標準解讀

《GB/T 40226-2021 環境微生物宏基因組檢測 高通量測序法》是一項國家標準,旨在規范環境樣本中微生物群落的宏基因組學分析流程。該標準適用于各種環境樣本(如水體、土壤、空氣等)中的微生物多樣性及功能基因的研究,采用高通量測序技術作為主要手段。

根據此標準,首先需要對采集到的環境樣本進行預處理,包括但不限于樣品保存條件的選擇、DNA提取方法的確立以及質量控制措施的應用等步驟,以確保后續實驗數據的準確性和可靠性。接下來是文庫構建階段,要求按照特定的方法從提取出的總DNA中制備適合于高通量測序平臺使用的文庫,并通過PCR擴增等方式增加目標序列的數量。此外,在文庫準備過程中還需要加入適當的標簽序列以便區分不同來源或批次的樣本。

完成文庫構建后,將使用合適的高通量測序平臺進行測序操作。當前常見的平臺有Illumina系列、PacBio SMRT技術以及Oxford Nanopore Technologies提供的MinION設備等。選擇何種平臺取決于具體研究目的、成本預算以及所需的數據質量等因素。獲得原始測序數據后,需經過一系列生物信息學處理步驟,包括但不限于去除低質量讀段、接頭序列剪切、拼接組裝等過程,最終得到可用于進一步分析的有效數據集。

在數據分析部分,《GB/T 40226-2021》推薦了多種方法來評估微生物群落結構及其潛在功能特性,比如基于OTU (Operational Taxonomic Units) 或ASV (Amplicon Sequence Variants) 的分類單元劃分、物種相對豐度計算、KEGG途徑富集分析等。同時,也鼓勵研究人員結合其他公開數據庫資源(如NCBI, Silva, RDP等),利用統計學軟件包(如R語言中的vegan包)來進行更加深入細致的數據挖掘與解釋工作。


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....

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  • 現行
  • 正在執行有效
  • 2021-05-21 頒布
  • 2021-12-01 實施
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GB/T 40226-2021環境微生物宏基因組檢測高通量測序法_第1頁
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文檔簡介

ICS07080

CCSA.40

中華人民共和國國家標準

GB/T40226—2021

環境微生物宏基因組檢測高通量測序法

Detectionofenvironmentalmicrobialmetagenome—Highthroughputsequencing

2021-05-21發布2021-12-01實施

國家市場監督管理總局發布

國家標準化管理委員會

GB/T40226—2021

目次

前言

…………………………Ⅲ

范圍

1………………………1

規范性引用文件

2…………………………1

術語和定義

3………………1

縮略語

4……………………2

原理

5………………………2

試驗條件

6…………………2

試劑

7………………………2

儀器設備

8…………………2

樣品

9………………………3

試驗步驟

10…………………3

試驗報告

11…………………4

質量控制

12…………………5

附錄規范性糞便樣品采集保存運輸方法

A()、、………6

附錄規范性土壤樣品采集保存運輸方法

B()、、………7

附錄規范性水體樣品采集保存運輸方法

C()、、………8

附錄資料性樣品信息單

D()……………9

附錄資料性樣品的完整性圖譜和質量級別分類

E()DNA…………10

附錄資料性參考數據庫

F()……………11

參考文獻

……………………12

GB/T40226—2021

前言

本文件按照標準化工作導則第部分標準化文件的結構和起草規則的規定

GB/T1.1—2020《1:》

起草

請注意本文件的某些內容可能涉及專利本文件的發布機構不承擔識別專利的責任

。。

本文件由全國生化檢測標準化技術委員會提出并歸口

(SAC/TC387)。

本文件起草單位深圳華大生命科學研究院深圳華大基因科技有限公司深圳市生命科技產學研

:、、

資聯盟中國測試技術研究院生物研究所深圳華大臨床檢驗中心

、、。

本文件主要起草人陳冰肖亮鐘煥姿李俊樺李倩一賈慧玨姜華艷周李華唐美芳吳昊

:、、、、、、、、、、

李陶莎周媛鐘宏彬

、、。

GB/T40226—2021

環境微生物宏基因組檢測高通量測序法

1范圍

本文件描述了采用高通量測序技術進行環境微生物宏基因組檢測的術語和定義原理試驗條件

、、、

試劑儀器設備樣品試驗步驟試驗報告和質量控制要求

、、、、。

本文件適用于運用高通量測序法進行環境微生物宏基因組的檢測

2規范性引用文件

下列文件中的內容通過文中的規范性引用而構成本文件必不可少的條款其中注日期的引用文

。,

件僅該日期對應的版本適用于本文件不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改單適用于

,;,()

本文件

分析試驗室用水規格和試驗方法

GB/T6682

實驗室生物安全通用要求

GB19489

高通量基因測序結果評價要求

GB/T35537—2017

3術語和定義

下列術語和定義適用于本文件

31

.

環境environment

相對某項中心事物的周圍世界

注在本文件中特指人體動物環境與自然環境人體動物環境包括但不限于口腔皮膚生殖道腸道等自然

:()。()、、、;

環境包括但不限于空氣水體土壤沉積物等

、、、。

32

.

相對豐度relativeabundance

某一特定種類微生物在環境微生物群落中所占的相對比例

注通常以百分比表示

:。

33

.

微生物宏基因組microbialmetagenome

以特定環境中整個微生物群落作為研究

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