1、生物學第三章：序列比較（第三部分）多序列比對的編輯和發布：Jalview 的編輯和發布除了給多序列比對上彩妝，有時還需要給它修理一下局部瑕疵，也就是對局部位置進行手動調整。比如，從前期實驗我們得知，圖 1 中方框所示區域的 TLR2、10、6、1 這四條序列的第 53 列應該往右挪一列，跟 TLR9、8、7 這三條序列的第 54 列對在一起。TLR2、10、6、1 這四條序列的第 53 列補空位。其他位置不動。圖 1. 多序列比對局部位置調整要進行如上調整，首先要同時選中要處理的 TLR2、10、6、1 建，用鼠標點擊這四條序列的名字。選中后，序列名字的底色由這四條序列：按住 Ctrl灰，且四

2、條序列被框入紅色虛線框中。然后，再次按住 Ctrl 鍵，把鼠標放在任意選中序列的第 53 列的字母上，并向右拖動至第 54 列。拖動后選中序列的第 53 列自動補充空位，原第 53 列移至第 54 列，但是從第 55 列開始往后的位置也都跟著向右移了一位。所以需要再次用同樣的，按住 Ctrl鍵，把鼠標放在任意選中序列的第 58 列的字母上，向左拖動至第 57 列的位置，以保持第53、54 列以外的位置不變。如此，便完成了手動調整。多序列比對的外觀也很重要。默認情況下，多序列比對是單行顯示的。由于序列長，需山東大學 基礎醫學院 生物學課題組榮譽出品要拖動窗口拉條才能瀏覽全部。這樣不利于查看分析，

3、也不利于將導出的比對圖片如果想要讓多序列比對根據 Jalview 窗口的寬度自動換行，可以在 Format 菜單下（圖 2）。此外，還可以通過“Font”窗口對字體格式、大小等進行調整。文獻。Wrap”圖 2. 多序列比對外觀的調整如果你只需要多序列比對，而不需要有關保守度等的注釋行。可以關閉 View “Show annotations”選項，以達到去掉注釋行的目的。下的Jalview 除了有編輯多序列比對的功能還有很多分析功能。比如，可以按照序列的名字、兩兩一致度或其他規則給比對中的序列重新排序以及為選中的兩條序列做雙序列全局比對（圖 4）、為選中的一組序列計算各種系統發生樹（圖 5）、或

4、者用在線為某一條序列預測二級結構（圖 6）。Web service 菜單下的所有功能都需要網絡支持才能運行。的功能需要大家在實踐中不斷摸索。Jalview山東大學 基礎醫學院 生物學課題組榮譽出品圖 3.注釋行的打開與關閉圖 4. 序列排序和雙序列全局比對山東大學 基礎醫學院 生物學課題組榮譽出品圖 6.計算系統發生樹圖 7.蛋白質二級結構山東大學 基礎醫學院 生物學課題組榮譽出品最后一步就是導出多序列比對為圖片，到需要的地方：File 菜單-ExportImage-選擇圖片格式-保存（圖 8）。圖 8. 導出編輯后的多序列比對除了 Jalview，還有很多比對美化工具（表 1）。Boxshade 擅長黑白制圖。因很多學術期刊只收取彩圖的編輯費，所以黑白圖可以節省科研經費。ESPript 的功能十分強大。MView擅長把彩色多序列比對轉換成 HTML 源代碼。這樣就可以將它直接本形式選取。網頁，并方便以文多序列比對編輯工具名稱JalView Boxshade ESPriptMView特點JAVA，可嵌入網頁擅長黑白作圖功能強大擅長轉換成HTML 源碼表 1. 多序列比對編輯工具列表多序列比對是生物數據分析中特別常