腫瘤研究的分子生物學數據庫資源第1頁/共95頁一篇論文的題目第2頁/共95頁Zhu

F,

Zykova

TA,

Kang

BS,

Wang

Z,Ebeling

MC,

Abe

Y,

Ma

WY,

Bode

AM,Dong

Z.Bidirectional

signals

transduced

by

TOPK-ERK

interaction

increase

tumorigenesis

ofHCT116

colorectal

cancer

cells.Gastroenterology.

2007;

133(1):219-31.主要內容第3頁/共95頁NCBI的相關數據庫資源腫瘤學和血液學的細胞遺傳學

ExPASy的數據庫資源和工具NCBI的相關資源第4頁/共95頁National

Center

for

BiotechnologyInformation第5頁/共95頁第6頁/共95頁Genes

and

disease第7頁/共95頁單基因遺傳病的站點·介紹多個系統的遺傳病，可下載PDF文件。·圖示遺傳病相關基因在染色體的定位·與相關數據庫相互鏈接Genes

and

disease頁頁面面第8頁/共95頁染色體的圖譜第9頁/共95頁SKY—Spectral

Karyotyping第10頁/共95頁·多色標記的探針與染色體雜交M-FISH—Multiplex

Fluorescence

In

SituHybridizationCGH—Comparative

Genomic

Hybridization·腫瘤和對照細胞的基因組DNA標記不同顏色熒光探

針等量混合后分別與腫瘤和對照細胞的染色體雜交。SKY的原理第11頁/共95頁第12頁/共95頁CGH的原理第13頁/共95頁CGH比較工具第14頁/共95頁·

輸入染色體片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].比較工具第15頁/共95頁比較結果第16頁/共95頁CGH圖示第17頁/共95頁大規模分析基因表達的方法第18頁/共95頁·對某一組mRNA中基因表達定量檢測·一群mRNA中的每一個mRNA的同一位置取9-10bp的

一段序列，（從統計學上說這樣的序列可以代表95%的人類基因），每一種9-10bp的序列的拷貝數則代表基因表達的拷貝數，也就可以說明基因表達活性的高低。方法RNA反轉錄為cDNA，同時用生物素標記cDNA末端

隨后用一種限制性內切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分離酶切位點3‘端的序列另一種酶再切割cDNA片段，去除帶生物素的3’端

用PCR擴增每一個標簽片段，將30-50個不同的標簽片段連成一個單一的DNA分子最后克隆并測序這些分子

酶切位點3"端的序列出現的拷貝數就代表了基因表達活性的高低第19頁/共95頁流程圖選擇細胞第20頁/共95頁磁珠分離RNA并合成cDNA錨定內切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列為標簽，再用BsmF1酶切后釋放標簽將標簽相互連接并連入質粒載體測序并計算標簽的拷貝數計算機分析查詢方式第21頁/共95頁·...by

tag·...by

sequence·...by

library·...by

gene

name輸入序列先查詢序列中的Tag根據Tag來查詢在SAGE文庫中出現的頻率第22頁/共95頁輸入GenBank號或序列進行查詢第23頁/共95頁查詢結果第24頁/共95頁查詢結果第25頁/共95頁Cancer

Genome

Anatomy

Project(/)第26頁/共95頁由National

Cancer

Institute（NCI）管理目的是研究腫瘤細胞的分子改變CGAP主頁第27頁/共95頁Genes第28頁/共95頁每個基因————一個Gene

info頁面第29頁/共95頁·UniGene、LocusLink、OMIM、DTP

search、cDNALibraries、Cluster

Assemblies、和SNPs等數據庫的鏈接·細胞遺傳學定位和Mitelman斷裂點信息·蛋白相似性·人類和小鼠的同源組·IMAGE（Integrated

Molecular

Analysis

of

Genomesand

their

Expression）協議來源的序列鏈接·全長MGC（Mammalian

Gene

Collection）克隆鏈接·Gene

Ontology功能分類Genes工具列表第30頁/共95頁·Gene

finder：按照特定標準查找單個或多個基因的工具·Gene

Ontology

Browser：通過分子功能、生物學過程和細胞組分對人和小鼠的基因分類·Nucleotide

BLAST：通過CGAP界面，查找給定核苷酸序列的代表基因·Lists

of

Candidate,Validated,and

Confirmed

SNPs：包含單核苷酸多態性的基因信息·CGAP

SNP

Index：通過基因名稱、符號和GenBank序列號查找代表SNPs·SNP

Gene

Viewer：將人類SNPs定位于參考序列和MGC序列，預測蛋白編碼的變化Gene

info第31頁/共95頁第32頁/共95頁Chromosomes第33頁/共95頁Mitelman

Database

of

ChromosomeAberrations

in

Cancer

（腫瘤染色體畸變數據庫）第34頁/共95頁·Recurrent

Chromosome

Aberrations

Searcher用來查找重復出現的染色體畸變SNP500

Cancer

Database·用于查找SNP的工具·可以通過基因名稱、SNP號、染色體和基因功能查詢查找腫瘤重復出現的染色體畸變第35頁/共95頁Tissues第36頁/共95頁來源于組織的基因表達信息·Library

Finder工具可以幫助查找組織特異性的文庫。·Gene

Library

Summarizer（GLS）：在特定的cDNA文庫中查找所有基因。·cDNAxProfiler：用于在兩個cDNA文庫之間比較基因表達。·Differential

Gene

Expression

Displayer（DGED）：用于在兩個cDNA文庫之間比較基因表達的統計學差異。·

SAGEmap

xProfiler：xProfiler程序比較一個cDNA在不同cDNA文庫中的表達情況。·SAGEmap

Virtual

Northern：以圖形形式顯示一個基因在不同cDNA文庫中出現的頻率，代表其表達豐度。第37頁/共95頁cDNA

xProfiler第38頁/共95頁SAGE第39頁/共95頁SAGE

Anatomic

Viewer第40頁/共95頁查詢結果第41頁/共95頁Tissue

only查詢結果第42頁/共95頁SAGE的數據第43頁/共95頁RNAi第44頁/共95頁第45頁/共95頁第46頁/共95頁第47頁/共95頁PATHWAYS第48頁/共95頁BioCarta公司信號轉導途徑圖譜KEGG代謝途徑和信號轉導途徑圖譜

Pathway

Searcher第49頁/共95頁第50頁/共95頁第51頁/共95頁CGAP基因表達分析工具的匯總第52頁/共95頁Tools第53頁/共95頁腫瘤學和血液學的細胞遺傳學biogen.fr/services/chromcancer/第54頁/共95頁收集了各種在腫瘤中具有染色體異常的基因，包括其基因名稱、產物、在腫瘤中的異常情況，以及與各種數據庫的鏈接收集了白血病、實體瘤、癌前病變的細胞遺傳學數據以染色體來分類描述各種腫瘤中的染色體異常包括了許多高水平的綜述(Deep

Insight)和病例報告第55頁/共95頁22號染色體第56頁/共95頁t(9;22)(q34;q11)第57頁/共95頁第58頁/共95頁第59頁/共95頁t(2;8)(p12;q24)IGKChr

2Chr

22t(8;22)(q24;q11)IGLt(8;14)(q24;q32)MYCChr

8IGH第60頁/共95頁Chr

14Burkitt

LymphomaPromoterCoding

sequencesDeregulated

genePromoter

Coding

sequencesPromoterCoding

sequencesConsequences

of

Balanced

Chromosome

Rearrangements第61頁/共95頁IGH,

IGK,IGLMYCDeregulated

transcriptionETV6/NTRK346

Fusion

Genes

in

Benign

and

Malignant

Soft

Tissue

Tumors19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1

PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3

HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3

EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI120002001200220032004200520062007HMGA2/LHF

PSS18/SSX4TAF15/NR4A3TPM3/ALK

TPM4/ALKSS18L1/SSX1COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278ASPSCR1/TFE3CLTC/ALKCARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3LACTB/GLITGF/NR4A3FUS/CREB3L1CIC/DUX4

EWSR1/SP3COL6A3/CSF1FUS/ATF1HAS2/PLAG1

TCF12/NR4A3LPP/C12ORF92FUS/ERGRANBP2/ALKPAX3/NCOA1EWSR1/CREB1HMGA2/EBF

SEC31A/ALK第62頁/共95頁Soft

Tissue

Tumors

with

Specific

Gene

Fusions1992Ewing

tumor1993Alveolar

RMS,

Clear

cell

sarcoma

of

soft

tissue,

Myxoid

liposarcom1994Desmoplastic

small

round

cell

tumor,

Synovial

sarcoma1995Extraskeletal

myxoid

chondrosarcoma,

Lipoma1997Dermatofibrosarcoma

protuberans1998Infantile

fibrosarcoma2000AFH,

Lipoblastoma,

Inflammatory

myofibroblastic

tumor2001Alveolar

soft

part

sarcoma2003Low

grade

fibromyxoid

sarcoma,

Soft

tissue

chondroma2004Pericytoma2006Tenosynovial

giant

cell

tumor第63頁/共95頁Frequencies

of

fusion

genes

in

AML第64頁/共95頁t(8;21)(q22;q22)RUNX1/RUNX1T14.3%t(15:17)(q22;q21)PML/RARA4.1%der(11)(q23)MLL

rearrangement2.4%inv(16)(p13q22)CBFB/MYH112.3%t(9;22)(q34;q11)BCR/ABL10.7%inv(3)(q21q26)RPN1/EVI10.6%t(6;9)(p22;q34)DEK/NUP2140.3%t(1;22)(p13;q13)RBM15/MKL10.2%t(8;16)(p11;p13)MYST3/CREBBP0.1%t(7;11)(p15;p15)NUP98/HOXA

genes<0.1%Deep

Insight第65頁/共95頁ExPASy

(Expert

Protein

AnalysisSystem)/第66頁/共95頁綜合的蛋白質分析工具網站大量、使用的蛋白質分析工具鏈接第67頁/共95頁Databas第68頁/共95頁·····du第69頁/共95頁oes·SWISS-2DPAGE第70頁/共95頁查詢SWISS-2DPAGE的數據Human

lymphocyte第71頁/共95頁PROSITE第72頁/共95頁·Database

of

proteinfamilies

and

domainsEnzyme·Enzyme

nomenclatureCD40Lbase·

CD40

ligand

defects·CD40配體缺陷與X連鎖的IgM增多ExPASy

Proteomics

tools第73頁/共95頁·······第74頁/共95頁Patt第75頁/共95頁andse