1/5一、名詞解釋：DNA技術和分析生物學相關的遺傳學手段進展有準確目標的遺傳操作，轉變酶的功能或輸送體系的功能，甚至產能系統的功能，以改進細胞某些方面的代謝活性的整套操作工作〔包括代謝分析、代謝設計、遺傳操作、目的代謝活性的實現。代謝工程是生物化學反響代謝網絡有目的的修飾。它屬于基因工程的一個重要的分支。代謝把握發酵技術：利用遺傳學的方法或生物化學方法，人為地在DNA分子水平上轉變和把握微生物的代謝，使目的產物大量的生成、積存的發酵。生物技術：是應用自然科學及工程學的原理，依靠微生物、動物、植物體作為反響器將物料進展加工以供給產品來為社會效勞的技術。〔〔代謝流的集散處點。在不同條件下，代謝流分布變化較大的節點稱為主節點。依據節點下游分支的可變程度，節點分為柔性、弱剛性、強剛性三種。柔性節點e：是節點的一種類型，是流量安排簡潔轉變并滿足代謝需求的一類節點〔物的反響抑制后，該分支的代謝流量分割率大大增加。強剛性節點：假設一個節點的一個或多個分支途徑的流量分割率受到嚴格把握，那么這類節點就稱為強剛性節點〔指由節點流向某一分支或某些分支的代謝流量分割率是難以轉變的，這是由產物的反響抑制及對另一分支酶的反式激活的相互作用所致〕弱剛性節點：假設一個節點的流量安排由它的某一分支途徑的分支動力學所把握，則稱該節點是弱剛性節點，介于柔性節點和強剛性節點之間。代謝流：定義為流入代謝物被途徑加工成流出代謝物的速率。途徑工程y：是一門利用分子生物學原理系統分析細胞代謝網絡，并通過DNA性學科。合成生物學：簡潔地說，合成生物學是通過設計和構建自然界中不存在的人工生物系統來解決能源、材料、安康和環保等問題的一門興學科。底物：培育基中存在的化合物，能被細胞進一步代謝或直接構成細胞組分。代謝產物：由細胞合成并分泌到細胞外培育基中的化合物，可以是初級代謝產物〔如二氧化碳、乙醇等，也可以是次級代謝產物或蛋白質。胞內代謝物re：細胞內其它的化合物，包括不同代謝途徑的中間代謝物和用于大分子合成的構造單元等。生物基質要素：構成生物基質大分子池的一類物質，包括RNA、DNA、蛋白質、脂質和碳水化合物等。途徑：是指催化總的代謝物的轉化、信息傳遞和其他細胞功能的酶促反響的集合。通量/物流：是指物質或信息通過途徑被加工的速率，它與個別反響速率不同。〔名詞解釋不全……〕二、問答題：代謝工程的根本原理:①涉及細胞物質代謝規律及途徑組合的生物化學原理生化反響的分子機理；②涉及細胞代謝流及其把握分析的化學計量學、分子反響動力學、熱力學和把握學原理，這是代謝途徑修飾的理論依據；③等；④涉及基因操作與把握的分子生物學和分子遺傳學原理同時也供給了基因操作的一整套相關技術；⑤涉及細胞生理狀態平衡的細胞生理學原理，它為細胞代謝機能供給一個全景式的描述，因此是一個代謝速率和生理狀態表征爭論的抱負平臺；⑥涉及發酵或細胞培育的工藝和工程把握的生化工程和化學工程原理方法運用于生物系統的爭論無疑是最適宜的渠道綜合、定量、相關等概念。它為速率過程受限制的系統分析供給了獨特的工具和閱歷，因此在途徑工程領域中具有舉足輕重的意義；⑦更為寬闊的表演舞臺，是途徑工程的最大推動力。代謝工程操作過程：代謝工程操作至少應包括以下三大根本過程。①靶點設計首先，依據化學動力學和計量學原理測定代謝網絡中的代謝流分布〔即代謝流分析中最重要的是細胞內碳和氮元素的流向比例關系；其次，在代謝流分析的根底上調查其把握狀態、機制和影響因素〔即代謝把握分析；最終，依據代謝流分布和把握的分析結果確定代謝設計的合理靶點，通常包括擬修飾基因的靶點、擬導入途徑的靶點或者擬阻斷途徑的靶點等。②基因操作利用途徑工程戰略修飾改造細胞代謝網絡的核心是在分子水平上對靶基因或基因簇進展遺傳操作，其中最典型的形式包括基因或基因簇的克隆、表達、修飾、敲除、調控以及重組基因在目標細胞染色體DNA術。③效果分析一次性的途徑工程設計和操作往往不能到達實際生產所要求的產量、速率或濃度，由于大局部試驗涉及到的只是與單一代謝途徑有關的基因、操縱子或基因簇的轉變。因此需要對途徑進展全面的效果分析。代謝工程常用技術：代謝工程的爭論技術主要包括以下三類：常規的化學和生物化學檢測手段都可用于代謝工程的爭論，包括同位素示蹤方、酶動力學分析方法、光譜學方法等。承受化學計量學、分子反響動力學和化學工程學的爭論方法并結合計算機技術，可以進一步說明細胞代謝途徑和代謝網絡的動態特征與把握機理，同時確定關鍵靶點。可以歸結為基因水平上的操作，涉及到幾乎全部的分子生物學和分子遺傳學特地試驗技術,如基因和基因簇的克隆、表達、調控；DNADNA的轉化；基因的體內同源重組與敲除；整合型重組DNA在細胞內的穩定維持等。反響類型：依據參與細胞內生化代謝系統的反響特點，可將生物體內名目繁多的各類反響過程分成以下四大類。①裝配反響〔AssemblyReaction〕裝配反響完成大分子的修飾，將其運輸到細胞內的特定成。這類反響在工程應用中涉及較少。②聚合反響〔PolymerizationReaction〕聚合反響完成的是從細胞內的構建單體〔BuildingBlocks〕向生物大分子的聚合過程。特點是聚合過程均為長鏈式的，中間并伴有分支反響的參與。③生物合成反響〔BiosynthesisReaction〕生物合成反響的最終產物是參與聚合反響的構建單體，同時也合成一些輔酶及相關代謝因子〔包括信號分子。④產能反響〔FuelingReaction〕12種用于生物合成反響的前體物質，并且伴隨著反響的進程會釋放大量的自由能，用于能量物質ATP的合成。〔5.在現存途徑中轉變目的產物的代謝流可以增加目的產物的積存,〕生物化學工程與生物技術上中下游關系:1、生物技術的上、中、下游過程生物反響器---作為生物反響過程的中心即中游加工---反響前與后的工序稱為上游加工和下游加工l 上游加工 最重要的是供給和制備高產優質和足夠數量的生物催化劑即應用常規選育、基因工程、細胞工程和酶工程手段獲得優良菌株、細胞系或固定化的菌體等下游加工 從反響液中提取目的產物加工精制成合格產品l中游加工 生物反響器為中心生物化學工程 包括中下游兩局部三、論述：定量分析涉及的理論和應用工具：①代謝的化學原理〔如化學計量學、代謝動力學、化學反響工程等；②生物學原理〔如代謝調控機制、酶促反響動力學等；③功能基因組學、構造基因組學、蛋白質組學、生物信息學；④分析化學工具〔GC/LC-MS、紫外光譜學、熒光光譜學等〕⑤數學和計算機技術〔如數學建模、圖論根底、應用計算機軟件求解等〕代謝流量調控機制〔代謝流及其把握機制的三大根本步驟：①建立一種能盡可能多的觀看代謝網絡并測定其流量的方法。為了做到這一點，通常從測定細胞外代謝產物的濃度入手進展簡潔的物料平衡。由于一個代謝途徑的代謝流并不等于該途徑中一個或多個酶的活性能供給代謝網絡真正的代謝流信息，除非相應的酶在體外分析條件下存在并具有活性。②在代謝網絡中施加一個的擾動，以確定在系統松散之后到達的穩態時的代謝流。擾動往往能供給多個節點上的相關信息，具有重要意義。③要系統分析代謝流擾動的結果。假設某個代謝流的擾動對下游代謝流并未能造成可觀看的影響節點〔對上游的擾動〕是剛性的，相反則成為柔性的。代謝流平衡分析的作用：胞內代謝流分布的定量測定代謝網絡節點〔分支點〕性質的鑒定確定胞內代謝途徑非測量性胞外物流的計算考察另一些途徑對物流分布的影響最大理論得率的計算保證明驗數據牢靠性和重現性的策略：建立簡潔的代謝模型，即所謂的黑箱模型，將胞內反響看成是單一反響或者是整個細胞生物基質的變化，以保證細胞內外各元素之間的平衡〔物料衡算。進出細胞的流量。借助于生物化學爭論手段和分子反響動力學原理，精細調查底物轉化為生物基質或代謝產物的反響機制，以求對生物化學反響直至代謝過程進展更微觀的描述。這種策略供給的數據要比黑箱模型更真實更形象高，同時還需要完備的數學學問對數據進展有效的分析與利用。5．網絡節點〔類型、特點、評估策略：在細胞代謝網絡中，兩個或多個不同途徑的分支集合點稱為節點。依據節點下游分支的可變程度，節點分為柔性、強剛性及弱剛性節點三類。柔性節點是節點的一種類型，是流量安排簡潔轉變并滿足代謝需求的一類節點。強剛性節點是節點的一種類型，是流量安排不簡潔轉變的一類節點。指由節點流向某一分支或某些分支的代謝流量分割率是難以轉變的抑制及對另一分支酶的反式激活的相互作用所致。弱剛性節點增加產物的產率。主要節點剛性的評估:一旦代謝網絡中與目標產物生物合成有關的主要節點被識別進展評估。假設能獲得細胞生物化學代謝網絡圖表中全部具體的酶動力學表達式的代謝數學模型。借助該模型并結合代謝網絡或亞網絡的概念，可以對主要節點的剛性進展分析推斷。節點評估：首先測定網絡主要節點在穩定狀態下的流量安排，然后對該系統施加一個有效的擾動，再以一樣的程序測定穩定態下到達的流量安排信息。假設該節點處的流量安排能對干擾作出響應并顯著轉變其方向和大小弱剛性的；反之，節點可能是強剛性的。只有在此根底上提出的代謝途徑轉變和操