1、Molecular Simulation and Modeling Instruction of Experiments 上機實習2. Gaussian軟件安裝、建模及優(yōu)化軟件模塊: Gaussian任務: 學習Gaussian軟件的安裝、分子建模及結構優(yōu)化注意:1. 在自己的電腦上提交任務 (on-time instruction);2. 如何進行建模及結構優(yōu)化(on-time instruction).步驟: 1. GaussianView5.0軟件安裝（1） 打開GaussianView5.0文件夾，看到PIN文件和SETUP文件；（2） 打開PIN文件，復制文件中的內(nèi)容（序列號）；（3

2、） 雙擊SETUP，出現(xiàn)圖1所示框；（4） 一路點擊“Next”，直到出現(xiàn)圖2所示框，在Serial中粘貼剛剛復制的序列號；（5） 接著進行“Next”,直到出現(xiàn)圖3-4所示框，全部勾選，并點擊“Install”；（6） 最后點擊“Finish”即可。圖1圖2圖4圖32. Gaussian軟件的安裝（1） 打開Gaussian 09W文件夾，找到PIN文件和SETUP文件（可執(zhí)行文件），打開PIN文件并復制文件內(nèi)容，雙擊SETUP；（2） 一路點擊“Next”，出現(xiàn)如下圖所示的框，在“Company”中填寫cug，在“Serial”中將最先復制的序列號粘貼；（3） 一路“Next”或“確定”，

3、最后“Finish”即可。3. 在GaussianView5.0中進行建模（1） 在程序中找到GaussianView圖標，點擊打開軟件，將看到下圖界面： （2） 將上圖中紅框中的窗口放大，右擊將出現(xiàn)一個菜單欄，下面是對菜單欄的介紹：等價菜單改變鍵長、角結構庫快速提交任務當前任務查詢計算參數(shù)設置編輯參數(shù)全選全不選畫框選中原子點擊選中原子刪除原子加H原子分子構建及計算常用工具介紹 （3） 在此，我們以構建CH3CH2OH為例：右擊，在菜單欄中選擇View，在出現(xiàn)的小菜單中勾上Builder，這樣出現(xiàn)構建分子所需的基本工具快捷菜單；（4） 我們選擇鏈狀烷烴結構庫(見圖中紅圈)，出現(xiàn)結構庫窗口，選擇

4、兩個C原子的乙烷(見紅框)，此時鼠標實質(zhì)上已經(jīng)變成了畫筆，在界面上點擊一次便畫出一個乙烷分子，點兩次便畫出兩個乙烷分子；點擊一次畫一個分子！（5） （5） 我們在乙烷的基礎上構建乙醇分子，選擇元素結構庫(見紅圈)，出現(xiàn)結構庫窗口，選擇O原子(見紅圈)，此時出現(xiàn)三種結構(見綠框)，包括O原子、雙鍵O、sp3的O。選擇O_sp3，此時鼠標實質(zhì)為O_sp3畫筆，在已有的乙烷上的一個H原子上點擊，實現(xiàn)羥基取代H原子，乙醇分子構建完成。 （6） 同Spartan，GaussianView中也有“Minimize”(見藍色框)，與MS功能類似。 備注：(1)分子在空間內(nèi)轉(zhuǎn)動：左擊按著不動 分子在空間內(nèi)平動

5、：shift+左擊 分子的放大縮?。河覔舭粗粍踊騝trl+左擊 (2)對某個分子(分子整體)轉(zhuǎn)動：ctrl+Alt+左擊(一個面內(nèi)) 、Alt+左擊(在空間內(nèi)) 對某個分子(分子整體)平動：shift+Alt+左擊4. 結構優(yōu)化設置（1） Ctrl+G，計算參數(shù)設置的快捷鍵（2） 在Job Type一欄中，選擇“Optimization”，即結構優(yōu)化任務，其它為默認值；單點能優(yōu)化頻率優(yōu)化+頻率內(nèi)稟反應坐標掃描(勢能面)穩(wěn)定性核磁共振譜任務類型（3） 在Method一欄中，可以設置計算方法、基組、自旋態(tài)、體系帶電荷數(shù)等；Methods：方法，包括HF、DFT等Basis Set：基組，包括ST

6、O、GTO等Charge：電荷，體系是否帶電？Spin：體系的自旋態(tài)（4） 設置任務名(見紅色框)，綠色框中為當前任務參數(shù)設置詳情(及輸入文件內(nèi)容) （5） 點擊Submit提交任務，出現(xiàn)提示框，要求保存輸入文件并對其命名(注意，保存路徑不能有中文)，保存好之后點擊OK即可提交任務；將看到Gaussian軟件運行。 5. 查看結果（1） 任務完成提示 （2） 結果文件有.chk和.log兩個，.chk為檢查點文件，.log是系統(tǒng)日志，我們打開.chk文件查看結果；下圖為兩種打開文件方式，注意要想看動畫需要將紅圈中的選項勾選，否則只有最終結構。 動畫播放顯示中間結構 （3） 能量、電荷等分析（注意：Optimization分析要求文件為動畫文件，Charge分析要求文件為最終結構，即動畫文件的最后一步或者非動畫文件）。Summary：計算結果匯總Charge Distribution：電荷分析Optimization：優(yōu)化過程電荷數(shù)偶極矩SummaryOptimizationCharge Distribution PS：如何復制圖片，右鍵單擊EditImage Capture練習（使用講解演示中的計算參數(shù)）：0. 自己獨立完成講解演示中的內(nèi)容1. 構建丁二烯，乙醇胺，乙醛，安非他明分子結構（分子結構見下圖）2. 構建平面式和垂直式兩種丙二烯分子的初始結構，進行優(yōu)化，比較他們的相