRNAAVCLKNVDDWIVNKRGLVLPELNYDLEYFNEHLYNDKNSPEDKDNKGKGVVHVDTTLEKEDTLSYDNSDNMFCNKEYCNRLKDENNCISNLQVEDQGNCDTSWIFASKYHLETIRCMKGYEPTKISALYVANCYKGEHKDRCDEGSSPMEFLQIIEDYGFLPAESNYPYNYVKVGEQCPKVEDHWMNLWDNGKILHNKNEPNSLDGKGYTAYESERFHDNMDAFVKIIKTEVMNKGSVIAYIKAENVMGYEFSGKKVQNLCGDDTADHAVNIVGYGNYVNSEGEKKSYWIVRNSWGPYWGDEGYFKVDMYGPTHCHFNFIHSVVIFNVDLPMNNKTTKKESKIYDYYLKASPEFYHNLYFKNFNVGKKNLFSEKEDNENNKKLGNNYIIFGQDTAGSGQSGKESNTALESAGTSNEVSERVHVYHILKHIKDGKIRMGMRKYIDTQDVNKKHSCTRSYAFNPENYEKCVNLCNVNWKTCEEKTSPGLCLSKLDTNNECYFCYV實(shí)驗(yàn)結(jié)果及結(jié)論1.重復(fù)序列.

.通過點(diǎn)陣分析可以很容易的發(fā)現(xiàn)序列中的重復(fù)，果蠅的一個(gè)蛋白質(zhì)（索引號碼：P24014）中具有幾個(gè)重復(fù)片段，請通過dotlet分析，找到這些序列重復(fù)的片段。....2.低復(fù)雜度區(qū)域惡性瘧原蟲抗原蛋白前體（索引：P69192）具有一段低復(fù)雜度區(qū)域的序列，通過點(diǎn)陣分析找到這個(gè)特點(diǎn)。....實(shí)驗(yàn)四多序列比對實(shí)驗(yàn)?zāi)康脑谛蛄蟹治鲋?，多序列比對具有廣泛的應(yīng)用，是許多其他分析的基礎(chǔ)和前提，比如進(jìn)化發(fā)生分析、構(gòu)建位置特異性打分矩陣、找到一致序列等，本實(shí)驗(yàn)的目的是熟悉多序列比對相關(guān)的操作和編輯方法。教學(xué)基本要求了解和熟悉多序列比對的原理和基本方法。實(shí)驗(yàn)容提要1.使用CLUSTALW算法，比對一組蛋白質(zhì)序列，該序列屬于RAD51‐RECA，在DNA的復(fù)制階段起重要作用，這些序列可以從NCBIgenbank、Uniprot等序列服務(wù)器獲取，序列的索引為：P25454，P25453，P0A7G6，P48295。將這些.

.序列保存在一個(gè)文本文件。如果查詢到的序列不止一個(gè)的話，選擇第一個(gè)。>P25454.1Full=DNArepairproteinRAD51MSQVQEQHISESQLQYGNGSLMSTVPADLSQSVVDGNGNGSSEDIEATNGSGDGGGLQEQAEAQGEMEDEAYDEAALGSFVPIEKLQVNGITMADVKKLRESGLHTAEAVAYAPRKDLLEIKGISEAKADKLLNEAARLVPMGFVTAADFHMRRSELICLTTGSKNLDTLLGGGVETGSITELFGEFRTGKSQLCHTLAVTCQIPLDIGGGEGKCLYIDTEGTFRPVRLVSIAQRFGLDPDDALNNVAYARAYNADHQLRLLDAAAQMMSESRFSLIVVDSVMALYRTDFSGRGELSARQMHLAKFMRALQRLADQFGVAVVVTNQVVAQVDGGMAFNPDPKKPIGGNIMAHSSTTRLGFKKGKGCQRLCKVVDSPCLPEAECVFAIYEDGVGDPREEDE>P25453.1Full=MeioticrecombinationproteinDMC1MSVTGTEIDSDTAKNILSVDELQNYGINASDLQKLKSGGIYTVNTVLSTTRRHLCKIKGLSEVKVEKIKEAAGKIIQVGFIPATVQLDIRQRVYSLSTGSKQLDSILGGGIMTMSITEVFGEFRCGKTQMSHTLCVTTQLPREMGGGEGKVAYIDTEGTFRPERIKQIAEGYELDPESCLANVSYARALNSEHQMELVEQLGEELSSGDYRLIVVDSIMANFRVDYCGRGELSERQQKLNQHLFKLNRLAEEFNVAVFLTNQVQSDPGASALFASADGRKPIGGHVLAHASATRILLRKGRGDERVAKLQDSPDMPEKECVYVIGEKGITDSSD>P0A7G6.2Full=ProteinRecA;AltName:Full=RecombinaseAMAIDENKQKALAAALGQIEKQFGKGSIMRLGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNSTPDFSVDDSEGVAETNEDF>P48295.2Full=ProteinRecA;AltName:Full=RecombinaseAMAGTDREKALDAALAQIERQFGKGAVMRMGDRTQEPIEVISTGSTALDIALGVGGLPRGRVVEIYGPESSGKTTLTLHAVANAQKAGGQVAFVDAEHALDPEYAKKLGVDIDNLILSQPDNGEQALEIVDMLVRSGALDLIVIDSVAALVPRAEIEGEMGDSHVGLQARLMSQALRKITSALNQSKTTAIFINQLREKIGVMFGSPETTTGGRALKFYASVRLDIRRIETLKDGTDAVGNRTRVKVVKNKVAPPFKQAEFDILYGQGISREGGLIDMGVEHGFVRKAGAWYTYEGDQLGQGKENARNFLKDNPDLADEIERKIKEKLGVGVRPDAAKAEAATDAAAAADTAGTDDAAKSVPAPASKTAKATKATAVKSa.練習(xí)使用EBICLUSTALW（.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）；b.將序列數(shù)據(jù)拷貝復(fù)制到窗口中；c.采用默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行比對；回答：clustalw算法的基本原理？2.在BAliBASE查找一組蛋白質(zhì)：1csy。這些蛋白質(zhì)的一致性為20‐40%，屬于BAliBASE參考序列1。正確的比對結(jié)果網(wǎng)址如下：bips.u‐strasbg.fr/en/Products/Databases/BAliBASE/ref1/test1/1csy_ref1.html.

.主要的比對信息截圖如下所示：注意：這里的比對是基于結(jié)構(gòu)信息的，所以是正確的。是序列的部分比對，為什么？這五條序列的名稱和索引如下：SequenceNameSWISSPROTAccession1csyP434051griP293541ayaP352352pnaP237271bfiP27986從序列數(shù)據(jù)庫獲取這五條序列的fasta格式，放在一個(gè)文本文件中，選擇ebi上（.ebi.ac.uk/Tools/msa/）的至少四個(gè)多序列比對工具（如MAFFT、MUSCLE、CLUSTALW、ClustalOmega、T‐Coffee、DbClustal）進(jìn)行分析，將結(jié)果保存（DownloadAlignmentFile）。擴(kuò)展名為.fasta?，F(xiàn)在用一個(gè)多序列比對軟件，比如bioedit、seaview或者jalview（下載安裝windows版本的比較快速）導(dǎo)入剛才保存的多序列比對結(jié)果文件（擴(kuò)展名為.fasta的）。比較各個(gè)算法的比對結(jié)果（BAliBASE數(shù)據(jù)只是這些多序列比對的一部分，而我們得到的是這幾條序列全長上的比對），所以需要將不相關(guān)的列刪除掉或者用其它符號替代，或者也可以不作處理，找到相關(guān)部分就可以了。比較多序列比對的結(jié)果，B與AliBASE上的相比，那個(gè)的結(jié)果更好些？你是如何評價(jià)結(jié)果的？.

.3.序列徽標(biāo)序列徽標(biāo)（sequencelogo）是一個(gè)常用的直觀的多序列比對的圖示工具，對如下的一些序列，創(chuàng)建其序列徽標(biāo)。網(wǎng)址：/。將結(jié)果保存，簡單的解釋一下。sequencelogo圖中包含的意義有什么？實(shí)驗(yàn)結(jié)果及結(jié)論1.clustalw算法的基本原理？Inordertoalignjusttwosequences,itisstandardpracticetousedynamicprogramming(2).Thisguaranteesamathematicallyoptimalalignment,givenatableofscoresformatchesandmismatchesbetweenallaminoacidsornucleotides(e.g.thePAM250matrix(3)orBLOSUM62matrix(4))andpenaltiesforinsertionsordeletionsofdifferentlengths.Attemptsatgeneralisingdynamicprogrammingtomultiplealignmentsarelimitedtosmallnumbersofshortsequences(5).Formuchmorethaneightorsoproteinsofaveragelength,theproblemisuncomputablegivencurrentcomputerpower.Therefore,allofthemethodscapableofhandlinglargerproblemsinpracticaltimescales,makeuseofheuristics.Currently,themostwidelyusedapproachistoexploitthefactthathomologoussequencesareevolutionarilyrelated.Onecanbuildupamultiplealignmentprogressivelybyaseriesofpairwisealignments,followingthebranchingorderinaphylogenetictree(1).Onefirstalignsthemostcloselyrelatedsequences,graduallyaddinginthemoredistantones.Thisapproachissufficientlyfasttoallowalignmentsofvirtually..anysize.Further,insimplecases,thequalityofthealignmentsisexcellent,asjudgedbytheabilitytocorrectlyaligncorrespondingdomainsfromsequencesofknownsecondaryortertiarystructure(6).Inmoredifficultcases,thealignmentsgivegoodstartingpointsforfurtherautomaticormanualrefinement.2.注意：這里的比對是基于結(jié)構(gòu)信息的，所以是正確的。是序列的部分比對，為什么？比較多序列比對的結(jié)果，與BAliBASE上的相比，那個(gè)的結(jié)果更好些？你是如何評價(jià)結(jié)果的？①是為了方便找到保守域②clustalo更好。因?yàn)樗鼘ΡＪ赜虻谋葘εcBAliBASE最為接近，效果最好。因?yàn)閎alibase的原理是：Alignmentscomparedonlyinreliable‘coreblocks’,excludingnon-superposableregions(非重合區(qū))ClustalOmega的結(jié)果更好些。MAFFT的比對相對來說最差，MUSCLE、CLUSTALW的結(jié)果差不多；因?yàn)镃lustalOmega幾乎把balibase上比對給出的保守區(qū)域都比對出來了，MUSCLE、CLUSTALW都有兩個(gè)沒比對出來，MAFFT有三個(gè)沒比對出來。3.sequencelogo圖中包含的意義有什么？sequencelogos方法利用每個(gè)位置的高度來表示其保守程度，這樣就可以通過特征高度直觀的反映了相對的變化頻率。豎向高度越高，表示保守程度越大。..實(shí)驗(yàn)五序列數(shù)據(jù)庫的搜索比對實(shí)驗(yàn)?zāi)康耐ㄟ^該實(shí)驗(yàn)理解BLAST和PSI-BLAST的基本原理。教學(xué)基本要求可通過BLAST和PSI-BLAST進(jìn)行數(shù)據(jù)庫的搜索比對，對結(jié)果進(jìn)行恰當(dāng)?shù)慕忉??？衫肂LAST進(jìn)行相關(guān)序列的檢索，利用PSI-BLAST進(jìn)行遠(yuǎn)相關(guān)序列的檢索。理解兩個(gè)工具的原理。實(shí)驗(yàn)容提要本實(shí)驗(yàn)中，查詢下面這條序列在細(xì)菌（bacterial）中的同源序列。>gi|76828014|gb|BC107078.1|HomosapiensGprotein-coupledreceptor,familyC,group5,memberD,mRNA(cDNAcloneMGC:129714IMAGE:40027066),completecdsATGTACAAGGACTGCATCGAGTCCACTGGAGACTATTTTCTTCTCTGTGACGCCGAGGGGCCATGGGGCATCATTCTGGAGTCCCTGGCCATACTTGGCATCGTGGTCACAATTCTGCTACTCTTAGCATTTCTCTTCCTCATGCGAAAGATCCAAGACTGCAGCCAGTGGAATGTCCTCCCCACCCAGCTCCTCTTCCTCCTGAGTGTCCTGGGGCTCTTCGGACTCGCTTTTGCCTTCATCATCGAGCTCAATCAACAAACTGCCCCCGTACGCTACTTTCTCTTTGGGGTTCTCTTTGCTCTCTGTTTCTCATGCCTCTTAGCTCATGCCTCCAATCTAGTGAAGCT.

.GGTTCGGGGTTGTGTCTCCTTCTCCTGGACGACAATTCTGTGCATTGCTATTGGTTGCAGTCTGTTGCAAATCATTATTGCCACTGAGTATGTGACTCTCATCATGACCAGAGGTATGATGTTTGTGAATATGACACCCTGCCAGCTCAATGTGGACTTTGTTGTACTCCTGGTCTATGTCCTCTTCCTGATGGCCCTCACATTCTTCGTCTCCAAAGCCACCTTCTGTGGCCCGTGTGAGAACTGGAAGCAGCATGGAAGGCTCATCTTTATCACTGTGCTCTTCTCCATCATCATCTGGGTGGTGTGGATCTCCATGCTCCTGAGAGGCAACCCGCAGTTCCAGCGACAGCCCCAGTGGGACGACCCGGTCGTCTGCATTGCTCTGGTCACCAACGCATGGGTTTTCCTGCTGCTGTACATCGTCCCTGAGCTCTGCATTCTCTACAGATCGTGTAGACAGGAGTGCCCTTTACAAGGCAATGCCTGCCCCGTCACAGCCTACCAACACAGCTTCCAAGTGGAGAACCAGGAGCTCTCCAGAGCCCGAGACAGTGATGGAGCTGAGGAGGATGTAGCATTAACTTCATATGGTACTCCCATTCAGCCGCAGACTGTTGATCCCACACAAGAGTGTTTCATCCCACAGGCTAAACTAAGCCCCCAGCAAGATGCAGGAGGAGTATAA1a.在NCBI中采用blastn程序，搜索上述序列，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？1b.為了擴(kuò)大搜索，可以對參數(shù)進(jìn)行調(diào)整，將BLASTN的wordsize換為7，其它同上次，得到幾個(gè)命中？E值小于0.1的有幾條？1c.選擇BLASTX，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？1d.在BLASTX中，將wordsize調(diào)整為2，選擇BLOSUM45打分矩陣，GapExistence10，GapExtension3，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？2.如下序列是剛才所檢索的核酸序列對應(yīng)的蛋白質(zhì)序列：>gi|76828015|gb|AAI07079.1|Gprotein-coupledreceptor,familyC,group5,memberD[Homosapiens].

.MYKDCIESTGDYFLLCDAEGPWGIILESLAILGIVVTILLLLAFLFLMRKIQDCSQWNVLPTQLLFLLSVLGLFGLAFAFIIELNQQTAPVRYFLFGVLFALCFSCLLAHASNLVKLVRGCVSFSWTTILCIAIGCSLLQIIIATEYVTLIMTRGMMFVNMTPCQLNVDFVVLLVYVLFLMALTFFVSKATFCGPCENWKQHGRLIFITVLFSIIIWVVWISMLLRGNPQFQRQPQWDDPVVCIALVTNAWVFLLLYIVPELCILYRSCRQECPLQGNACPVTAYQHSFQVENQELSRARDSDGAEEDVALTSYGTPIQPQTVDPTQECFIPQAKLSPQQDAGGV2a.利用著條序列進(jìn)行PSI‐BLAST檢索，第一輪PSI‐BLAST的參數(shù)與上述最后一次的BLASTX參數(shù)一致，即wordsize調(diào)整為2，選擇BLOSUM45打分矩陣，GapExistence10，GapExtension3，將物種限制在“Bacteria”，得到幾個(gè)匹配？E值小于0.1的有幾條？2b.選擇E值小于2的序列進(jìn)行下一步的PSI‐BLAST迭代。得到幾個(gè)匹配？E值小于0.1的有幾條？2c.大多數(shù)你所發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)都具有相同的功能，是什么功能？如何進(jìn)一步確定你的查詢序列與結(jié)果中的序列相關(guān)？實(shí)驗(yàn)結(jié)果及結(jié)論1.a.在NCBI中采用blastn程序，搜索上述序列，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？有5個(gè)結(jié)果命中，E值小于0.1的有0條。b.為了擴(kuò)大搜索，可以對參數(shù)進(jìn)行調(diào)整，將BLASTN的wordsize換為7，其它同上次，得到幾個(gè)命中？E值小于0.1的有幾條？有10個(gè)結(jié)果命中，E值小于0.1的有1條。c.選擇BLASTX，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？得到6個(gè)結(jié)果命中，E值都小于0.1。d.在BLASTX中，將wordsize調(diào)整為2，選擇BLOSUM45打分矩陣，GapExistence10，GapExtension3，將物種限制在“Bacteria”，其它參數(shù)默認(rèn)，.

.得到幾個(gè)結(jié)果命中？E值小于0.1的有幾條？得到5個(gè)結(jié)果命中，E值都小于0.1。2.a.利用著條序列進(jìn)行PSI‐BLAST檢索，第一輪PSI‐BLAST的參數(shù)與上述最后一次的BLASTX參數(shù)一致，即wordsize調(diào)整為2，選擇BLOSUM45打分矩陣，GapExistence10，GapExtension3，將物種限制在“Bacteria”，得到幾個(gè)匹配？E值小于0.1的有幾條？得到11個(gè)匹配，E值小于0.1的有11條，即均小于0.1。b.選擇E值小于2的序列進(jìn)行下一步的PSI‐BLAST迭代。得到幾個(gè)匹配？E值小于0.1的有幾條？實(shí)驗(yàn)六HIV病毒的進(jìn)化分析實(shí)驗(yàn)?zāi)康牧私夂蛯W(xué)習(xí)系統(tǒng)發(fā)生分析的步驟和基本方法。教學(xué)基本要求從NCBI網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫獲取相關(guān)的HIV、SIV病毒序列，提取相關(guān)的特征片段，進(jìn)行進(jìn)化樹構(gòu)建，對進(jìn)化樹進(jìn)行解析。實(shí)驗(yàn)容提要本實(shí)驗(yàn)選擇來自于人類和猴的16條HIV和SIV病毒進(jìn)行分析，物種名稱和序列索引如下。1.'HIV-1(Zaire)''K03454'；..2.'HIV1-NDK(Zaire)''M27323'；3.'HIV-2(Senegal)''M15390'；4.'HIV2-MCN13''AY509259'；5.'HIV-2UC1(IvoryCoast)''L07625'；6.'SIVMM251Macaque''M19499'；7.'SIVAGM677AGreenmonkey''M58410'；8.'SIVlhoestL''Hoestmonkeys''AF075269'；9.'SIVcpzChimpanzeesCameroon''AF115393'；10.'SIVmnd5440Mandrillussphinx''AY159322'；11.'SIVAGM3Greenmonkeys''M30931'；12.'SIVMM239Simianmacaque''M33262'；13.'CIVcpzUSChimpanzee''AF103818'；14.'SIVmonCercopithecusMonkeys''A