RNA二級結構的分析RNA是一條單鏈，X射線衍射已經證明，RNA的許多區域自身發生回折使許多配對的堿基相遇想形成莖環結構，不能配對的則形成突環結構，約40%-70%的核苷酸形成上述結構。所以RNA是含短的不完全的螺旋區多核苷酸鏈。July10,2015RNA二級結構的應用判斷生物系統發育關系1幫助設計siRNA2用于mRNA的表達研究3常見的一些RNA二級結構預測軟件RNA分析類

RNAdraw1.1b2 RNAdraw1.1b2RNA二級結構分析軟件。RNAstructure5.6 Unix平臺軟件mfold的java版本。RnaViz2.0 界面友好的RNA二級結構圖繪制程序?？缮砂l表質量的二級結構圖，可顯示一些特殊結構。loopDloop2.07b Java語言寫成的繪制RNA二級結構的軟件，需要安裝JAVA虛擬機。Circles0.1.1 使用比較的方法分析RNA二級結構軟件，并以標準格式輸出預測的二級結構。SStructView1.2 用JAVA腳本語言寫成的RNA二級結構顯示軟件。ViennaRNAPackage2.1.6 維也納大學RNA二級結構預測與比較軟件包。XRNA1.2.0b 基于java的生成、顯示、注釋RNA二級結構的軟件，可很容易地編輯、修改、生成發表質量的RNA二級結構圖。PseudoViewer3.0 RNA二級結構顯示軟件。OligoEngine2.0 RNAi設計軟件。pknotsRG1.3 預測RNA二級結構軟件，包括pseudoknots（假扭結）結構。RNAshapes2.1.6 分析RNA二級結構軟件。ViennaRNAPackageViennaRNAPackage是目前最流行的基于最小自由能的RNA二級結構分析的軟件包。下載地址為：http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/也可以使用遠端的服務器版本，http://rna.tbi.univie.ac.at/一RNAfold：打開服務器版本上的RNAfoldwebserver找到RNAfoldwebserverJuly10,2015July10,2015輸入FASTA格式的序列（可以點擊thissamplealignment.獲得演示序列，也可以直接上傳FASTA格式的序列）July10,2015參數設置一項界面如下默認輸出RNA二級結構的最小自由能和partitionfunction。如果對partitionfunction不感興趣可以選擇只輸出自由能。NoGUpairsattheendofhelices：指的是在二級結構的末尾是否允許GU配對。因為GU配對不是特別穩定，特別情況下可能需要限制GU配對。Avoidisolatedbasepairs：是否允許單堿基對的配對情況。因為單個的配對往往是不穩定的，因此在預測結果中需要避免出現單個的配對。點擊advanceoptionsJuly10,2015Danglingendoptions：一般情況下使用默認。Energypar.：預測RNA二級結構是使用的能量參數來源，一般默認。Otherpar.：設置折疊溫度，默認為37°。另外如果是環狀RNA的話，需要選上assumeRNAmoleculetobecircular結構輸出July10,2015所有參數設置完成后，點擊Proceed。RNA的結構以dot-bracketnotation（括號和點）的形式顯示，即(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).可以點擊youkandowlondtheminimumfreeenergystructureinviennaFormatctFormat結果界面中會提供minimumfreeenergy（MFE）prediction和thermodynamicensembleprediction兩種預測結果。其中MFE用的是最小自由能的結果。而ensembleprediction指的是綜合最小自由能結構和一系列次優自由能結構后得到的一個統一結構。一般情況下我們可以使用最小自由能結構。結構界面上會顯示預測的結構，并且以顏色標記。顏色越偏向紅色，表明對應堿基處于配對的概率越大。二RNAalifoldwebserver

基本原理和RNAfoldserver一致，但是RNAalifoldserver考慮的是多條比對好的序列，并預測這一組序列里保守二級結構（consensussecondarystructure）。輸出clustalW或者FASTA格式的比對序列（也可以通過文件上傳）July10,2015參數設置類似RNAfold點擊Proceed結構界面如RNAfold類似。在結果中只給出了consensusstructure，并且以不同顏色標記不同的配對類型。而顏色的深淺則表示在用來預測的所有序列中，具有這種配對類型的序列的比例。三RNAzwebserverRNAzwebserver用來尋找比對序列中存在的保守二級結構。它與RNAalifold的最大區別在與RNAalifold只是計算給定序列的consensusstructure，并不評價這種結構的保守性。RNAzwebserver有兩種運行模式，第一種是單序列模式，即給定一組比對序列，RNAz自動尋找該比對序列中的保守結構，另外一種模式是分析基因組中保守的二級結構。需要注意的是RNAz通過滑動窗口預測保守結構的，因此提交的序列應該足夠長。輸入或者上傳比對好的序列。RNAz支持的比對文件格式有ClustalW、FASTA、PHYLIP、NEXUS、MAF和XMFA。程序可以自動判斷序列格式。上傳序列后，點擊Proceed。出現參數設置選項。Slicealignmentlongerthan：指的是只有長度超過這個值的序列才進行分析。Windowsize：設置滑動窗體的大小。Stepsize：設置滑動窗口的步長。Readingdirection：讀取序列時，是正向、反向還是兩種方向都考慮。Filtering：相關參數控制用于分析的序列的質量。包括序列中插入缺失或者不確定位點的最大比例，序列相似度的下限。Choosesubset：控制分析物種數。如果物種數量過多，分析可能不可靠而且速度將會很慢，因此程序會自動挑選部分序列進行分析。點擊下一步該界面的參數控制輸出結果。DisplaythiswithPhigherthan：RNAz會有一系列指標用來推測目標區