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文檔簡(jiǎn)介

1、.一、提取組織 RNA1準(zhǔn)備好冰盒、 1.5mlEP管(無(wú)RNA 酶 )、剪刀及鑷子(需消毒,再用滅菌純水和 DEPC 水洗凈)、鉆頭、滅菌純水等。2. 取出凍存管,剪取約 0.5cm放于 EP管。3. 即刻加 1ml trizol ,剪碎至無(wú)可見微粒,靜置5-10min4. 加0.2ml 氯仿,蓋緊 EP管,上下傾倒,混勻 15s, 15-30靜置 2-3min5. 離心 12,000g*15min, 2-8 6. EP管內(nèi)分三層,取上層液相置于新 EP管7. 加0.5ml異丙醇,上下顛倒混勻, 15-30靜置 10min8. 離心 12,000g*10mim, 2-8 9. 棄上清(不用吸

2、凈殘液),加 1ml 75% 乙醇清洗沉淀 (乙醇用前需 4預(yù)冷 )10. 離心 10000/7500g*5min, 2-8 11. 去上清(需吸凈殘液),干燥 RNA( 超凈臺(tái)內(nèi)風(fēng)干至白色變透明狀, 約1h以上 ), 加10 12ul DEPC水解(約 1h以上),測(cè)濃度, -80保存。PS:1.所用槍頭、 EP管、 DEPC水、純水、剪刀、鑷子均需滅菌。2.75%無(wú)水乙醇用前需 4預(yù)冷。3若最后提取出的 RNA 量多,可加 30ulDEPC水溶解 ;若難以溶解,可置于 55水浴加熱。4破碎:取組織勿過(guò)多,否則難以破碎,亦難以提取 RNA ;一個(gè)樣品破碎過(guò)后需清洗,順序?yàn)椋壕凭耷虿料?DE

3、PC水洗 拆分清理 純水洗 棉球吸去鉆頭殘液。5. 破碎儀的使用:打開前先保證已調(diào)于低檔,將鉆頭浸沒(méi)于樣品中,切忌在空氣中空轉(zhuǎn),從低到高慢調(diào),同時(shí)上下輕移樣品,注意力度控制,避免液體飛濺誤傷;同時(shí)注意聽破碎時(shí)的聲音,若有尖銳聲音發(fā)出,說(shuō)明有異物卡住鉆頭,需停止查看。二、提取細(xì)胞 RNA1. 細(xì)胞加 1ml trizol 裂解 5min, 15-302. 加0.2ml 氯仿,蓋緊 EP管,上下傾倒,混勻 15s, 15-30靜置 2-3min其余步驟參見提取組織 RNA 的第 5步開始PS:1. 新EP管需用無(wú) RNA 酶 EP管。2. 操作過(guò)程需時(shí)刻注意避免污染, EP管取放時(shí)勿碰到內(nèi)壁及管口

4、, 每步操作前需適時(shí)擦拭雙手及槍管。3RNA 勿照紫外。4DEPC水量較關(guān)鍵,需保證RNA 充分均勻融解,若可用肉眼看到白點(diǎn),可多加至20ul。三、測(cè) RNA 濃度:準(zhǔn)備 96孔板 開蓋,蓋子朝天放 加98ulEDPC 預(yù)讀( setting:OD值 260;選中區(qū)域;選“預(yù)讀 ”) “ Read” 結(jié)果復(fù)制 拿出孔板, 再加 2ulRNA 直接 “READ”;. 復(fù)制結(jié)果(復(fù)制后的結(jié)果與軟件上的不同,此為已經(jīng)相減后的數(shù)據(jù)) 重設(shè)條件( setting:OD值 260 280;選中區(qū)域; “Normal;” “Delete;”“OK”) “ READ” 復(fù)制結(jié)果 數(shù)據(jù)處理:CRNA (ug/m

5、l)=“ Normal值” 預(yù)讀值CRNA (ug/ul)=50( 稀釋倍數(shù) )*40 ( OD值) *1/1000* C RNA (ug/ml)=2* C RNA (ug/ml)VRNA =1ug(可變) / CRNAVH2O =V (總體積由說(shuō)明書得)V RNAPS:1.C260/ C280的比值意義范圍為 1.8 2.0,小于 1.8可能是蛋白含量較多,大于 2.0可能是 DNA 含量較多2往孔板加液時(shí),勿使槍頭頂端碰觸孔板內(nèi)壁,以防損傷內(nèi)壁包被液3. 樣品多的話,不用分別加入,可先配總量,再分裝四反轉(zhuǎn)錄 PCR1加: 1uloligo(dT)1ng5ug總RNA1ul10mMdNTP

6、混合物滅菌水( DEPC)加至 11ul( 12-1)2混合物:放入 PCR儀 65,5min結(jié)束后迅速移至冰上3加: 4ul5*buffer2ul0.1M DTT輕混勻 PCR37 , 2min4. 室溫下加入 1ul M- MLV 輕混勻(防氣泡)5PCR儀: 37, 50min + 70,15min + 4 , 5minPS:1.冰上操作,嚴(yán)格遵守?zé)oRNA 酶操作2加液時(shí),槍頭貼近液面快速打出液體,提離液面后放松五 Q-PCR1.加液: SYBR5ul( ROX0.2ul( eppendorf AG PCR無(wú)需加此物)Primer0.2 0.2ulcDNA0.5ulH 2O4.1ul2.

7、離心:A、8聯(lián)管:樣品對(duì)稱離心 打開離心機(jī)總開關(guān) 打開蓋子 對(duì)稱放入樣品 蓋面上的白點(diǎn)對(duì)準(zhǔn)機(jī)孔邊的標(biāo)簽蓋好 按“啟動(dòng) ” 轉(zhuǎn)速升到 “1100左”右 按“停止 ” 等轉(zhuǎn)速降至 “60左”右開蓋取出 儀器復(fù)位B、96孔板:水平離心, 3000rpm,3-5minPS:加液或轉(zhuǎn)運(yùn)樣品時(shí)均需用到冰盒。3. 實(shí)時(shí)熒光定量 PCR的使用( eppendorf AG PCR):A儀器結(jié)構(gòu):上部為熒光檢測(cè)儀,下部為熱循環(huán)儀;銀質(zhì)模塊,光源為L(zhǎng)ED ;;.2個(gè)光電倍增管( CPM檢測(cè)器);4通道檢測(cè): 520nm,550nm,580nm,608nm; B. 備注:運(yùn)行前需預(yù)熱 15min,PCR儀可過(guò)夜運(yùn)行。

8、此儀器需 3個(gè)月校正一次,用 DDwater(去離子水) 20ul,默認(rèn)校正溫度為60。默認(rèn)熱啟動(dòng),每分鐘升溫8,可 1次自檢 /15min。關(guān)于指示燈: 閃爍表明在運(yùn)行; 亮綠燈表明在保溫; 亮桔燈表明在自檢。軟件登錄密碼為E/e;連續(xù)開啟軟件,間隔時(shí)間為1-2s;此儀器無(wú)需用ROX 作為校正熒光。此程序可根據(jù)已完成循環(huán)的熒光信號(hào)(原始數(shù)據(jù)) 進(jìn)行數(shù)據(jù)分析, 在反應(yīng)結(jié)束前即可觀察結(jié)果。設(shè)置條件時(shí)一般選擇相對(duì)定量,即藍(lán)色桶狀圖標(biāo); 紅色桶狀圖標(biāo)為絕對(duì)定量。C軟件操作:開啟電腦 開 PCR儀 雙擊軟件圖標(biāo) 口令 “E/e” 點(diǎn)擊軟件界面上端菜單左 2 進(jìn)入操作界面 建立用戶: 點(diǎn)擊上左 6,選第

9、一個(gè),點(diǎn)擊進(jìn)入設(shè)置 (選擇管理員用戶) 等待指示燈由黃變綠進(jìn)入界面 “ plate layout進(jìn)行設(shè)”置, “ Filter 520nm” :“;SYBR”“ Sample Vol 上”:樣體積; “ background ” : “ Axygen-strips8 ”管(80)放入樣品(記住安放順序,蓋緊蓋子且勿污染蓋面,輕放樣品以防產(chǎn)生氣泡或產(chǎn)生內(nèi)壁殘液) 點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵,選定樣品區(qū)域,點(diǎn)擊右鍵,選擇 “unkown”(相對(duì)定量),標(biāo)記引物名稱 選定內(nèi)參區(qū)域,點(diǎn)擊右鍵,選擇“ Standard(相”對(duì)定量),標(biāo)記內(nèi)參名稱轉(zhuǎn)換界面進(jìn)入 “PCR Program”,設(shè)置反應(yīng)體系(鼠標(biāo)移至目標(biāo)區(qū)域,點(diǎn)擊右鍵,選“Insert ”,插入所需項(xiàng));選中下方的“TSP Heated Lid及”“Impulse;”“Temp.Mode”:“ standard 設(shè)”置完后需保存,在點(diǎn)擊 “運(yùn)行 ” 反應(yīng)體系:952min9415s40*(熒)6025s溶解曲線 (點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵 “ Insert ” “l(fā)tingMe”):95 /

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