臨床細菌室的任務：是從臨床感染標本中分離出病原菌并進行準確鑒定，同時指導臨床合理使用抗菌藥物，為臨床感染性疾病的診斷、治療和流行病學調查以及院內感染的監控提供可靠的依據.

一.診斷對象和診斷目的病原菌的變遷：感染性疾病病原菌的種類不斷發生變遷，過去威脅人類的傳染病如鼠疫、霍亂、白喉等己明顯減少。新的病原菌不斷出現，原有的病原菌因變異、耐藥等又重新流行。目前，醫院臨床實驗室遇到的主要是條件致病菌，它們在機體抵抗力下降、菌群失調或天然屏障防御功能被破壞時引起感染。正常菌群與病原菌的致病性對于存在正常菌群的部位，應區別標本中是致病菌還是常居菌群的污染，如痰標本。正常菌群與病原菌的致病性差異是相對的，既不要輕易認為從病人標本中分離出的非致病菌是污染菌，也不要輕易認為所發現的細菌就是該感染的病原菌，根據臨床癥狀和標本來源有助于病原菌的正確診斷。機體的某些部位是無菌的，如檢到細菌即可視為病原菌，如血液、腦脊液、骨髓等。

臨床分離病原菌的鑒定水平一種細菌鑒定到哪一水平，取決于診斷的目的1.以疾病的病原學診斷為目的一般情況下只需鑒定到細菌的種2.為提供治療方案為目的①可以進行臨床標本的直接藥敏試驗②還可根據分離出病原菌種類直接提供選擇抗生素范圍和種類③不少細菌對某種藥物有天然耐藥性，由于細菌耐藥性的產生和變遷，臨床上對分離的病原菌都要作進一步的藥敏試驗，以期提供更可靠的治療方案。3.以作流行病學研究為目的必須對病原菌鑒定到型(血清型或基因型)的水平。只有這樣才能明確傳染源的所在。4.了解細菌與感染的關系為目的一種類型的感染可以由不同種細菌引起，一種細菌也可以引起多種類型的感染。現己知以前那些曾經被認為不致病的細菌在某些情況下會引起人體的感染。要了解這些細菌的致病菌性，必須進行細致的鑒定。

二.診斷試驗選擇鑒定一個細菌，盡可能用一個菌落做全部鑒定試驗。如果一個菌落不夠應考慮采用純培養，即挑取單個菌落接種于斜面培養基，經過培養即可獲得大量純培養物。對一株細菌準確鑒定應綜合多種特性進行分析。但臨床實驗室每天要處理大量標本，且由于經濟原因不可能做很多試驗，進行全面分析鑒定，因而需要選擇一些合理的試驗項目用于常規檢測。挑選試驗應以既能完成病原學鑒定又使試驗項目盡可能少而快速為原則。1.選擇有鑒定價值的試驗要對兩種細菌進行鑒別，須選擇一項兩種菌呈現截然不同結果的試驗，即一種菌呈現陽性(陽性反應菌株陽性率須大于90%)，另一菌為陰性(陰性反應的菌株陽性率應小于10%)，這項試驗才有鑒定價值，否則就沒有鑒定價值。2.選擇簡易、快速、方便的試驗①鑒定一種細菌可能有多種特異的方法,沒必要逐一進行試驗，只選其中一或兩種達到目的即可，多選無意義。②選擇操作簡便，快速的方法。③選用復合培養基，一次操作可同時看幾個生化反應，如此可簡化操作，節約人力物力。3.綜合考慮試驗的敏感性和特異性敏感性=所有陽性結果數/所有感染病人數特異性=陰性結果總數/未感染病人總數試驗的敏感性和特異性是相互聯系的，試驗的敏感性增加，會使特異性下降，反之亦然。

三.常用診斷流程完成一個細菌鑒定要做多項試驗，將結果與己知細菌特性進行比較，才能最后確定。

在選擇試驗項目以及分析試驗結果時應遵循一個合理且思路清晰完整的思維模式，避免不必要的重復，少走彎路。

在臨床細菌鑒定中常借用一些簡便的流程和方法。1.雙歧索引法

細菌的鑒定中經常選用的方法。主要針對那些相互區別比較容易，有較特殊特征的細菌。雙歧索引是表明鑒定思路的一種流程，使用起來非常方便。臨床常見菌的初步分群雙岐索引鑒定分離菌

革蘭染色

+-

球菌桿菌球菌桿菌觸酶動力DNA酶發酵

+-+-+-+-

微鏈李棒卡奈氧化酶非球球斯狀他瑟+-發菌菌特菌莫菌弧腸酵科科菌菌拉屬菌菌菌屬等菌科科

革蘭陽性球菌雙岐索引鑒定

葡萄球菌屬雙岐索引鑒定

鏈球菌屬的雙岐索引鑒定革蘭陰性球菌的雙岐索引鑒定

革蘭陰性球菌氧化酶+DNA酶

+—

布蘭漢菌屬營養瓊脂上生長

+

其他奈瑟菌麥芽糖

+—

腦膜炎奈瑟菌淋病奈瑟菌

革蘭陰性桿菌初步分群的鑒定流程：

革蘭陰性桿菌

+葡萄糖發酵－氧化酶非發酵菌

+－

弧菌科腸桿菌科2.表解法將各種細菌及其多種特性列成矩陣表格，使相互的區別點十分明顯，便于分析比較。此法對于相互區別比較復雜的細菌，如腸桿菌科的初步分屬。腸桿菌科初步分屬試驗埃希菌屬沙門菌屬克雷伯菌屬變形桿菌屬靛基質＋－／＋－／＋＋／－枸椽酸鹽－＋／－＋＋／－硫化氫－＋／－－－／＋葡萄糖酸鹽－－＋－苯丙氨酸－－－＋3.數字編碼鑒定法編碼是將某一細菌的全部生化反應結果轉化成數字，經查閱檢索手冊又可將該數字轉化成細菌名稱．編碼的原則是：鑒定細菌的各種微量生化反應管組成系列試劑，將生化項目排序并依次進行分組，每組中的每個試驗都有其一個數值代碼。試驗陽性時結果用其數值代碼表示，試驗陰性時結果用0表示，將每組中各試驗結果加起來得一總值，這樣按順序各組總值組成的數碼組合，即為檢索編碼。查編碼手冊，該編碼所對應的細菌名稱即為鑒定結果。如腸桿菌科細菌生化編碼鑒定：腸桿菌科細菌生化編碼鑒定表

組別試驗項目代碼結果結果代碼總值硫化氫４－０

1苯丙氨酸２－０１葡糖酸鹽１＋１靛基質４－０２甲基紅２＋２３枸櫞酸鹽１＋１尿素４＋４３動力２＋２７產氣１＋１賴氨酸４＋４４鳥氨酸２＋２６棉子糖１－０山梨醇４＋４５側金花醇２＋２６木膠糖１－０數字編碼結果判定根據試驗結果判定數碼組合為１３７６６，查編碼手冊，即可找到對應的細菌。數字編碼鑒定己有商品成套供應，由于操作簡單，鑒定方法易于掌握，被臨床實驗室廣泛采用這種數碼分析與電腦分析軟件配套，形成了半自動或全自動細菌分析系統。四.臨床標本的采集與處理對感染性疾病進行病原檢查和鑒定，須通過采集病人的標本，經系列實驗，才能獲得明確的病原學診斷。標本質量的好壞直接影響診斷結果的正誤，不當的標本可導致假陰性，假陽性結果的出現，因此在標本采集，送檢，保存等各個環節都要規范操作，嚴格控制，是確保實驗結果準確可靠的前提。標本采集的一般原則１．早期采集采集時間最好是病程早期，急性期或癥狀典型時，而且必須在使用抗生素或其它抗菌藥物之前采集。２．無菌采集采集的標本應無外源性污染．３．根據目的菌的特性用不同的方法采集厭氧菌，需氧菌或兼性厭氧菌，以及Ｌ型菌采用的方法不同．４．采集適量標本采集量不應過少，而且要有代表性，同時有些標本還要注意在不同時間采集不同部位標本．５．安全采集采集標本時不僅要防止皮膚和粘膜正常菌群對標本的污染，同時也要注意安全，防止傳播和自身感染．標本的處理一些對環境敏感的細菌如腦膜炎奈瑟菌等應保溫并立即送檢．而其他所有的標本采集后最好在２小時內送到實驗室．若不能及時送檢，標本應置于一定環境中保存．一般情況下，用于細菌培養的標本保存時間不應超過２４小時．病人標本中可能含在大量致病菌，不管標本運送距離遠近，都必須注意安全防護．標本切勿污染容器的瓶口和外壁，容器必須包裝好，防止送檢過程中倒翻或碰破流出．對于烈性傳染病標本運送時更要特別嚴格，必須按規定包裝，由專人運送．厭氧性標本應放在專門的運送瓶或試管內