豬基因組選擇育種技術規程范圍本標準規定了XX省豬的基因組選擇育種技術的實施流程和基本要求。本標準適用于XX省豬的基因組選擇育種，也可為省內其他動植物育種參考使用。規范性引用文件下列文件對于本文件的應用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T31016移動實驗室樣品采集與處理通用技術規范NY/T1673畜禽微衛星DNA遺傳多樣性檢測技術規程GB/T32759瘦肉型豬活體質量評定NY/T2894豬活體背膘厚和眼肌面積的測定NY/T821豬肌肉品質測定技術規范NY/T825瘦肉型豬胴體性狀測定技術規范DB43/T1193沙子嶺豬生產性能測定技術規程NY/T822種豬生產性能測定規程GB/T22283長白豬種豬GB/T22284大約克夏豬種豬GB/T22285杜洛克豬種豬GB23238種豬常溫精液GB/T40184-2021畜禽基因組選擇育種技術規程術語和定義下列術語和定義適用于本文件。3.1基因組選擇genomicselection利用全基因組均勻分布的XX度單核苷酸多態性遺傳標記，基于全基因組信息，結合表型記錄和系譜信息估計或預測豬個體基因組育種值實現個體遺傳評估和選擇的方法。3.2參考群referencepopulation選擇來自目標豬品種核心群、符合品種特征、同時基因組信息和表型信息記錄完整的個體，組成參考群，用于估計標記效應或遺傳參數。3.3候選群candidatepopulation由具有基因組信息，沒有表型記錄或僅具有少量標記記錄，需利用參考群信息（部分個體同時利用其自身表型信息）預測其育種值的個體構成的群體，即初步確定為留種對象的個體所組成的群體。3.4遺傳背景geneticbackground研究某一個或幾個育種目標性狀時，基因組中與其相關的基因組區域之外的DNA組成。基因型檢測4.1.采樣對于需進行基因分型的個體采集生物樣本。生物樣本包括血液、新生仔豬尾組織、耳朵、毛發等可提取DNA的組織，或者公豬精液。樣品采集避免個體間DNA交叉污染，相關操作要求參見GB/T31016規定。4.2DNA提取根據采集樣品類型，選擇最適DNA提取方法。所提取的DNA樣本應符合基因芯片或測序對樣品質量和數量的要求。DNA提取和質量檢測方法參見NY/T1673。4.3基因型檢測方法可采用基因芯片或測序方式對所采集的生物樣品進行基因分型。參考群建立5.1群體規模根據待選豬種的品種和目標性狀選擇適度的育種群，要求單一品種不少于1000頭。5.2群體結構宜選擇與候選群具有親緣關系且具有群體代表性的個體構建參考群。表型測定瘦肉型豬活體質量的測定按照GB/T32759的要求執行。豬活體背膘厚和眼肌面積的測定按照NY/T2894的規定進行。豬肌肉品質測定的指標、方法和條件按照NY/T821的規定執行。瘦肉型豬胴體性狀測定的方法按照NY/T825的規定執行。XX地方豬沙子嶺豬性能測定的方法按照DB43/T1193執行。種豬生產性能測定中心的基本測定條件，受測豬的選擇，測定項目、方法及結果的評定方法按照NY/T822的要求執行。種豬性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285、GB23238的要求執行。基因組育種值預測模型構建基因組選擇的育種值預測方程包括BLUP類方法、貝葉斯方法、機器學習方法等。根據育種群體所采集的信息、目標性狀表型信息的分布和是否具有系譜信息，選取可最大化利用群體信息且育種值估計準確性最高的基因組育種值預測模型，參考GB/T40184-2021。候選個體遺傳評估及選留8.1候選個體確定根據育種目標，選留體型外貌符合品種特征的個體，候選個體應盡量和參考群有較近的親緣關系。8.2基因型測定按照的要求執行。8.3個體基因組遺傳評估使用4.4中建立的預測模型對個體進行遺傳評估。8.5基因組綜合選擇指數建立針對育種目標，將主選性狀的基因組育種值進行加權累加，構建基因組綜合選擇指數。8.5種用個體選留基于中估計的所有個體的遺傳參數，選留外形好、健康狀況好、近