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中國水稻品種及其系譜、指紋數據庫鄂志國中國水稻研究所科技信息中心

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2)基本收集齊國內審定品種、大面積推廣品種、農家品種,等等,除品種外,還收錄有不育系等材料3)是國內唯一帶有系譜追溯功能的水稻種質數據庫,也是國內關于水稻品種最齊全的數據庫4)指紋鑒定(開發中,后文詳細介紹…)本數據庫平臺的特色中國水稻品種及其系譜、指紋數據庫水稻科學數據的共享和利用各種相關數據的無縫整合是本數據庫平臺最大特色通過系譜追溯功能,結合品種推廣數據,再編寫特定的程序包,我們還能夠:篩選骨干親本,推演主推品種更迭規律一次性檢索出某個核心種質、不育系或恢復系所衍生的全部品種或配組組合,以及它們的應用面積一次性檢索出某類型不育系(如印水型)所配組的全部組合及其應用面積本數據庫平臺的特色中國水稻品種及其系譜數據庫(特色功能)水稻科學數據的共享和利用根據親本的兒子、孫子和曾孫三代的表現,統計親本的應用情況:

分別按照后代數目和后代面積進行排序,從而推算骨干親本以50萬畝以上為為主推品種種,計算主主推品種的的淘汰率,,如以某一一年為觀察察起點,看看看這年的的主推品種種大概需要要幾年,全全部退出歷歷史舞臺,,等等…蜀恢527衍生品種共共計326個本數據庫平平臺的特色色水稻功能基基因數據庫庫水稻科學數數據的共享享和利用將不同文獻獻中的同一一基因匯總總到一起將不同文獻獻中的同一一基因匯總總到一起DTH2電子注釋基因結構圖圖,我們自自主編寫的的SVG腳本程序生生成,指紋實物圖圖,是否也也能通過程程序自動生生成?可以以嘗試,當當然,也可可以直接截截取原始圖圖片.嘗試對日本本晴基因組組的全部5萬多個基因因進行電子子注釋geneontology(GO)→基因功能,,影響的生生物學進程程traitontology(TO)→基因所影響響的表型plantontology(PO)→基因表達的的時空性本數據庫平平臺的特色色管理基因數數據庫的ontology系統水稻科學數數據的共享享和利用自主開發了了ontology系統;ontology,實質是對基基因進行分類類和注釋與傳統的關鍵鍵字或圖書館館分類不同,,ontology的術語之間有有關聯性,如如“水稻”和和“禾本科植植物”本數據庫平臺臺的特色管理基因數據據庫的ontology系統水稻科學數據據的共享和利利用本數據庫平臺臺的特色Ontology系統管理水稻稻基因數據水稻科學數據據的共享和利利用1)服務于品種種數據庫和基基因數據庫::文獻中的品種種信息析出并并錄入到品種種數據庫;文獻中的基因因相關信息錄錄入到基因數數據庫;2)累計收錄中中英文水稻文文獻超過2.86萬份:下一步:做成成內網可以直直接下載原文文…下一步:使用用ontology進行管理(中國農科院信信息所計劃有有項目資助)本數據庫平臺臺的特色水稻文獻數據據庫水稻科學數據據的共享和利利用文獻數據庫的的作用:由于于重要數據都都列出了數據據來源,當不不同來源的數數據不一致時時,用戶可以以自行判斷將NCBI、GRAMENE等數據庫收錄錄的有關水稻稻的所有生物物學數據,全全部融入進來來,并對其中中的基因和蛋蛋白進行GO和TO注釋;目前正在做的的工作水稻科學數據據的共享和利利用中國水稻品種及其系譜數據庫中國水稻品種及其系譜、指紋數據庫特點和工作基基礎:(1)指紋跟系譜相相結合,可以以相互印證;(2)使用WindowsServer2008和SQLServer2005架構,數據庫庫的高效、安安全和穩定有有保障;(3)我們有自己的的高效服務器器和足夠的帶帶寬,當然,,是否對外開開放、如何開開放,可以自自主控制;本數據庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數據庫庫實現過程:(1)服務器系統::WindowsServer2008+IIS6.0;(2)底層數據庫::SQLServer2005;(3)開發技術:DHTML(HTML+CSS+javascript);ASP.net(運行環境);VB.net(編程語言);SVG+VML(可縮放矢量圖圖形,程序直直接繪圖)本數據庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數據庫庫目前正在做的的工作(1):品種指紋數數據的查詢目前正在做的的工作(2):品種指紋的的比對(相似度)算法:1個位點上的兩兩個等位基因因分別比對(1)在查詢和比對對的結果顯示示界面,增加加指紋圖譜的的圖形顯示,,以在需要時時能方便了解解實驗的真實實情況;(2)批量比對,用用戶通過提交交保存有待比比對品種指紋紋的excel表格,跟數據據庫已有指紋紋進行批量比比對;(3)全數據庫指紋紋相似度比對對,按照相似似度由高到低低排序,從而而推測所有已已測定品種間間親緣關系…本數據庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數據庫庫(待優化功能)其它需要優化化的功能?本數據庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數據庫庫(待優化功能)謝謝!謝謝觀看/歡迎

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