演示文稿常用功能使用教程現在是1頁\一共有105頁\編輯于星期一常用功能使用教程現在是2頁\一共有105頁\編輯于星期一Chem3D起始界面現在是3頁\一共有105頁\編輯于星期一主界面Chem3D起始界面現在是4頁\一共有105頁\編輯于星期一工具欄模型窗口模型類型三維視圖ChemDraw切換圖標工具欄模型數據窗口擴大（縮小）窗口消息窗口狀態欄現在是5頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇軌跡球單鍵雙鍵三鍵虛鍵文本橡皮大小調整現在是6頁\一共有105頁\編輯于星期一顯示設置現在是7頁\一共有105頁\編輯于星期一視頻設置模型顯示設置立體顯示彈出信息配體顯示結構顯示原子標記原子顯示色彩選項現在是8頁\一共有105頁\編輯于星期一顯示設置屬性ModelType線狀模型棒狀模型球棍模型圓柱鍵模型比例模型現在是9頁\一共有105頁\編輯于星期一帶狀模型現在是10頁\一共有105頁\編輯于星期一

結構不同顯示方式View/Setting/ModelDispaly菜單或F6鍵：五種WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

現在是11頁\一共有105頁\編輯于星期一帶狀模型常用于生物分子現在是12頁\一共有105頁\編輯于星期一代表用紅藍兩種色彩的立體顯示代表用深色顯示模型，就是對于模型的部分按觀察者的角度不同著色代表顯示兩個立體結構完全相同的模型代表模擬現實的角度觀察模型，使模型更接近真實代表顯示模型的時候將后面的部分以陰影形式表示，這樣模型的立體感更強。現在是13頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是14頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇【單鍵】工具，在模型窗口向右按動圓柱鍵模型1.利用鍵工具建立模型建立3D模型現在是15頁\一共有105頁\編輯于星期一線狀模型現在是16頁\一共有105頁\編輯于星期一棒狀模型現在是17頁\一共有105頁\編輯于星期一球棍模型現在是18頁\一共有105頁\編輯于星期一比例模型現在是19頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇【軌跡球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y軸旋轉X、Y軸旋轉指示現在是20頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇【軌跡球】工具并按“Alt”鍵，使分子模型在模型窗口沿Z軸旋轉Z軸旋轉指示現在是21頁\一共有105頁\編輯于星期一模型結構信息光標位于原子上，自動顯示原子信息現在是22頁\一共有105頁\編輯于星期一工具欄顯示原子的符號和標號現在是23頁\一共有105頁\編輯于星期一光標位于鍵上，自動顯示鍵信息模型結構信息現在是24頁\一共有105頁\編輯于星期一模型的進一步信息顯示鍵長變化顯示鍵角變化顯示二面角顯示所有沒有相鄰的原子的距離現在是25頁\一共有105頁\編輯于星期一模型的鍵長數據現在是26頁\一共有105頁\編輯于星期一模型的鍵長和鍵角數據現在是27頁\一共有105頁\編輯于星期一乙烯模型中的雙鍵信息現在是28頁\一共有105頁\編輯于星期一鍵級改動現在是29頁\一共有105頁\編輯于星期一顯示氫及孤對電子現在是30頁\一共有105頁\編輯于星期一不顯示氫及孤對電子的環己烷原子名稱及序數現在是31頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇工具，雙擊原子，按順序改變原子序號現在是32頁\一共有105頁\編輯于星期一隱藏或顯示其它原子居中移動到色彩調節顯示元素符號顯示元素編號顯示實心球顯示點陣表面調整鍵長破壞鍵調整鍵級就近結合添加質心顛倒調整矩陣隱藏所選部分隱藏非選部分顯示所有原子顯示鄰近原子顯示背面定義基團現在是33頁\一共有105頁\編輯于星期一利用【鍵】工具建立的結構，鍵角及鍵長可能不正常，應【整理結構】現在是34頁\一共有105頁\編輯于星期一環己烷的椅式構象現在是35頁\一共有105頁\編輯于星期一使用【文本】工具輸入結構式2.利用文本工具建立模型現在是36頁\一共有105頁\編輯于星期一按【Enter】自動轉化為模型現在是37頁\一共有105頁\編輯于星期一括號表示支鏈現在是38頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是39頁\一共有105頁\編輯于星期一整理結構現在是40頁\一共有105頁\編輯于星期一簡單優化觀察分子變化現在是41頁\一共有105頁\編輯于星期一4-甲基-2-戊醇模型現在是42頁\一共有105頁\編輯于星期一建立1，2-雙甲基環戊烷模型現在是43頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是44頁\一共有105頁\編輯于星期一整理結構現在是45頁\一共有105頁\編輯于星期一建立Ibuprofen(布洛芬)模型現在是46頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是47頁\一共有105頁\編輯于星期一建立十肽菌素模型現在是48頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是49頁\一共有105頁\編輯于星期一建立十二丙氨酸醇分子模型現在是50頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是51頁\一共有105頁\編輯于星期一改變顯示方式模型類型窗口：現在是52頁\一共有105頁\編輯于星期一設為線狀模型現在是53頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是54頁\一共有105頁\編輯于星期一設為帶狀模型現在是55頁\一共有105頁\編輯于星期一a-螺旋模型現在是56頁\一共有105頁\編輯于星期一使用子結構建立模型3.利用子結構建立模型現在是57頁\一共有105頁\編輯于星期一子結構模型庫現在是58頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇所需的子結構，然后復制現在是59頁\一共有105頁\編輯于星期一粘貼復制結果現在是60頁\一共有105頁\編輯于星期一在子結構上進行編輯現在是61頁\一共有105頁\編輯于星期一4.使用模板建立模型現在是62頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是63頁\一共有105頁\編輯于星期一ChemDraw中畫出的分子結構復制粘貼到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息轉換現在是64頁\一共有105頁\編輯于星期一Chem3D中畫出的分子模型復制粘貼到ChemDraw中現在是65頁\一共有105頁\編輯于星期一（1）查找原子的范德瓦爾斯半徑

【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各種元素在不同環境的半徑計算功能演示現在是66頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是67頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是68頁\一共有105頁\編輯于星期一（2）觀察分子的大小建立苯模型。執行【View】【ConnollyMolecular】彈出Suface對話框；【solid】選項可以選擇分子表面的類型；【Resolution】滑動到右邊，其值為100現在是69頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是70頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是71頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是72頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是73頁\一共有105頁\編輯于星期一View/SolventAccessible菜單甲苯結構現在是74頁\一共有105頁\編輯于星期一（3）計算分子體積建立苯模型。執行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】選框中雙擊【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】選項，使之加入到【SelectedProperties】框中。單擊ok，現在是75頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是76頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是77頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是78頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是79頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是80頁\一共有105頁\編輯于星期一(4)檢查結構能量現在是81頁\一共有105頁\編輯于星期一模型旋轉對位交叉現在是82頁\一共有105頁\編輯于星期一總能量計算現在是83頁\一共有105頁\編輯于星期一空間位阻能：0.977kcal/mol計算結果現在是84頁\一共有105頁\編輯于星期一模型的二面角數據現在是85頁\一共有105頁\編輯于星期一數據與模型對應現在是86頁\一共有105頁\編輯于星期一顯示原子符號及序號現在是87頁\一共有105頁\編輯于星期一按動旋轉數據相應改變現在是88頁\一共有105頁\編輯于星期一(5)分子軌道(HOMO及LUMO)首先用雙鍵畫出乙烯分子現在是89頁\一共有105頁\編輯于星期一顯示軌道時必須選擇現在是90頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇分子軌道現在是91頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇HOMO軌道HOMO軌道顯示軌道選項HOMO和LUMO各6個能量隨所選軌道不同而不同實心顯示（絲網顯示圓點顯示半透明顯示）現在是92頁\一共有105頁\編輯于星期一乙烯分子的HOMO軌道現在是93頁\一共有105頁\編輯于星期一選擇LUMO軌道LUMO軌道顯示現在是94頁\一共有105頁\編輯于星期一乙烯分子的LUMO軌道現在是95頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是96頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是97頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是98頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是99頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是100頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是101頁\一共有105頁\編輯于星期一現在是102頁\一共有105頁\編輯于星期一其他計算從頭算程序：GamessGaussian

需另外安裝這兩個程序。半經驗或分子力學計算

MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)計算方式：計算性質，最小能，過渡態優化，光譜分析現在是103頁\一共有105頁\編輯于星期一模型的輸入和輸出：以NaCl晶體為例：【File】【Template】選擇【NaClCrystal.C3T】選擇